等山药地上部茎叶枯黄干死后，即可开始采收山药块茎。采收时，要先把窖门板掀开，通风2～3个小时，待窖内积存的废毒气体排出后再进去采收。人进入窖内时，应随身带上手电等照明工具，并要戴上头盔等防护设备。进窖后，要先检查一下近处的窖顶是否牢固，然后才可采收山药。采收时，一般是用手抓住山药块茎，在距离水泥栅栏板4～5厘米处将块茎折断取下。要注意不可用力摇晃和下拉，否则会引起土块大量漏入窖中，影响采收和安全。要注意在采收中不能碰伤留在窖顶的山药栽子。待人出窖后，即敞开窖门通风，以降低窖内湿度，促进山药栽子伤口愈合。
待寒流来临前，要把窖门重新封好，防止冷风进入窖内冻坏栽子。同时，在窖顶外面，要用稻草、麦秸等铺盖在垄面上，一般厚度在5～10厘米，这样可保护山药栽子在窖中安全越冬。到第二年春季4月初，将覆盖物取走，并在土垄上每平方米追施腐熟的厩肥5～10千克，磷酸二铵和尿素各50克。其余的田间管理工作，与第一年相同。这样，到了9月份，即可采收第二季山药。如果田间管理适当，追肥充足，无明显病虫害，窖式栽培法可连续3年采收山药块茎。采收三茬以后，就需要更换种薯和营养土，否则会严重影响山药产量。
山药窖式栽培法，一般不用零余子做种薯。在南方雨水多的地区，应随时注意排除窖内积水，并防止塌窖。在每茬采收完后，要及时清出窖内的积土，否则将影响后季山药的生长。窖式栽培法的一个好处，是可随需随采山药块茎，从8月份一直可采收到10月底。