嘉佑三年（1058）六月十一日，朝廷任命欧阳修以龙图阁学士权知开封府。开封作为北宋的京都，设府尹为行政长官，以亲王出任，但是不常委派，一般以权知府事行使职权，由侍制以上的官员担任。权知开封府，是一个重要而事繁的职位，它主管京城的民政、狱讼和社会治安。
欧阳修《辞开封府札子》恳切陈词，诉说自己只是擅长文章，不善于治民临政，加上早衰多病，体力不支，只求在《新唐书》成书以后，委派一个外任，养病保身，安享晚年。当朝宰相富弼和韩琦拒绝了欧阳修的辞命。欧阳修只得硬着头皮，勉强走马上任。
欧阳修为政讲究宽简，遵循人情事理，不求赫赫声誉。有人替他担心，说道：“前任包拯威名震动京都，有着古代京兆尹的风采。你却没有任何动人的地方，怎么是好？”欧阳修回答说：“人的才气、个性不一样，各有长短，只要各自扬长避短，都可以达到预期目的。怎么可以丢掉自己的长处，用自己的短处去曲从习俗，博取声誉呢？我应该尽自己的努力去工作，胜任不了就退下来。”他上任以后，按照自己的政治主张行事，一切都治理得井井有条。七百多年后的清嘉庆年间，有人在开封府衙东西两侧各树一座牌坊，一边写着“包严”，另一边写着“欧宽”。欧阳修的“宽简”与包拯的“威严”，代表着封建循吏的两种风范，同时流芳，传为千古美谈。
六月十五日，欧阳修上奏《论编学士院制诏札子》，建议由翰林学士院编纂立国以来朝廷所颁布的制诰文书，保存当代历史档案。宋朝建国以来，仁宗明道年间以前的制诰文书，虽然有所编录，但是没有区分类别卷次。景佑初年以后的，则渐渐散失。欧阳修进翰林院后，曾经试图按类辑编，发现百分之五六十已经丢失。为此，他请求仁宗组织人员将宋朝立国以来由学士院起草的文书，分门别类，依照年月，汇编成册，题名为《学士院草录》。对于已经散亡的，寻访搜求，予以补足。自今以后，应委派专人逐年编纂，使本朝史料不致散佚湮没，仁宗同意他的建议，下令由翰林学士院实施。
七、八月间，京师权贵犯法现象日趋严重。推究其原因，在于权贵们有恃无恐，一旦触犯刑律，常从宫中乞得恩命，以逃脱惩罚。欧阳修莅职不满两个月，就遇上十起此类案件。对于权贵倚仗权势，为非作歹的行为，欧阳修深恶痛绝，决心严加惩处。他上奏《请今后乞内降人加本罪二等札子》，请求允许今后对替别人谋求内降的人，连同罪犯一并治罪；凡是罪犯自行求得内降的，一律施以加重本罪二等的处罚，切实制止宦官小人扰乱朝纲，败坏法纪。当时，一个叫梁举直的宦官，私自役使官兵，触犯了朝律，被交付开封府处置。然而，从宫廷接二连三传出内降，要求宽恕免罪。欧阳修坚决顶住，三次内降，都被拒绝，终于将罪犯绳之以法。权贵势要、皇亲国戚看到新知府秉公执法，不徇私情，不得不规矩起来。京城顿时晏然无事。
嘉佑四年（1059）正月到了，按照往年习俗，京城元宵节要大闹花灯，万民出游，欢庆新春。然而，去年冬天以来，开封地区雨雪霏霏，天寒地冻，柴炭米蔬价格暴涨，老百姓难耐饥寒，有投井跳河的，有活活冻死饿死的。作为父母官的欧阳修，一方面组织人员赈灾济贫，一方面上奏《乞罢上元放灯札子》，请求仁宗罢免今年的元宵放灯，以表示敬畏天命，忧虑民生。仁宗批准了欧阳修的奏议，罢弃了元宵灯节。
正月里，欧阳修一直处在病休当中。为了不贻误职事，他三次上书仁宗，请求免去权知开封府事，让自己出知洪州（今江西南昌）。二月三日，朝廷鉴于欧阳修的健康实况，同意免除权知开封府职务。但是没有派他出知洪州，而是超转一官授他给事中，同提举在京诸司库务，让他在京养病。
二月二十八日，仁宗亲临崇政殿主考礼部奏名进士。欧阳修身体已有好转，被任命为御试进士详定官，负责审定由初考官和复考官评定的成绩等次。仁宗亲笔书写“善经”二字赐给欧阳修。详定地点在崇政殿后院，同事有翰林学士、集贤校理江休复，端明学士韩绛等人。
三月二十五日，御史中丞包拯改任三司使，在朝廷内外引起一片哗议。当初，张方平担任三司使，因为购买富豪家产，被包拯劾奏罢免。宋祁继任三司使，包拯又连章弹劾，说宋祁在四川做官生活奢侈，游宴过度，又说他的兄长宋庠现任枢密使，做弟弟的理应回避，于是宋祁改知外郡，由包拯出任三司使。包拯不避嫌疑，欣然受命。这引起欧阳修的不满。
欧阳修《论包拯除三司使上书》，指出朝廷用人，要推尊名节之士。所谓名节之士，知廉职，懂礼让；义不苟得，自重其身。他惋惜包拯学问不深，思虑不熟，连续弹劾两位三司使，自身取而代之。这是《左传》上所讲的，“牵牛蹊田而夺之牛”，做得太过分了。有人牵牛践踏了某人的田地，某人就夺了他的牛作为惩罚，这种处罚未免太重了。退一步说，即使包拯自己问心无愧，也不可不避嫌疑。他建议朝廷另选三司使，改任包拯其他职务，以保全包拯的名节。奏章上呈以后，包拯不敢赴任，居家辞命，然而朝廷不肯改任。过了许久，包拯才去三司就职。
七月，欧阳修上奏《论史馆日历状》，主张革除史馆弊端，健全史官职责，保存当代史料。古代的国史由宰相监修，翰林学士修撰。在这以前，有两府宰执撰写《时政记》，起居郎与起居舍人编纂《起居注》，再由着作郎与着作佐郎会集修撰成《日历》。到了仁宗末年，史馆虽然有馆员，但是荒废了职事。《时政记》、《起居注》和《日历》记事简略，朝廷大事百不存一。有些大事，史官想记载却不敢下笔。古代国君并不阅读本朝史籍，如今史籍撰述完毕，一定要抄录奏报，因此史官有所忌讳，不敢直言记事。欧阳修建议：《时政记》、《起居注》和《日历》必须秉公直书，按月上报史馆，并请求史籍撰成以后，不必进本，恢复古代修史的优良传统。
秋天的一个夜晚，欧阳修正在灯下读书，忽然从西南方向传来一阵奇怪的声音，开始有如淅淅沥沥的雨声，接着有如波涛汹涌澎湃，有如暴风骤雨迅猛而来。欧阳修感伤地叹息：“这就是秋声啊！”于是命笔写作《秋声赋》。这些年来，他深受仁宗信任，官位不断升迁，但是，由于政治理想与现实政治之间的尖锐矛盾，他在思想上陷于极度苦闷之中。他不愿意养尊处优，尸位素餐，渴望有所作为，造福百姓，然而朝政弊端丛生，官吏因循成习，社会危机四伏，时弊积重难返。他在思想上处于两难境地：守成则日趋冗滥，改革又徒滋纷扰。表现在诗文创作中，便是一种悲秋叹老、衰病无能的感伤情绪。《秋声赋》中写道：嗟乎！草木无情，有时飘零。人为动物，惟物之灵，百忧感其心，万事劳其形，有动于中，必摇其精。而况思其力之所不及，忧其智之所不能，宜其渥然丹者为槁木，黟然黑者为星星。奈何以非金石之质，欲与草木而争荣？念谁为之戕贼，亦何恨乎秋声。他感叹人生不必去思虑自己力量与智慧达不到的事情，人的体质并非坚如金石，何必自我戕害，去同无情的草木争芳斗艳？看上去，他似乎在提倡一种安天知命、与世无争的人生哲学，实际上，其中蕴含着作者几十年宦海沉浮、饱经风霜以后的深沉慨叹，表现了作者在现实政治中难以有所作为的无可奈何情绪。