心高气傲的爱玛认为自己各个方面都不会输给那些贵族小姐，她甚至已经把自己当成了一个真正的贵族小姐，憧憬着美丽的爱情，但等待她的是平庸、乏味、毫无风度可言的乡镇医生包法利。她无法承受这样的反差，因此终日烦恼、嗟叹，侯爵府的舞会更是在她的心里掘开了一个大洞，随之而来的平淡日子令她再也无法忍受，积郁已久的情绪终于发生了质的变化，躁狂抑郁症就在这个时候爆发了。爱玛脸色苍白，心跳急促，有些日子，特别兴奋，唠唠叨叨说个没完，突然又变得迟钝，不动，也不说话。这种情况从九月一直持续到第二年三月，不见明显好转。躁狂和抑郁症状交替出现，又没有任何生理器质的原因，这显然是躁狂抑郁症的主要特征。从表面上来看，爱玛发病的直接原因是对婚姻生活的失望，但究其实质，是自我同一性危机在作怪。自我同一性涉及身份的确认，即一个人如何看待自己和别人如何看待自己的问题。在别人的眼里，她过去曾是修道院里最受宠的好学生，是卢奥老爹最心疼的独养女儿，是农庄里有教养的“城里姑娘”，而现在她的身份只能是平庸的乡镇医生的妻子——包法利夫人。在爱玛自己的眼里，她宁愿自己还是修道院里的那个少女，是卢奥老爹膝下的乖女儿，但现实已经完全不是她所能控制、所想象的了。那些悠闲而被梦想装饰着的日子一去不复返，剩下的只是日复一日的忧愁与无望的等待。理想与现实的差异令她痛苦不堪，少女时代的学习经历，侯爵府舞会醉人的回忆，甚至她美丽的外表、聪颖的头脑都反复折磨着她。是啊，这一切和平庸的乡镇医生多么不相称啊？爱玛自认完全配得上贵妇人的生活，哪怕是那些不相干的小镇居民也认为她即使当一个县长夫人也绰绰有余。在这样的反复比较思量之下，爱玛对自我身份的确认愈发模糊了，“包法利夫人”和“爱玛”这两种身份在她身上无法达成一致，即她的同一性无法实现，所以她怎么也想不通，无法面对现实的一切，纠结的情绪在她的脑中横冲直撞，找不到出口，便只能以病态的形式来宣泄，因此导致躁狂抑郁症的发作。
包法利医生和他的业师将爱玛诊断为一种神经性的疾病，显然是低估了病情的严重性。躁狂抑郁症在不发病时，病人的精神状态基本是正常的，所以爱玛搬到永镇之后病情似乎有所好转。爱玛也认为换一个环境可能会有新的开始，初来乍到的新鲜感也使她的病情稳定了很多。实际上，爱玛所谓的新的开始是期待有不同寻常的事情发生，如神秘、刺激，一旦这种期望落空，她的病还是会再次发作的。在永镇，爱玛果然迎来了新的开始，却并没有给她的生活带来多大的改观，反而加重了她的病情。
怀孕与同一性危机
爱玛来到永镇后的第一个新开始是女儿的降临。由于包法利不能按照爱玛的愿望买一个吊式摇篮，配上粉红色的丝帐，再买几顶绣花的婴儿帽，她一赌气就什么都不买了。她把准备工作全扔给别人去做，她对孩子的感情一开始就是有欠缺的，成为母亲虽然是一个新的开始，但对爱玛来说一点儿也不美好。在怀孕的问题上，同样是同一性的危机。爱玛的赌气表现使她更像一个任性的小女孩，而不是成熟的少妇，这两种象征“幼稚”和“成熟”的身份在爱玛身上产生了微妙的冲突，关于身份辨认的同一性仍然没能达成。可以想见，童年时期，父母是非常宠爱她的，对她的要求都尽量满足，使她很少体会到责任的重要性。这就不难理解为什么仅仅因为愿望得不到满足，她对孩子应有的母性也未被激发。从某种意义上来说，爱玛延续了她童年期的行为模式，怀孕这件事对她来说更像是一场童年期的游戏，需要有一定的道具来营造气氛，如吊式的摇篮、粉红色的丝帐、绣花的婴儿帽等，换句话说，没有这些道具好像就不像是怀孕，所以她对这场游戏也就兴趣索然了。对怀孕是“游戏”而不是“责任”的认知偏差正是爱玛自我同一性危机的体现，为人妻、为人母，一个接一个的新身份令爱玛变得焦虑而无所适从，她没法将自己的身份定位在“准妈妈”上，更体会不到将为人母的责任感，而在潜意识里扮演了任性的小女孩的角色，以此来逃避对现实不满而产生的焦虑。
另外，爱玛希望生个男孩，因为男孩可以不受女孩所受的禁锢，自由施展自己的抱负。爱玛为什么会对男孩有这样的认识呢？除了时代大背景和社会文化的宏观影响，我们还可以更微观地看待这个问题。从她父亲身上，我们可以窥见这种认识的来源。福楼拜在描写卢奥老爹时曾有过这样的评价，他事事不愿动手，生活贪图享受，花起钱来毫不吝惜，连吃饭也要人伺候；而母亲的去世和哥哥的夭折使爱玛不得不担起了照顾父亲管理农庄的重担。父亲破产后她又只能嫁给平庸的乡镇医生。这一切都使爱玛感到男人可以为所欲为，可以实现理想，而女人只能受人摆布，无法掌控自己的命运。所以，她期望能生个儿子，以报复自己无能为力的过去，但女儿的出生使她的愿望再一次落空。她在女儿身上寻找不到人生的希望，因而她和包法利的婚姻也失去了凝聚力。于是，爱玛将关注和期待投向家庭之外，希望婚外恋能给她寡淡的生活增添一丝波澜。
偷情与同一性危机
在永镇的另一个新开始是她遇见了爱慕她的公证所办事员莱翁。爱玛虽然也爱上了他，但出于矜持、怠惰和廉耻心，始终和他保持一定的距离，把握着若即若离间的微妙分寸。这种情感的自我压抑，开始时使爱玛觉得颇有几分骄傲，她强迫自己把注意力转移到家庭生活上，使自己看起来像一个极为贤惠和贞洁的妻子。她疏远莱翁，通过寻求孤独来领略思念他的乐趣。这种自我折磨最初能够使她获得快感，也印证了爱玛自我同一性的混乱。她在“少女爱玛”和“包法利夫人”这两种身份角色间摇摆、困惑、挣扎。作为“少女爱玛”，她享受被青年爱恋的乐趣，享受暧昧不明的周旋，更享受自我折磨的快感；而作为“包法利夫人”，她要履行妻子的义务，背负起照料家庭的职责。爱玛显然还没能真正接受“包法利夫人”这个身份。在这两种身份的转换间，她体会到一种背叛与报复的快感，尤其是当爱玛游离于“包法利夫人”这个身份之外时，她还体验到一种类似于偷情的刺激感。不久，自我压抑最初的乐趣消失了，随之而来的是痛苦和抱怨，使她的躁郁症很快再次发作。躁狂发作时，她变得易怒，一点点小事都会让她暴跳如雷；而当抑郁发作时，她又变得恹恹无力，呆呆地坐在角落里，低声啜泣，眼泪不住地流。躁郁症的患者对自己的病情有一定的自知能力，会主动寻求帮助，对他们进行药物和心理的双重治疗是很重要的。但可惜的是，当爱玛主动向教堂神甫寻求帮助的时候，神甫根本就没有注意到她病情的严重性，未能及时伸出援手。当然，也许即使神甫倾听了爱玛的倾诉，也未必能理解她的心情，可能还会认为她是无病呻吟，脑子里尽是不切实际的幻想，而不会意识到这是精神疾病的表现。
爱玛的克制终于使莱翁心灰意冷，离开了永镇。他这一走，使爱玛获得不久的爱情期望再次落空了，她的病情也随之加重，表现出更多躁郁症的临床特征。在躁狂症状方面，除易被激惹外，还滥买物品，做事有头无尾，缺乏成效。如学意大利语、读书、刺绣，都是开个头就扔在一边。这时，另一个男人闯入了她的生命——情场老手罗道夫。很快，爱玛就成了罗道夫的情妇，婚外情使她获得了一种真正的背叛的快感，仿佛获得了某种程度的解脱。爱玛疯狂地陷入了这段不伦之恋，虽然其间也有过犹疑、挣扎和自责，但丈夫的无能与乏味最终使她完全倒向了情人，使自己完全游离在“包法利夫人”的身份之外。她陶醉在自己想象的爱情当中，与其说她的多情、依恋是指向罗道夫的，倒不如说是指向她想象中的完美化了的情人。这种爱情像毒药般麻醉着她的精神和肉体，爱欲的纠结将她迅速催眠，她甚至提出要罗道夫带她私奔。当然，抱着逢场作戏心态的罗道夫不可能答应这个疯狂的要求。他先用谎言稳住爱玛，然后留下一封惺惺作态的绝交信便溜之大吉了。病情原本因为新恋情而有所稳定的爱玛，现在又因受不了被恋人欺骗愚弄的打击而急转直下，使她差一点儿在发病时结束了自己的生命。自杀念头和行为的出现说明病情已经相当严重了，此后，爱玛的躁郁症频繁发作，从秋天一直持续到冬天才略微有所稳定。
男性气质与同一性危机
为了爱玛能更快康复，包法利医生带她到卢昂看歌剧，不料遇到了已经变得沉稳老练的莱翁。爱玛和莱翁旧情复燃，很快便成了情人。爱玛每周都借口学钢琴到卢昂的旅馆包房和莱翁幽会。此时的爱玛，表面上看似乎是变得比以前更加放纵——她尽情地在这段恋情中宣泄着——实际上这却是一种病态的表现。她把旅馆的包房当成自己和莱翁的家，像夫妻那样相处。她在潜意识里已经将“包法利夫人”的身份从自我角色中剥离了出去，而单独享受“少女爱玛”和恋人幽会所带来的欢愉。同时，债务的压力也越来越大，加重了爱玛的病情。她被分裂成了两个人，在旅馆里，她更加兴奋、狂躁；而在家里，她却更加抑郁、哀叹。另外，疾病也成了她抵抗外界压力的一种防御机制，当婆婆指责她时，她的病立刻就发作，丈夫便毫不犹豫地站到了她这边。在与莱翁幽会时，莱翁注意到了爱玛不正常的表现，但他不敢问，他屈服于爱玛强烈的支配欲，很多时候，与其说爱玛是莱翁的情妇，倒不如说莱翁是爱玛的情夫。从爱玛身上，我们看到了很多属于男性气质的东西，她如同全副武装的巴拉斯，从宙斯的头中生出，这奇异的两性人在一副迷人的女性躯体中，保留着男性灵魂的一切魅力。福楼拜赋予了她（也许是无意识地）某些男子汉的品格：
1.想象力，这是一种至高无上的、专横的能力，它取代了感情，或人们称之为心的那种东西，而通常心是排斥理智的。一般来说，在女人身上如同在动物身上一样，心是占支配地位的。
2.突然的行动力，迅速的决断，理智与激情的神秘融合，这些都是善于行动的男子汉的特征。
3.包法利夫人自己送上门，她被自己的幻想所裹挟，慷慨地、大方地委身于人，其方式完全是男性的。她委身于不是她的对手的一些坏蛋，恰似诗人向坏女人倾诉衷肠。
4.还有一个证据证明十足男性的品格在向她的血液提供养料，即说到底，她不大关心她丈夫外部的、可见的欠缺及其刺眼的外省习气，而更关心他的完全缺乏才能和由给瘸子动手术所表现出的精神上的低能。
这种男性气质的获得也许来自早年对父亲和哥哥的崇拜、羡慕，希望自己能像男人一样自由支配自己的生活，也许来自母亲和哥哥死后独立管理农庄事务的压力。这种男性气质，虽然难能可贵，但并不符合当时的时代背景，更不符合爱玛的身份、地位和阶级。从某种意义上来说，这种混杂在爱玛身上的男性气质同样造成了自我同一性的混乱，是导致躁郁症的重要原因之一。
在故事的结尾，爱玛被法庭逼债，两个情人都弃她而去，所有的因素集结在一起，她的意志彻底崩溃了。她在抑郁状态中看似“冷静”地服下砒霜，结束了自己的生命。在福楼拜所描写的爱玛自杀的场景里，爱玛获取砒霜的过程显得冷静而有策略，看不出任何不正常。但事实上，许多抑郁症患者的自杀都是有计划的，有的甚至还故意装出心情舒畅的样子，为的就是不让别人看出自己自杀的念头。对爱玛在药店里骗取砒霜过程的描写，看似笔触平淡、波澜不惊，但读来有一种惊心动魄的悲凉，连福楼拜本人也情难自禁。当时福楼拜的朋友去看望他，门虚掩着，可是，敲了几次都没人答应，仔细一听，里面仿佛有抽泣声。这位朋友以为出了什么不幸，猛一推门，直闯进工作室，只见福楼拜伏在案前痛哭流涕，连朋友进来也没觉察。朋友走上前去，摇着他的肩膀问：“什么事使你哭得这样伤心？”福楼拜悲痛万分地说：“包法利夫人死了！”他的朋友不解，问他：“哪一个包法利夫人？”福楼拜指着桌上一堆几寸厚的书稿说：“就是我的《包法利夫人》中的包法利夫人呀！”朋友这才明白他在为自己小说中女主人公的死而伤心，因而劝他说：“你既然不愿让她死去，就写她活过来嘛！”福楼拜无可奈何地说：“写到这里，生活的逻辑让她非死不可，没有办法呀！”
福楼拜用真实细腻的笔触记录了爱玛由躁狂抑郁症走向自杀的心路历程，从中我们看到了自我同一性的危机，早期经验和家庭动力结构（指家庭成员间的相互关系）的影响，更看到了一个在精神疾病折磨下被禁锢的灵魂。现在，香魂化作一缕轻烟散去，爱玛的灵魂终于以我们最不愿看到的方式挣脱了所有的禁锢，但留给世人的却是无尽的叹息和深深的思索。