在“文革”初期，黄琪翔家中受难时，曾登上他的老友李宗仁在西总布胡同的家门，向李叙述他家的不幸：存款现款首饰等财物，都被席卷一空，家里的服务人员也造反了，眼前生活都成了问题。李宗仁听出黄琪翔的意思，是想在李公馆借住些时日。可这时李家的情况也起了变化，厨房和服务人员也怠工了，他也不能做主随便招待客人，他只好不安地婉转表示这里也很不方便了，黄琪翔只好怅然告辞。
这件事像针似的刺得李宗仁心里隐隐作痛。他既伤感老友被抄家揪斗或殒亡，又畏惧自身的安全。
本来，1966年7月，李宗仁在原夫人郭德洁女士病故后，才与新妻胡友松刚刚履行了正式结婚手续，婚后，周恩来还专门安排了“专列”，让李宗仁到北戴河度蜜月，并叮嘱一定要保证安全。就在这时，“文化大革命”的风暴已经拔地而起。李宗仁定居北京后，曾向总理建议由他策动另一些闲居海外的人士回国。这些人有留居港澳的桂系上层人士黄旭初、夏威等，有生活在美国的吴尚鹰、甘介侯和住在墨西哥的毛邦初等人。吴尚鹰曾担任过孙中山的秘书，后来与孙科意见相左，寄居美国，李宗仁到美国后，与之过从甚密，李回国前曾邀其一同归来。甘介侯和桂系有一定的关系，据说郭德洁对李的部属，文的欣赏甘介侯，武的看重刘为章（刘斐）。李宗仁通过司徒雷登与美国拉扯关系，完全是甘介侯从中疏通。毛邦初是蒋介石的浙江奉化老乡，是国民党空军副总司令，1950年因以他名义存的1000万美元外汇之事，和台湾闹翻了，避居墨西哥。周恩来表示，除甘介侯以外，其他的人都欢迎。李宗仁还向香港的黄旭初、夏威汇去了回大陆的路费，并要尹冰彦以李的名义致吴尚鹰、毛邦初问候和邀请的信函。“文革”一来，他还真庆幸这些人没有回来，否则人人自危，无颜以对老友。
但政府还是保证了李宗仁的政治待遇。毛泽东在天安门城楼接见红卫兵时，李宗仁也被请上了天安门。周恩来和李宗仁见了面，关切地问：“李先生，你近日生活可好？看上去，你的气色比刚回国时好多了，身体还不错嘛！”
“谢谢总理。幸得总理多方关照。”李宗仁感激地说。
周恩来皱了一下眉头，问：“李先生，有件事我一直放心不下，你的夫人现在怎么样？听说，红卫兵找她的麻烦，批斗了她，还让她扫马路，真有此事？”
李宗仁连忙摆摆手：“总理，没有这回事，全是谣传。”
“这我就放心了。”周恩来长吁了一口气，眉间舒展了，“这就好。你回去后，请代问夫人好。”
“谢谢总理。”李宗仁向周恩来伸出了手。他们握手告别。
可李宗仁是个喜欢热闹的人，正当大多数被造反派称为“国民党残渣余孽”的“牛鬼蛇神”们，蛰居家中唯恐惹事时，李宗仁在清静了几日之后，又打算像往日一般请客吃饭，把一伙老友邀来相聚。章士钊接到他的请柬，赶忙来函制止，并劝李宗仁说：“当前运动正进入高潮，目前吾人应深自敛抑，如我公经常宾客满门，置酒高会，恐为群众所不谅。”李宗仁这才作罢，遂心中老大不快。
接着，红卫兵“向旧世界宣战”，在“横扫一切牛鬼蛇神”的口号声中，使李宗仁痛心的事接踵而来。最使他触目惊心的是，与他相交数十年的老友黄绍竑不堪凌辱自杀身死的事情。
1966年8月的一天上午，黄绍竑去医院看病时，红卫兵冲进他家去造反，先没有找到黄绍竑，有点心不甘。刚走到路上，正遇黄看病回来，于是，红卫兵一拥而上，将黄拉转回家，抄家，罚跪，拳打脚踢。黄家这样被冲击了两次，黄绍竑实在忍受不了，就自杀身亡，时年71岁。
李宗仁的另一名老友刘斐也遭到黄绍竑同样的境遇，抄家、抽打、罚跪之后，又将存折和现款全部收走，刘斐本人被打得卧床不起，夫人伍淑英的头发被剪得乱七八糟，剃了阴阳头。全家只剩下9分钱硬币，粮票也被收走了。做饭的阿姨和开车的司机闹开了怠工，粮店和煤店对被抄家的居民停止供应，生活立即陷入绝境。刘斐被迫去扫街……
李宗仁这才意识到形势不容乐观。
9月15日夜间，李宗仁正在书房看当天的《参考资料》，胡友松在看英文稿《李宗仁回忆录》，警卫秘书陈贵上楼来说：“李先生，楼下有人找。”
李宗仁跟着秘书下楼来，客人已在客厅等候，他很客气地说：“李先生，国务院领导同志请您去疗养一个时期。今晚，我就是奉命来接您和您夫人的。”
军人出身的李宗仁有几分警惕地说：“我身体很好，没有必要去疗养。我就在家里好了，哪里也不去。”
来人显出为难。可是又似有难言之隐，说了半天都是重复刚才的话，而李宗仁也听烦了，哪里也不去的主意十分坚定。来人无奈，只好告辞走了。
大约11时，李宗仁夫妇已经入睡，秘书又在门外传话说，楼下又有人来。
李宗仁披衣下楼，心中很是蹊跷：这样晚了到底有什么事？
这次是国务院机关事务管理局高富有副局长。他一见李宗仁下楼来，十分抱歉地迎上去说：“李先生很对不起，刚才来的那位同志没有讲清楚。现在，全国局势乱得很，出现了许多预想不到的现象。为了保障您的绝对安全，总理意见，请您暂避一避，趁此机会可以疗养疗养。”见李宗仁情绪尚好，便继续说道：“刚才总理听完汇报，又全面地考虑了您的意见，认为还是请您暂时离开这里为好。总理特意派我来，要我耐心地劝说您。”
“哦，是总理派你来的？”
“是的。”
“那好，我听总理的。”
李宗仁痛快地答应了，高副局长心里一块石头落地。李宗仁上楼去，和胡友松商量了几句，两人就提着一个皮箱下楼来。他们一出门，看见一辆大轿车已停在门口，这是周恩来的红旗轿车。李宗仁夫妇跟着高副局长钻进车里，车尾喷出一丝轻烟，就驶离了。警卫秘书很纳闷：他们这是去哪里？
汽车在夜色里穿行，从长安街往西开去，停在解放军总医院南楼（高干病房）门前。原来，周恩来见局势进一步动乱，有可能冲击一些统战对象，就指示解放军总医院，将院内的高干病房全部腾出来，将章士钊、张治中、程潜、何香凝、傅作义等高级民主人士安排住进去，实行保护。这里楼门厅有军人值班站岗，不但和外界隔绝开来，就是内部也无法串联接触。他们住在这里，外边发生什么事情，也不会殃及于此。为了以防万一，每人必须取一个假名。就这样，李宗仁成了“王敬之”，胡友松成了“唐伟”。
李宗仁在这里度过了最乱的日子。
这年的国庆节，李宗仁仍被邀请上了天安门。他仍由高副局长从解放军总医院直接送到天安门城楼。检阅开始前，上主席台的人都在休息厅休息。李宗仁坐在沙发上，他的两侧，左边坐的是程潜，右边是傅作义。他们正在吃茶谈话时，突然从门口走进一位身着黑色服装的女人。人们都站起来和她握手。她和程潜握手时，因旁边的李宗仁没有站起来，她就和另一边的傅作义握手招呼去了。她像一阵风走过去。李宗仁悄声问傅作义：“她是谁？”
傅作义颇有惊色：“她是主席夫人，你怎不认识？”
李宗仁神色不安：“我只在毛主席去年请吃饭时见过一面，可她今天改了服装，我认不出来了！”话语间颇觉失礼，后悔不及。
1968年8月，李宗仁因大便出血甚多，赴北京医院检查被确诊为直肠癌。后由有名的肿瘤专家组成一个医疗小组，拟制治疗方案，并经周恩来核定。切除手术做得很好，9月下旬出院，迁至北总布胡同新公馆休养。虽然手术是成功的，癌毒也未扩散，但因他多年患肺气肿，心脏已呈衰竭迹象，身体已大不如从前了。9月30日，他应邀出席国庆节人民大会堂国宴，在宴会厅呆了两个小时，回家后顿觉身体不适，次日又病倒住院。关于此事，周恩来曾对程思远说过：“当时发给李先生两张请柬，一是出席宴会，一是上天安门。我的意思是要他不参加国宴而上天安门城楼亮一下相，即回家休息。但这一决定没有能够贯彻下去，以致出事。”
后曾请中医国手诊治，但他虚不受补，成效甚微。1969年1月25日，又得了一场肺炎，由于青霉素发生抗药性作用，抢救未能成功。1月26日，在病危中，他对在床边的胡友松说：“我的日子不会再有多久了。我能够回来死在自己的国家里，这是了我一件最大的心愿。”他气喘吁吁，说话已经很困难，仍坚持说着：“回来以后，本想在台湾问题上，做点工作——我的那些想法，曾对你讲过，还没来得及向周总理提出，现在什么都来不及了。台湾总是要统一的，可惜我是看不见了。这是我没有了却的一桩心事。那些书（指他带回来的许多线装书）送给广西图书馆。书画送给政府。那几瓶酒送给毛主席、周总理吧！”
他说话时，一颗老泪滚落枕边。他望了一眼胡友松，对负责他生活起居的尹冰彦说：“她太年轻，结了婚，日子虽短，也算是李宗仁的夫人，你们要照顾她……”
胡友松已在一旁哭成泪人一般。
李宗仁在病榻弥留之际，还口授了一封信给毛主席和周总理，表示感谢之意。据程思远记述，李在简短的信中说：“我在1965年毅然从海外回到祖国所走的这一条路是走对了的……在这个伟大的时代，我深深感到能成为中国人民的一分子是一个无比的光荣……在我快要离开人世的最后一刻，我还深以留在台湾和海外的国民党人和一切爱国的知识分子的前途为念。他们目前只有一条路，就是同我一样回到祖国怀抱……”
1969年1月30日，一个78岁的老者，带着对这个世界的眷念离开了。
周恩来总理参加了2月1日在北京八宝山公墓礼堂举行的遗体告别仪式。周恩来在仪式上说，李宗仁先生临终前写的这封信，是一个“历史文件”。