新中国建立之后，傅作义出任水电部长先后达20多年，至1972年才因病恳辞。他总有一种“赎罪”的心情，想多做工作来补救。他常以周恩来说的“活到老、学到老”的名言来策励自己。由于他经常深入工地，再加上他是一个非常注意倾听别人意见的人，这使他对水利工作有了较多的了解。他的许多有关水利的发言和文章，既综合了大家的见解，也包括他本人的构思和看法。所以有一次毛泽东听了他的汇报后，高兴地说：“你钻进去了。”
傅作义对自己总是要求严格的。他出差总是尽量少带人，到了下面视察时也不希望有过多的人陪着，不要排场，不要“浩浩荡荡”，也不要挂“公务车”，和身边几个工作人员合起来有一间包厢就够了。
党中央对傅作义一直很关心。1957年他在山西视察工作途中，严重心脏病突发。周恩来闻讯后，派专机送心脏病专家黄宛大夫前往抢救。回京后，周恩来两次到医院探视。后来，周恩来听说傅作义在病情稳定后，仍坚持到机场迎送外宾，特别指示外交部领导，免去傅部长再去首都机场参加外事活动，以关照他的身体健康。傅作义对此十分感动。1963年8月，河北省广大地区遭遇罕见暴雨，海河水系的几条主要河流同时猛涨，天津城市和南北铁路交通处于洪水的威胁之中。那时正是傅作义第二次发生严重心脏病经过几个月的治疗出院后不久。他在家里再也坐不住了，每天都给部防汛办打电话，了解汛情。后来无论如何要亲自去天津一趟，实际看看水情工情，慰问抗洪抢险的队伍。部党组同志考虑傅部长的健康情况，一再进行说服劝阻。傅作义自己找了周总理，反映了他的心情，在这种情况下，周恩来只好同意了他的要求。
周恩来的保健医生张佐良大夫说过，“文化大革命”开始不久，周恩来便得了冠状动脉硬化性心脏病，每当工作紧张或过度劳累后就发作心绞痛，并有心律不齐、心动过速等情形。从那时起，他每天吸氧，每日服药四次，他的衣兜里始终装有硝酸甘油的小药瓶。1972年5月，周恩来的常规尿检发现4个红血球，很快升到8个，到了第二年年初，他开始尿血，确认为膀胱癌。但他仍默默地工作着。
“文化大革命”初期，傅作义是上了周恩来定下的“保护名单”的，并建议他去住院或到外地休养，这实际上也是一种保护性安排。傅作义理解总理对他的深切关怀，但他认为对他说来并不必要，他谢绝了。
到了70年代，傅作义的身体每况愈下。周恩来仍是他的精神支柱。傅作义的夫人刘芸生，记录了傅作义最后时刻的情景：
1974年4月中旬，宜生已处于弥留之际，特别使我感动的是周总理带病又一次来到北京医院看望他。当时，我唤醒宜生，告诉他总理来了。他在昏迷中听到总理来了，用了很大的力气睁开眼睛。总理握住他的手，深情地说：“傅作义先生，毛主席说你对和平解放北平立了功。”这时宜生已经不能说话了，听到这诚挚、温暖的话语，他的嘴唇颤抖着，眼睛里闪着泪花。
与张治中、傅作义相比，黄琪翔的命运似乎更加惨烈。
连黄琪翔的夫人郭秀仪也认为：他在中国历史转折的关键时刻，能做出果断的抉择，回到祖国，这与他过去在政治思想上受到周恩来同志的启迪和影响是有关的。
1949年8月间，中共同志通知黄琪翔到北平去，并为之准备好了船位。黄琪翔愉快地接受了通知，从香港辗转到了北平。在那里，他见到了周恩来，心情非常激动。周恩来向他表示欢迎。9月21日，黄琪翔以特邀代表的身份，参加了全国政协第一届全体会议。会后，他被安排为中央政法委员会委员。
有一次周总理在北京饭店邀请民主人士谈话，讨论民主党派工作问题，黄琪翔亦被邀参加。周恩来在讲话中建议原与民主党派有关的民主人士可以归队，以利于团结、教育、改造的实际工作。同时，周恩来在和黄琪翔谈话时，也希望他回到农工民主党工作。这以后，黄琪翔就到中国农工民主党工作了。1950年中南军政委员会成立，黄琪翔被任命为委员、司法部长。黄琪翔去武汉就任前，周恩来特意请他夫妻俩吃了饭。1954年，大区撤销，黄琪翔调回北京，担任国家体委副主任。在这个期间，他和周恩来见面的机会多了。周恩来有时约他夫妇去北京饭店跳舞。跳舞时，周恩来常常问起农工民主党和黄琪翔的情况。有一次美协放映齐白石的纪录影片，周恩来隔着很远看见了郭秀仪，当着许多人，对她大声说：“琪翔好哇！替我问候他！”
可不幸的是，1957年，黄琪翔被错划为“右派”。他精神上为之苦恼，思想上也有些不通，曾向周恩来倾诉过他内心的痛苦。周恩来对他总是给予安慰和鼓励，这才使性格宁折不弯的黄琪翔增添了生活的勇气。
“文革”一来，风暴首先袭击了黄琪翔家。8月底，红卫兵抄了他们的家，黄琪翔夫妇都遭殴打，然后被赶出家门。他们只得搬到中国农工民主党宿舍去住，又受到当时农工党内造反派的残酷迫害和非人待遇。周恩来听说他们搬出原住所以后，便派工作人员到农工党宿舍来看他们，问他们住在这里好不好？有什么困难？
郭秀仪对此已经很感激了，就是有天大的困难，又能说什么呢？她只得说：“没有什么困难。”
工作人员又对她说：“总理要你好好照顾黄先生，你可以经常陪他出去散散步。”
虽然郭秀仪没提任何要求，但造反派听说总理派人来看他们，也不能不有所顾忌，对黄琪翔的态度也有所缓和，允许他做个“走读生”，即早上七点就要到机关，一个人被关在一间小屋里反省，写检查。晚上十一二点才放出来回家。但每天都得写交代材料，仍然要挨斗、挨打或陪斗。造反派还常来抄黄琪翔的东西。一生追求进步、耿直的黄琪翔实在难以忍受这种长期的精神折磨，考虑再三，还是给周恩来写了信。在造反派的监视下，被专政的对象，要发封信也是要担当很多的风险的；如果被发现，又要加倍地挨斗挨打。当时听说天安门有首长的信箱，就由郭秀仪设法将这封信带出去，从地安门徒步走到天安门，可是哪里也找不到那个“首长信箱”，只好走到邮局，用挂号寄到国务院。郭秀仪还在信封里附了一张给邓颖超的便条，说：“我有封信请您交给总理。”
这封信真的到了周恩来手中。他看信后，立即派人来看黄琪翔。黄琪翔悲愤地告诉来人，造反派经常抢东西，抄东西，逼着他每天写材料，还要挨斗、挨打、强迫劳动等等，继续在这里住下去，生命就会有危险，希望能够搬家。
在周恩来的亲自过问下，黄琪翔一家搬进了后来的新居。
从1966年8月搬到农工党宿舍到1970年5月迁出，在这将近4年的时间里，黄琪翔精神上、肉体上都受到极大的摧残。但他深信这黑暗凶残的局面绝非出自伟大的中国共产党，漫漫长夜必将过去，自己必有重见天日之时。但终因长期遭受折磨，精神压抑郁闷，患了心肌梗塞症，又得不到及时的治疗，于1970年12月10日与世长辞。郭秀仪于当日上午11时写信给周总理，报告这一不幸消息，下午2时周恩来便派人来看她，代表他对郭秀仪表示慰问。当时正值“四人帮”横行之时，一般民主人士都被看作“牛鬼蛇神”。但周恩来仍然指示政协特为黄琪翔举行了遗体告别仪式，在《人民日报》发表了消息，将骨灰安放在八宝山革命公墓，并送了花圈，表示哀悼。这在当时是极为难得的事情。（见《黄琪翔纪念文集》，中国文史出版社）