在盛宣怀的主导下，由邮传部拟定的对于各商办铁路的补偿办法里，规定对集股成效甚小的湖南、湖北两省归还现款，对市价已经跌落至五成以下的广东铁路股票优先发还六成，但是对于已经筹集到巨额股本的川汉铁路公司，清廷却不肯偿还任何现款，对于川汉公司在上海及其他地方亏损的股款，更是表明由川汉铁路公司自行负责。
这一显然不公平的补偿办法激起了四川绅商更大的愤怒，时有英国人戈菲在报纸上发表言论云：“和四川相比，湘、鄂、粤省的城市上流阶层还是安静沉默的。理由很明显：在这几个省，商人的所有铁路股份都得偿还。诚然，人民付出了‘租股’一类的附加税而一无所获，但城市绅士总算把本钱弄回来了。他们的尊严和爱国主义感情，虽然受到了冒犯，在本省范围内，他们虽然丧失了掌握铁路并从中获利的机会，但他们在经济上没有吃亏，所以接受政府决定。”而在四川，由于受到不公平补偿办法的刺激，该省绅商进一步联合起来，反对清廷的铁路国有政策，终于酿成一股无法收拾的滔天狂飙。
从一笔历史陈账说起
川汉铁路最初的动议，与京城那次密谈有关。按照锡良与张之洞最初的商定，这条铁路的上段——即成都至宜昌段，由四川省修筑；宜昌以下路段，由湖北省修筑。张之洞心里还有个小九九：川汉铁路的线路要绕开长江流域，改成经当阳、荆门、宜城至襄阳，避免铁路与水路两条黄金运输线“并驰争利”。
铁路修筑方案一经透露，立即遭到鄂省绅商、学生的反对，提出的问题很尖锐：湖北境内的铁路，为什么要四川人来修？一时间说客盈门，各种信函如雪片般飞来，张之洞为之头痛不已。其时他正为粤汉铁路款不足而发愁，本来就资金匮乏，如果将川汉铁路上段的工程也揽过来，实在太勉为其难，弄不好，非得让这付重担子压垮不可。
另一方面，四川人听说湖北在为铁路闹事，打听闹事的缘由，是怕川人抢夺他们修铁路的权利，觉得既可笑又可气。于是川鄂两地的绅商、学生按地域自然分成两大阵营，写文章公开辩论、声讨乃至对骂。骂过一阵之后，四川人静下心来一想：将来纵然千辛万苦修通了全四川的铁路，不通过鄂境也难以出川。这么一想，不禁黯然神伤，也开始担心起来。
民情反映到了两边总督府，锡良和张之洞都不敢怠慢，几次互派幕僚游走于川鄂两省省府，传达两位总督的意思，谈判商量对策。如前章所述，胡峻拖着咯血的病体与张之洞彻夜谈判，即为一例。经多次协商后确定：仿照粤汉铁路湖南境内宜章至永兴段由广东越界代修的前例，将鄂境宜昌以上一段暂归川省代修，订期25年，由鄂省按原用工费备价赎回。
应该说，这是一个川鄂两省都能接受的合理方案。
事实上在这前后，修筑铁路事宜确实有明显进展：成都设立了胡峻任校长的铁道学堂，延聘了留美学生陆耀廷、胡栋朝为铁路工程师，在宜昌设立了铁路分公司，并在成都、宜昌两地开始实地勘测等。
川汉铁路宜昌至成都段由四川代修虽已成定论，但是从何处动工，始终存在争议。铁路从宜昌至成都被分为三段，分别是：宜昌至万县、万县至重庆、重庆至成都。有人主张先修重庆至成都段，认为自古以来蜀道难，宜昌至万县段山势险峻，工程浩大，应该先易后难，修完川省境内的铁路后再去啃蜀道那块硬骨头。川省留日学生更是大声疾呼，附和此议。新聘任的铁路总工程师胡朝栋，广东人，早年曾选派赴美国留学，专攻铁路桥梁，获得硕士学位，说话很有声望，他在《四川》杂志上发表文章《川汉铁路宜从何地开工论》，支持铁路应先易后难的观点，认为只要成渝线建成，“凡缙绅学士富户殷商云集省垣，风行郡邑，盖登高一呼，众谷响应，是提纲先絜领，行远必自迩也。”胡朝栋的文章得到了川省留日学生和商绅士子的认同和支持，代表了大部分川籍子民的声音。
胡朝栋的文章是讲道理，可是另有人在报纸上撰写文章，却不那么讲道理了。文章传导激昂的地域对立情绪，散布传闻，说川汉铁路已准备停建，“拟改由川北经陕达汴之说，已与法人议定借款包修”。报纸送抵湖广总督府的案头，张之洞看了怒火中烧，赶紧叫幕僚来拟定电稿，通知川汉铁路公司总理胡峻，切忌轻举妄动。电文中说：“借款之害，人人皆知，川人岂肯蹈其覆辙？”又说：“栈阁、秦岭一带，施工恐亦不易……”
胡峻起初对张之洞的来电并不在意，认为只是一封关于铁路事务的普通往来函。一俟川督锡良知悉情况后，大为焦躁，急忙召集幕僚商酌对策。毕竟在宦途行走多年，锡良谙熟官场中的诸多潜规则，他读懂了电文里的潜台词，皮里阳秋的文字，暗藏着夺去红顶子的机锋，不能不格外小心警惕。他亲自拟了一封电报，向朝中大老张之洞详加解释，说压根没有停建川汉铁路之议，也没有铁路改由川北经陕达汴一说，更没有与法人议定借款包修，一切都是流言蜚语，望大老不必在意。又说，胡朝栋论川汉铁路宜从何处开工，仅是他个人的书生之见，附和其议的也只是一些地方商绅，与四川督府无关，云云。事情是解释清楚了，但是张之洞心里的疙瘩，却没有办法完全化解。
锡良是张之洞的老部下。张之洞在山西当巡抚时，锡良任阳曲县知县，曾经得到过张之洞的保荐。此后交情，一直契合，锡良督川以来，对张之洞处处尊敬，不敢有稍许得罪。朝野上下人人皆知，清廷当时引领新政的主要有两个人，一是袁世凯，一是张之洞。锡良当初提出修筑川汉铁路，就是出自张之洞的建议，入川之后，办新政中的种种举措但凡涉及鄂省的，他都会向张之洞请教，张之洞也对锡良大开方便之门，川省开办新军训练教官缺人，张之洞主动借调留美学生刘锡祺赴川授课，锡良在成都设立新式枪厂，张之洞派来技术人员辅助指导。但是官场上的人际关系极其复杂微妙，战战兢兢，犹如踩钢丝，容不得半点疏忽大意。
经此一番无趣的折腾，张之洞对锡良的态度冷淡了许多。有这么一个故事：一次，锡良出巡途经武昌，张之洞在八旗会馆设宴款待，开始的场面也还热闹，酒过三巡，众人都喝到开心时，主人却躺在红木榻椅上睡着了，鼾声大作，酒席上的锡良很是尴尬。张之洞的生活习性素来没有规律，起居无常，这几乎是人皆尽知的秘密，锡良也不便多说什么，只好起身，率部下悄然离去。
张之洞早年是晚清清流党的重要成员，中年以后，人生态度渐趋务实，为国人多发议论、不干实事而感到无奈：“中国积习，患在急于图利，而缓于办事，议论纷纭，游移不决，以致坐误事机。”对于川汉铁路公司虽成立多年却形同空壳，也殊多不满，认为中国财源枯竭，不足以支撑修铁路的巨款，必须向外国银行借贷，才是解决问题的良策。这之后张之洞积极谋划向洋人借款，促使清廷在铁路国策中大变脸，最终导致清政府垮台——当然，这些都是后话了。