明嘉靖二十一年（公元1542年），根敦嘉措去世，他的佛业必须有人继承，于是哲蚌寺正式寻找他的转世灵童。1544年，认定索南嘉措为转世灵童，他被称为活佛，这是格鲁派采用活佛转世制度的开始。活佛转世的形式巩固了格鲁派内部的团结，稳定了格鲁派的首领地位。转世活佛索南嘉措周游各地，收徒传法。1578年他在青海同蒙古土默特首领俺答汗相会，两人互相赠送尊号，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号，从此就有了达赖喇嘛的称号，达赖喇嘛的转世开始了。
明万历十年，有个叫罗桑曲结的人到安贡寺当喇嘛，他精通佛经，有高超的辩才，大家认为他是先任罗桑丹珠的转世，于是在万历十一年举行了坐床典礼，尊他为安贡活佛。后来，他担任扎什伦布寺的主持，他知识渊博，德高望重，蒙古首领固始汗给池赠尊号为“班禅博克多”。
康熙五十二年，清朝中央政府正式封五世班禅为班禅额尔德尼，确定了班禅的活佛地位，班禅活佛转世系统正式形成了。西藏的活佛转世制度从噶玛噶举派开始，但这种制度的完善主要靠格鲁派。后来，其他各地的寺院也采取活佛转世制度。如拉卜楞寺的嘉木样活佛，喀尔喀蒙古哲布尊丹巴活佛，塔尔寺的阿嘉活佛，佑宁寺的章嘉活佛等等。
活佛转世程序开始的时候比较简单，后来趋于复杂，特别是大活佛的转世，程序更为复杂。活佛的地位不同，寺庙规模不同，转世的程序也不同，但大体遵循如下程序。
（1）预示转世
根据活佛在圆寂前的遗书或预示，确定其降生的地点，有的是以梦示的方式，有的是对某一地方的赞扬，有的是诗和书面的预示。转世的组织借前世活佛的预示，推测转世灵童降生的方向，如在活佛圆寂时，弟子在他的屋顶点燃一把烟火，将烟飘的方向认为是活佛投生的方向。十三世达赖圆寂时，其烟向东北而去，这预示他将转生青海。
（2）开展转世的宗教活动
其中有的地方采取降神的办法，如十二世达赖去世后，就举行了吹终降生，以神附体的方式使附体者表达对灵童的意见。此外，还要观察神湖，湖中的倒影可反映未来活佛的出生地及某些现象。如十二世达赖去世，为寻找转世灵童的出生地及家庭的某些特征，拉萨上密院堪布到拉姆拉措湖边，向湖中抛了哈达和宝瓶、药材，诵经祈祷，察看湖中的幻景。后来，根据湖中的幻景在拉萨东南的朗敦村认定了一个灵童，他们认为在湖中看到的幻景和在朗敦村看到的情景一样。此外还有占卜确认活佛转世的方向等方式。
（3）寻访转世灵童
寻访转世灵童往往根据前世活佛圆寂的时辰，推算转世灵童的生辰年月，转世的时间大约需要一年，也有相差二三年的。还要访问这期间出生的婴儿的情况，要查问婴儿父母的感受和预兆。因为灵童的出生会有各种征兆，包括房上虹光出现，家中遇到不幸等。还要采用宿通的方法，就是要灵童记忆前世活佛所使用的物件，一起生活过的人物。还要对寻访过的灵童采取观察的办法，对灵童的身体、相貌、思维进行观察，特别要注意其与一般人的不同之处。
（4）金瓶挚签决定转世灵童
对于两个以上的转世灵童，难以确认谁是真灵童，清朝中央政府就创造了金瓶挚签的方式。金瓶挚签仪式产生于乾隆时期。乾隆五十七年（1792年），在西藏的大昭寺设置了“金奔巴瓶”，若遇到两人以上的灵童，就将其名签放置在瓶中，在寻访灵童的组成人员和喇嘛的监视下，由驻藏大臣抽签，中签者为转世灵童，再由中央政府正式册封。金瓶挚签仪式一般用于达赖、班禅这些大活佛的转世。
4．活佛转世制面面观
对于活佛转世制度，信仰者和非信仰者的看法有很大的差异，哲学家、历史学家和科学家都根据不同的专业知识和观察方法对活佛转世说提出挑战。
首先，对活佛转世的理论存在很大争议。活佛转世理论是建立在佛教的轮回转世这一佛教根本学说之上的。其理论认为人的灵魂与肉体既是统一的，又是分离的。生是人的灵魂和肉体的结合，死是人体与灵魂的脱离，再生是灵魂与肉体的又一次结合。肉体是暂时的，灵魂是不灭的，灵魂依照前世的业因按照六条道路轮回转化，永无止境。活佛转世则是指在佛的这一层次上佛的灵魂的转化，后一个佛是前一个佛的化身。轮回转世说反映了人们对生命的一种迷信看法，也反映了人们对生命和生活的留恋与热爱，认为死亡是一种暂时的形式，死后人的灵魂还会以转化的形式回到这个世界。佛教不仅坚持六道轮回理论，而且还演绎了无数因果报应的事例。
然而，对于佛教的轮回与转世，科学家是不屑一顾的。他们从生物学、生命科学和遗传学的角度解释人的生死，根本不承认有什么离开细胞、分子、基因而存在的灵魂。历史学家用历代帝王、文武大臣和文化名人的生平事迹来驳斥轮回与转世，指出从古到今没有一位皇帝、国王、圣人真正复活。因此，转世无非是人们的传说和编造。在哲学家阵营中，唯心主义哲学家相信有精神、意识、灵魂的独立存在，但只有一些唯心论者相信精神的转化，大部分唯心论者认为精神的独立性不是以再生的形式存在，个体的灵魂是不会再生的，精神是以整体的形式在发展或起独立作用。还有一种客观唯心主义哲学家，像黑格尔，他把绝对精神看成创世主，认为万事万物都是由绝对精神派生的。不管哪类哲学家，除少数唯灵论者外，很少有同意轮回转世说的。
面对人类对转世说的分歧，我们不主张把分歧和对立引向尖锐化。我们要指出的是，信仰是人们的精神需求，佛教是信仰的重要形式，它的产生和形成是社会历史发展的产物。人们无法解决现实生活的矛盾时就产生了转世这样的信仰形式。科学、哲学有它们的社会作用，特别是科学，能阐明自然与社会的规律，揭示物质结构的秘密，揭示生命的秘密。科学把人类社会推向前进，科学还使人们的生活繁花似锦。但是科学不能代替宗教，科学也不是万能的。比如，发明创造物是一种客观的工具，它可以用来造福人类，也可以用来制造战争，毁坏社会生活。科学的发展并不能解决社会分裂和社会对立的问题，贫富分化和阶级对抗不能单纯依靠科学来解决。在这种情况下，社会自发产生一些解决社会问题的其他方法，其中就有宗教信仰、和平宣传和社会协调。佛教宣传和平、仁爱和道义，对社会的和谐安定起过重要作用。可见，无论是科学家、哲学家还是历史学家，对佛教的轮回转世不能只站在自己的立场上评价它，而要跳出专业知识的视野，在人类社会更广阔的需求范围内观察这种现象。这里我们不是要求科学、哲学、历史学向宗教妥协，而是要求各类学科对宗教的理论和学说做进一步的探讨，而且还要与佛学研究者、佛教信仰者进行沟通和协调，以便更好地在社会发展中发挥自己独特的作用。
我们从另一方面看，佛教信仰者也不能把因果轮回和活佛转世看成绝对真理，更不能让社会各阶层人士都遵循。例如，大乘佛教承认法身和化身，而佛的法身可以根据众生的需求随机化显或时时化显，而不是藏传佛教那样用活佛转世的方式。佛教别的派系其高僧的继承方法是其他形式。
同样，佛教的一些理论和教义可以影响社会生活，也可以影响哲学和社会科学，但是不宜穿凿附会或扩大其内涵和外延。例如，有的佛教学者把佛教的某些教义和科学完全等同起来。有的佛教大师认为科学所揭示的长、宽、高、时间构成了四维空间，这个四维空间论实际上重复了佛教的“一真法界、诸法实相”。爱因斯坦的质能转化公式E=MC（2上标）反映了速度和能量的关系，说明原子核在分裂时产生了无穷的能量。这种人们难以想象的理论，就是两千多年前佛经中的“芥子纳须弥”理论。原子分裂的理论同佛教破除“我执”的理论一样，前者指物质产生的无穷力量，后者讲精神产生的无穷力量，觉悟者破除“我执”后产生的大智慧、大慈悲与原子分裂产生的光热极为相似。他们还认为，佛教所讲的“三千大千世界”同现代天文学所揭示的宇宙体系是完全一样的。现代天文学认为太阳系、银河系和河外星系、无穷星系构成了大尺度宇宙。他们认为三千大千世界早就预知了宇宙天体的无限性。这样，把佛学和科学联系在一起当然有积极的一面，这表明佛学与科学不会始终处于对立状态，但不能因此就将佛学等同于科学，甚至产生佛教高于科学的结论。我国著名学者胡适曾经批评过这种把佛学与科学硬拉在一起的观点，胡适在阐述中国佛学史的文章中这样说：“科学家自有他的立场，并不靠这一二偶合之点为他增高身价。他在实验室里研究元子、电子、素子，并不因为古希腊有过原子论便增加他的信仰；也并不因为古印度有过极微论便取消他眼前的研究，他至多不过说：‘很难得！古人没有我们的设备，居然敢提出这样大胆的假设！”
我们不仅要看到佛学与科学的差异，而且要看到因果轮回论和活佛转世观点的神秘性可能被迷信邪说利用，从而会对社会、国家和人民产生一定的危害。例如，一些人利用轮回转世的理论宣扬世界末日，一些人利用活佛出世的说教诋毁现世的政治制度。就各类寺院确认的活佛来说，他们的行为也是多种多样的。爱国爱教、修持成功、品性高尚的活佛不少，但还有从事分裂活动的，有触犯刑律的，有对僧人进行奴役压迫的。由于有这样的复杂情况，我国政府对活佛转世制度提出了一些原则和界限，就是要坚持“可以转世，不可全转，从严掌握，控制总量”，而且还规定活佛转世只能由其驻锡寺转世，不能一佛多转。另外，从事分裂活动、剥夺公民权的，加入外国籍的活佛不能转世。政府的这些规定，有利于活佛转世活动的正常进行，有利于通过活佛转世增强一些阶层社会主义文明建设的意识，使宗教同社会主义发展相适应。