尽管忽必烈对在开平召开的忽里台，有不尽如意的地方，但这次显然带有军事誓师的大会，对忽必烈的政治生命来说却至关重要。他下一步所要努力的，只剩下用强大的军力逼使蒙古草原诸王承认的问题了。
忽必烈毫不含糊地命令效忠于他的蒙古及汉人军队进入战备状态。接着他将属于自己管辖的蒙古帝国部分推向战时阶段。
当战争能为一个领袖带来权力、财富与荣耀时，他不会因为战争会涂炭生灵而和颜悦色地去宣布自己是个和平主义者。忽必烈一厢情愿地宣布为蒙古帝国的大汗、黄金家族的宗主后，他的一切着眼点，便是通过战争来证明自己的合理性。
抢夺地盘对忽必烈具有重要意义。他在此时不会仿效其祖父崛起草原时只顾捣毁敌人帐幕的举动。他的第一件事和阿里不哥的思路一样，派祃祃、赵璧、董文炳为燕京路宣抚使，进一步稳定漠南。派八春、廉希宪、商挺为陕西、四川等路宣抚使，赵良弼为参议司事；粘合南合、张启元为西京等处室抚使，稳定关中等地局势。接着建立中央首脑机关中书省，以王文统为平章政事，张文谦为左丞。这样可给抢夺地盘以更有力的推动。五月，忽必烈在其辖域置十路宣抚司，向燕京、益都、济南、河南、平阳太原、真定、京兆、东平、西京等路置官派吏。
同时，向蒙古诸王，包括阿里不哥派遣急使，送去即位诏书。为多方面佐证自己的合法，忽必烈向高丽国、南宋也送去了一份。
在开平召开的忽里台，唱主角的是蒙古诸王。但起草即汗位诏书的却是大名鼎鼎的汉儒王鄂。
这篇诏书曾令无数汉人史学家为之自述，将它誉为划时代的伟大作品。其实，它通篇竭尽全力去论证的是忽必烈身登汗位的合理。如果一定要寻章摘句说明忽必烈一即位便提出了一条新的文治路线，即“爰当临御之始，宜新弘远之规。祖述变通。正在今日。”那么，请不要忘记后面还有一句话：“历数攸归，钦应上矢之命；勋亲斯托，敢忘列祖之规？”
忽必烈向黄金家族远近宗族所要展示的是：“肆予冲人，渡江之后，盖将深入焉。乃闻国中重以签军之扰，黎民警骇，若不能一朝居者。予为此惧，驲骑驰归。目前之急虽纾，境外之民未戢。乃会群放，以集良规。不意宗盟，辄先推戴。左右万里，名王巨臣，不召而来者有之，不谋而合者皆是。咸谓国家之大统不可久旷，神人之重寄不可暂虚。求之今日，太祖嫡孙之中，先皇母弟之列，以贤以长，止予一人……实可为天下主。”
但就是这样一篇对用汉法治汉地只字不提的诏书，到达和林后，也没有能令崇尚游牧的草原诸王满意。尤其是被汗位的影子搅得心神不宁的阿里不哥。
忽必烈到达和林后，阿里不哥对忽必烈擅自宣布为大汗的行为嗤之以鼻。1260年阴历四月，阿里不哥纠合草原诸王和汗廷旧臣，仿效乃兄，在和林城西大汗的驻夏地阿勒台召开忽里台，宣布自己为蒙古帝国大汗。这个忽里台聚会黄金家族诸王也有不少人缺席，至少旭烈兀和钦察汗别儿哥没有向他表示敬意。
至此，成吉思汗辛辛苦苦构建的军事民主性质的忽里台正式宣布崩溃。以后，它只剩下华丽的躯壳，成为花猫、老鼠的游戏场了。
当忽必烈获悉阿里不哥也成为蒙古大汗后，断然采取措施，打出汉人的招牌，摒弃草原蒙古人以鼠牛马羊等十二生肖为纪年的传统纪年法，仿照中原王朝的惯例，革故鼎新，建立年号，名曰“中统”。
建元是一个大变革。忽必烈的意图十分明显，在建元诏书中，他宣称：“稽列圣之洪规，讲前代之定制。建元表岁，示人君万世之传；纪时书王，见天下一家之义。法《春秋》之正始，体大《易》之乾元。”这无疑是在宣布“天下一家”的意志。但这个“天下一家”的含义已经错位，它和蒙古大汗以“天下共主”为自豪相较，已揉进些许的无可奈何。其目的在于争得汉地的广泛支持。因为汉地才是忽必烈的立身之本。他宁愿作蒙古帝国名义上的大汗，但他必须做汉地的皇帝。
精明的忽必烈这一招出手不凡。不仅汉地的大小儒士和万户们欢欣鼓舞，钦察、伊儿汗国也对他飞来媚眼。因为，忽必烈从拔都拥立蒙哥的事例中已受到启示，他无力将已离心离德的众多兀鲁思死拉硬扯在自己的麾下，与其让他们作为蒙古帝国的属民反对自己，不如给他们以更大的自由换取他们的支持。于是，忽必烈用这种隐晦的方式表达他无意到西部诸王的领地去提取税收，并立即派去急使将阿姆河以西直到叙利亚蒙古征服的波斯地区封给旭烈兀，由他去建立自己的汗国；钦察汗国由别儿哥自己去治理；察合台汗国他则派阿必失合去做这个兀鲁思的君主。
吐蕃地区忽必烈交给了八思巴。大理、安南他则派去急使，声明自己成为蒙古帝国的大汗，汉地的皇帝。
而幼稚的阿里不哥除了分遣东西两路蒙古骑兵南下，对忽必烈采取军事攻势外，就是派遣使者到各汗国盛气凌人地叫嚷，命令诸王承认他为蒙古帝国的大汗，对这种蠢举，诸王尤其是旭烈兀、别儿哥只能用斥责使者表示他的愤怒。
整个夏天，忽必烈与阿里不哥互相之间也派了许多急使、络绎不绝，面红耳赤地争吵谁的忽里台更体现“民主”与古风。尽管在使者的生花妙舌下，双方都在扩军备战。
最后，失去耐性的兄弟俩决定在战场上一决高低，以此来评判谁是真理的拥护者。
五月，忽必烈征调诸道兵6500人赴燕京宿卫，又抽调史天泽等拱卫燕京，并由此组成直属汗的宿卫军，由董文柄、李伯祜任都指挥使。同月，在京兆，忽必烈的得力干将廉希宪、商挺则先行一步，捕杀阿里不哥派往关中的官员刘太平、霍鲁怀，接着又遣使诛杀在川的乞台不花、明里火者。同时，命汪良臣、八春征集秦陇、平凉、陕右诸军，进军六盘山，防浑都海东来，稳定了川陕形势。
七月，准备就绪的忽必烈率领精锐的蒙汉联军，向北疾进。他决定到草原的和林去亲自找阿里不哥。
阿里不哥不甘示弱。从和林分遣两军，东路由玉木忽儿、合剌察儿率领，向开平、燕京挺进；西路军由阿兰答儿率领，穿河西走廊，企图与屯守六盘山的浑都海会合，扑向京兆。
1206年成吉思汗以一旅之众，奋起朔漠，铁蹄所向，无坚不摧；兵锋所指，莫不惊魂，用兵达50年之多，欧亚大陆几尽入囊中。成吉思汗也许无法料到，54年后，由他缔造的蒙古铁骑竟要火并，而对阵的双方就是他自己的两位同母嫡孙。假如成吉思汗地下有灵，不知道他作何想？他是否会对战争，自残的战争作出新解？他是否会反思、深省？
从1260年开始，蒙古帝国的骑兵，曾令欧亚大陆闻之破胆的骑兵，发生方向性的逆转。其锋镝所指不再单是异国他乡、堂兄堂弟、亲兄亲弟；亲叔亲伯、堂叔堂伯的胸膛也成为他们的练习射箭目标，各兀鲁思上的斡耳朵也成为互相狩猎的玩具。蒙古帝国终于走进内战的深渊。黄金家族诸王终于尝到了自己种植战争恶果的苦味。
不久，蒙古帝国的恶兆便转为噩耗。
恶耗，更准确地说阿里不哥的噩耗从甘州传来。
1260年九月，阿兰答儿、浑都海所率的蒙古军与合丹、八春、汪良臣所率的蒙汉联军在甘州东展开一场恶战。最后以阿兰答儿、浑都海的被擒、被杀，结束了在陇上的战事，从此川、秦、陇，漠南汉地尽归忽必烈所有。
在忽必烈率军去成吉思汗的大斡耳朵里寻找弟弟前，他首先断绝了漠南通向草原的交通，和林马上被饥饿困扰。当忽必烈到达和林境内，将成吉思汗的四大斡耳朵据为已有时，惊魂未定的阿里不哥早已带着瘦弱饥饿的马和军队逃到谦谦州（今叶尼塞河上游南）了。
早在这之前，阿里不哥拘捕了忽必烈派往察合台汗国的阿必失合，并杀了这个可怜的后王。阿里不哥一方面派察合台的另一孙子阿鲁忽去主持察合台汗国的兀鲁思，为自己征集武器和粮食；一方面向忽必烈派去特使，请求宽恕，声称：“我们这些弟弟因为无知，犯了罪。等我养壮了牲畜，就去接受兄长的审判。届时，旭烈兀、阿鲁忽、别儿哥也将前去，我等着他们。”
于是，忽必烈答应了阿里不哥的请求，他幻想、渴望旭烈兀、别儿哥、阿鲁忽能来参加下次的忽里台，为自己正名。忽必烈留下十万军队，由移相哥驻扎在和林，翘首以待。
忽必烈在汪吉沐涟（今外蒙翁金河）附近度过冬天后，回到开平。
1261年九月，阿里不哥在夏天和秋天养肥了马群，率蒙古骑兵去向移相哥“投降”。当移相哥满面笑容地去迎接时，阿里不哥的骑兵却突然袭进移相哥的营地。阿里不哥冲溃忽必烈的部队后，疾穿草原，直奔开平。
忽必烈闻讯，匆匆集结军队。命怯烈门、赵璧率蒙汉军驻防燕京近郊及太行山一带，东起平、滦，西至关、陕，倚险防守。他自己则率塔察儿、合丹、纳陈驸马、合必赤等蒙古军，张柔等7万户的汉军向草原边缘迎击。在昔木土脑儿蒙古帝国的两支军队相遇，忽必烈击溃了阿里不哥的军队。但10天后，阿速带率领的阿里不哥的后军与溃败的蒙军会合，转调马头，向忽必烈再次发动进攻。在沙漠边缘和一座山旁两军再度激战，忽必烈亲率蒙军击溃阿里不哥的右翼，但左翼却胜负不分，从中午一直激战至天黑。夜间，忽必烈被迫撤退。阿里不哥因粮草不继也引兵而还。整个冬天，两军僵峙在沙漠的边缘。
阿里不哥因粮草兵械的不足，陷入困境。他寄于希望的阿鲁忽，在察合台汗国征集了大量的牲畜、兵械与粮草，并拥有15万骑兵后，阿鲁忽觉得已无必要依偎于阿里不哥，遂与阿里不哥决裂，转而宣布归顺忽必烈，以换得察合台汗国的汗位。
阿里不哥盛怒之下，于1262年春，向阿鲁忽宣战，率师西征。忽必烈趁机收复和林，但恰在此时，盘据山东益都达30多年的世侯李璮也趁机发动武装叛乱，忽必烈只得匆匆南下，去处置汉地的军务。
阿鲁忽初战阿里不哥的军队，便大获全胜，杀阿里不哥大将哈剌不花。但正在他志得意满时，阿速带率领的阿里不哥的后卫军却突袭了他懈怠的军队，洗劫并夺取了伊黎沐涟和阿力麻里（今新疆霍城西北），侵占了阿鲁忽的兀鲁思。
阿里不哥占据阿力麻里后，一泄愤怒，雄性大发，肆无忌惮地残酷糟踏、无故杀害当地军民，对自己的部下以及蒙古军队也无故凌辱，整日狂饮滥杀，忘情寻欢。追随他的诸王十分寒心，旭烈兀的儿子主木忽儿等一个个借口离开了阿里不哥。接着阿力麻里发生饥荒，大批牲畜和士兵倒毙，阿里不哥又处于忽必烈和阿鲁忽的东西夹击中。1262年七月陷入绝境的阿里不哥势穷力竭，不得不绝望地向忽必烈投降。
本来，历史会按照其早已习惯的缓慢脚步向前移动，但偶然的、突发的事件往往惊扰历史的进程。1262年间，正当忽必烈与阿里不哥鏖战草原，汉人世侯李璮却突然兵变山东，使忽必烈在驾驭两元政治的历史进程中为之一惊，其震撼的冲击波，使两元政治不禁随之倾斜。
李璮其人前面已有所讲过，他周旋于蒙、宋之间，其势日盛。经过李璮30年的经营，鲁南这块领地，蒙古人已有些针插不进的感觉。每遇重大战争，汉人世侯有出兵助战的义务，但蒙哥南汗伐征兵李璮时，李璮以“益都南北冲要，互不可撤”为借口，拒不应命。蒙哥汗无可奈何，只好让他独自行动，从益都去攻打南宋的涟水四城。
忽必烈即汗位后，加意怀柔，将江淮大都督的桂冠掷向李璮。但李璮并不因感恩而放弃自己的帝王思想，他向新主人宣布效忠的话就是虚张南宋的军事行动，请求加固已颇称险要的老巢益都城。忽必烈北征阿里不哥，李璮故伎重演，肆意张扬宋将北侵而拒不发兵。反过来，他却屡屡恫疑虚喝，挟宋兵威以要挟忽必烈“请选精骑，倍道来援”，并借以获得大量赏赐，加紧整军备储。
对李璮的居心叵测，忽必烈早有耳闻，但为了全力对付阿里不哥，忽必烈只好不惜高官厚禄来满足李璮的野心，借以安定后方。
李璮对蒙古一直外示臣服，内存观望。他手下有一支经过半个世纪战争磨炼的精悍军队；曾做过李璮的幕府，也是李璮岳父的王文统，在中统建元后被忽必烈聘为中书平章政事，列宰相位，这个大间谍也与李璮沆瀣一气，遥相呼应；东道诸王塔察儿是李璮的丈兄，塔察儿的妹妹是李璮的爱妾，这支蒙古军队也有可能倒向李璮。在忽必烈围攻鄂州时，这支蒙古军队就曾使郝经十分忧虑；山东、河北等地的其他汉人世侯，李璮也加意联络，通书递信不绝于道；李璮的一个儿子为平州总管，做益都羽翼自然毫无问题。李璮自峙这些力量，趁忽必烈正同室操戈，认为机不可失，遂将王文统暂缓举兵的劝告置于脑后，1262年（中统三年）二月三日正式传檄山东，全歼蒙古戍兵，发动武装叛乱。
对于忽必烈安抚性的缓兵之计，李璮也十分清醒，一旦忽必烈能腾出手来，肯定会首先解决李璮的叛心。因此，忽必烈全力北顾，内心空虚，便诱发了李璮的叛志。
李王直布檄举事时，忽必烈正在漠北草原。忽必烈没有料到李璮之叛来得如此迅猛，闻报大惊，仓惶南下。途中，请计于姚枢，姚枢分析道：“李璮叛兵，有三策可行。乘我北征之隙，沿海滨蜿蜒北上，直捣燕京，封闭居庸险关，号令中原汉地，惶骇人心，此为上策；结盟宋国，以宋为后方，盘据益都，负险据守，扰边掠民，使我疲于奔救，此为中策；出兵济南，企妄山东诸侯响应支援，最后将成就擒之势，此为下策。”忽必烈急切地问：“李璮会出何策？”姚枢对道：“走下策。”
姚枢的确料敌如神。李璮自海州乘舰回师益都后，打开仓库，大肆犒赏部下。他一方面派遣使者到南宋，献出涟海等三城，请求南宋做后援，企图联宋抗蒙；另一方面发兵前去摘取济南，幻想山东河北各世侯能群起响应，建立山东根据地，挑起汉地战火。二月二十六日，防守空虚的济南城被李璮攻破。
李璮之所以不敢轻师疾进燕京，自有其难言之隐。第一，基地不稳。李璮虽已联宋，但双方各持猜疑，诚意被大打折扣。李璮与南宋有杀父之仇，他本人也与南宋血战30年，他不愿也不想结好于南宋，而南宋皇帝理宗更觉得李璮的反正“情伪难凭”，对是否支援李璮持消极观望态度。因此，李璮也要考虑到后院起火的潜在因素。第二，李璮声名狼藉，辖内汉民不支持。李璮鱼肉鲁南居民达几十年，百姓听说李璮反后，不是结寨自保，就是逃入山林，数百里内，“寂无人声”。根基摇动，也使李璮不敢轻率离开老巢。第三，其兵卒虽称精悍，但只有5万人，从益都到燕京，路遥道险，远途奔袭要冒极大风险，天下大乱后，他也未必能捞到更多的好处。反而不如集中兵力，进取山东，待汉地世侯响应后再以山东为据点扩大战果。因此，在战略上他选择了山东。
李璮一决定兵发山东，便决定了其必败无疑的命运。许多汉人世侯对此都已洞若观火，心存观望。此外忽必烈以汉法治汉地的施政纲要也已深入民心，蒙汉矛盾正在调和之际，贸然行动，势必会陷于进退失据的两难之地。因此，山东、河北汉人军阀应者寥寥。只有太原总管李毅奴哥、邳州行军万户张邦直等几个孤兵举旗呼应，但随即便被忽必烈镇压。
针对李璮的军事行动，忽必烈雷厉风行，急忙调遣军队。这时对阿里不哥的战事已基本结束，顿感轻松的忽必烈，即集中大部军力开往山东。
二月十八日，忽必烈命水军万户解成、张荣实，大名万户王文千及万户严忠范会师东平；济南万户张宏、归德万户邸浃、武卫军炮手元帅薛军胜等聚兵滨棣。筑城挖堑，准备应战，扼守险要，阻止李璮向外推展。
二十日，忽必烈命诸王合必赤总督诸军，接着又派史天泽率军增援。蒙汉联军向山东挺进。
李璮原以为会响应他的汉人世侯，现在戏剧性地转变成他的镇压者。沮丧的李璮三月十七日与阿术、史枢联军一相遇便告失败，退保济南。
五月，忽必烈命令军队筑环城将济南城团团围住，命汉将史天泽节督诸军。困守孤城的李璮，此时已成瓮中之鳖，只有坐以待毙了。
七月，城中粮尽，部将纷降，走投无路的李璮，仰天长啸一声跳入大明湖中，但水仅及腰，不死，被擒。
李璮叛乱犹如昙花一现，仅五个月便宣告结束。但留给忽必烈的震惊却久久不能使忽必烈释怀，甚至其中的两次余震比李璮叛乱本身更使忽必烈心惊。
第一，王文统事件。
王文统，字以道，益都人。对中国历代权谋深有研究。曾为李璮幕僚，并将女嫁李璮。忽必烈开平践位后，拔擢王文统为平章政事，从而成为忽必烈汗宫及蒙古帝国官僚系统的主要设计师。他曾亲率各路宣抚使，接受忽必烈的自提面命，为忽必烈建立文官系统立下汗马功劳。
李璮叛乱后，忽必烈风闻王文统曾遣子王荛向李璮通风报信。于是召王文统诈问，王文统闪烁其词，企图苟全蚁命。恰好发现李璮给王文统的信中有“期甲子”（1264年）之语，忽必烈穷追不舍，逼问什么意思。王文统“错愕骇汗”，招认：“李璮久蓄反心，约臣居中策应，臣意欲推其反期，故有是语。”
忽必烈异常震怒，锥心剌泪道：“我将你从布衣提拔至宰相，委以重任，授以政柄，待你不薄，你为什么如此负恩寡义？”不待王文统巧言辨毕，忽必烈便伤心地命令推出斩首。
处置完王文统后，忽必烈大玩手腕，将他曾经最信任的汉人幕僚窦默、姚枢、王鄂、子僧、张柔等召至跟前，拿出王文统与李璮的通信，递给幕僚们传阅，问：“你们说应该判处王文统什么罪？”柔弱文臣皆回道：“人臣谋反，当诛。”武将张柔高声喊道：“宜剐！”忽必烈仍不满意，像教练员训练队员一样，命令道：“你们一起说。”已有些颤栗的诸幕僚，异口同声高呼道：“当死！”
忽必烈听完这摇尾乞怜般的回答，嘴角掠过一丝不易为人察觉的微笑，轻叹一声说：“王文统已死于朕前了！”
忽必烈并未因此而高枕无忧，相反，他天性中的猜疑益加泛滥。叛将的同党同谋竟打入忽必烈的身边，并位列忽必烈的亲信之位，其危险之至不能不使忽必烈为之心惊胆战。接着，忽必烈追究王文统的来路，他必须弄清楚王文统是如何来到自己身边的。
曾经，包括现在仍被忽必烈委以重任的廉希宪、张易、商挺、赵良弼、子聪都举荐与推崇过王文统，自然被列为重点怀疑对象。恰好兴元同知费寅又上告廉命宪是王文统在西南地区的朋党，同时牵连到商挺、赵良弼，忽必烈大惊失色，急忙下逮捕令，关押审讯。经过细致核审，查明费寅原为诬告，商、赵得以无罪释放。
王文统案发后，忽必烈想，交相引荐的旧日汉人幕僚每一个人都有可能从民族本位的感情出发，互相勾结，朋比李、王，而欺骗自己。假如真的如此，局面将不可收拾。尽管已查明他们俱无反迹，但谁敢担保以后不会再出现第二个王文统？
汉人自古，似乎天生就会交结朋党，互相攀援，党同伐异，互相攻讦。急功近利是草创朝廷所急需的，王文统“以言利而进为平章政事的”。但窦默、许衡儒流之辈却将迂腐之见与学术之争引入朝廷，声称“治乱休戚，必以义为本。”
忽必烈刚刚即位，注重实效的王文统刚刚到位，窦默就傍倚王鄂、姚枢向忽必烈奏称：“王文统此人学术不正，久居相位，必祸天下。”忽必烈强捺不满，问：“那么，你说谁可以做宰相？”窦默推荐许衡，忽必烈拂袖而起，怒气冲冲，嫌恶似的走出汗帐。
对许衡那一套长篇大论，浮而不实，不能给新政权带来一分银毫、一支箭矢的空洞言论，注重实惠的忽必烈早就领教过了。当前，忽必烈需要的是军饷粮草和战士去战胜阿里不哥，而不是空疏的儒家学术理论。但不知趣的窦默却“日于帝前排其（王文统）学术”。难怪忽必烈会拂袖而去了。
工于心计的王文统也不甘示弱，他恃宠奏请忽必烈升姚枢为太子太师，窦默为太子太傅，许衡为太子太保。这是一条毒计，明尊暗贬，实际上是要调离三人日侍忽必烈的职位。窦默因为屡屡攻讦王文统而为忽必烈不悦，他还识一点时机，与姚枢商量，避祸东宫，但耿直倔强到不怕死地步的许衡却坚守礼仪，大有拼命之势，坚辞不就。
被儒家学术流派与汉人党派之争搅得心烦意乱的忽必烈，实在搞不清楚门户之见是怎么莫名其妙附着于聪明的汉人身上的，最后只好改命姚枢为大司农、窦默为翰林侍讲学士，许衡为国子监祭酒。不久，许衡负气辞职，称病还乡。
忽必烈能欣然接受汉人治人的高超手法，与一整套治理国家的官僚系统，还有不杀人的博爱思想，但对汉人间的互相倾轧，而且是因为无谓的思想意识间争辨不清小事，实在觉得可笑、可怜、可憎。对昔日竭力帮助自己的旧日幕僚，他不得不刮目相看了。
王文统的变节，使忽必烈对汉儒彻底失望。他震怒后的自省，便是对汉儒从人格上的怀疑，连自己最信任、屡次袒护的王文统都会出卖自己，那么，谁能保证哪个汉儒不会再次忘恩负义呢？
第二，史天泽擅杀事件。
李璮被擒后，审讯李璮的是汉人世侯军阀严忠嗣与史天泽。严忠嗣问：“你为什么这样做？”李璮回答道：“你和我已约好，到时候却又不来。”严忠嗣怒不可遏，提刀向李璮肋下刺去。史天泽问：“你为什么不投降？忽必烈有什么地方亏待你？”李璮却反问道：“你有文书约俺起兵，何故背盟？”史天泽对手下俘虏更为残暴，命人砍去李璮两臂、双足，剖胸挖肝，最后才割去首级。
接着史天泽以“宜即诛之，使安人心”为由，宣布处死李璮，并向忽必烈上请“擅杀”之罪。
尽管忽必烈不可能获悉李璮的追随者流亡南宋后追忆的那段擅杀李璮的细节，但忽必烈依然能够开动其聪明的填满猜疑的大脑，捕捉史天泽超乎职权，迫不及待擅杀李璮的疑点，难道这真的不是一次杀人灭口吗？本来李璮是要上献的。
除了张邦直等汉人万户直接叛附，其他的汉人世侯与李璮也已查明有书信来往，难道他们仅仅是遥遥千里互相问安吗？
李璮叛乱的最根本原因就在于汉人世侯威权太重，地方军民权力集于一身，俨如春秋时期星罗棋布的国中之国，所不同的只在于其宗主除了蒙古大汗之外，还有一个南宋的汉人皇帝，可以凭阑眺望，眉目传情。而这种归宗认祖的潜意识一直不能从他们心底泯灭。请看李璮临死前填的一首《水龙吟》，也许能感受到点什么：
腰刀帕首从军，戍楼独倚阑凝眺，中原气象。狐居兔穴，暮烟残照。投笔书怀，枕戈待旦，陇西年少，叹光阴掣电，易生髀肉。不如易腔改调。
此变沧海成田，奈群生几番惊扰。干戈烂熳，无时休息，凭谁驱扫。眼底山河，胸中事业，一声长啸，太平时相将近也，稳稳百年燕赵。
当然忽必烈感受不到李璮抑或其他汉人世侯军阀内心的苍凉，但对这些拥兵自重、各霸一方的军阀们如果像逮捕文人商挺似的，穷加追究，势必引起兔死狐悲，群起自保的局面，忽必烈心中则早有预料。因此，忽必烈与汉人军阀间的关系一直很微妙。
对此，忽必烈十分谨慎、小心，唯恐因自己的不慎而引起连锁反应。他多次敕命在圣安寺作佛顶金轮会，在长春宫设金篆周天醮。给自己压惊、祈祷，稳定自己的暴躁情绪。并忐忑不安地对史天泽说：“朕或乘怒欲有所诛杀，卿等宜迟留一二日，上奏后再行定夺。”从中，我们真切地感到忽必烈对自己的愤怒是多么缺乏自信！
但内不自安的不仅仅是忽必烈，史天泽等世侯也惴惴不宁，他们比忽必烈更能预见自己的危机四伏与根源所在。史天泽首先上书，替忽必烈排忧解难，声言：“兵民之权，不可并于一门，行之，请自臣家始。”主动将十七位史氏子侄的兵权上交忽必烈。张柔、严忠嗣等世侯也纷纷效法，表忠求全。
忽必烈喜笑颜开，顺水推舟，巧妙利用有利形势，推行一系列环环相扣的加强汗权及中央集权的措施，堵塞叛乱之源。
其实，忽必烈即位伊始，郝经就提出“建监司以治诸侯”的建议，而忽必烈坚决设置十路宣抚司已带有收权中央的性质，李璋之叛一定程度也是“强干弱枝”政策的产物。李璮之叛正好又奉给忽必烈一个治愈失眠的药枕，取消世侯特权，建立地方基层政权自然便不再停滞于理论了。
第一，忽必烈下令实行军民分治，规定各路总管兼万户，止理民事，军政勿预，管民官理民事，管军官掌兵戎，不再兼任。
第二，削弱以致消灭世侯。规定各姓世侯军阀除一人仕官外，子弟官职例行解任。取消世侯封邑。易将，各世侯军阀互换万户或另派万户，兵归中央。进而又罢诸侯世守制，实行迁转法，即调官法，在世侯领地置牧守，重新确立中央集权政治。这一措施同时也符合汉地黎民及上层地主的意愿，罢世侯后，领地上的黔首们对昔日主人视如陌路，甚至追咎怒骂，一如世侯的崛起，其衰落与走向墓地也同样是历史的必然。
第三，查禁民间兵器。下诏：“诸路置局造军器，私造者处死；民间所有，不输官者，与私造同。”只要是超过一尺长的铁器，都必须上交，甚至连农民用的铁耙、叉等也不在豁免之列。对汉地汉民的防范达到细致入微的地步。
第四，在中央成立总理军事的机关枢密院。从此，枢密院成为蒙古帝国的军权中枢，它不受其它任何中央权力机关的限制，俨然而成一独立体系。忽必烈将枢密院直接置于自己控制之下，由皇太子真金任枢密院使，副使、佥书枢密事等职也操纵于贵胄亲信之手，蒙古帝国乃至以后明显带有中原王朝性质的大元帝国，中央军权再与汉人无缘了。除四怯薛由忽必烈或派蒙古亲信大臣节制外，枢密院的权力大得惊人，“天下兵甲机密之务，凡宫禁宿卫，边庭军翼、征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之。”
汉儒幕僚如姚枢、子聪、许衡者流，世侯军阀如史天泽、李璮者流，非但没能拉扯忽必烈进入“以夏变夷”的佳境，反而助长了忽必烈庇佑草原诸王的决心，对他们来说，这些针对汉人而发，转而背倚蒙古军队和色目人的理财术，无疑是一股倒行逆施的恶流。尽管忽必烈在未来依然沿着加强汗权、君权，效法中原历代王朝强化中央集权，但忽必烈的感情，对汉人的猜忌，却再也不能从忽必烈受伤的心头上轻轻抹去了。
李璮叛乱后，忽必烈加强中央集权，已改变了其原意义的初衷，这时它已是建立在对汉人的猜忌甚至歧视的基础上了。
忽必烈是吃着汉人的精神食粮而摇身一变为蒙古大汗的，现在，他却突然感到汉食的变味，尽管他还必须逼着自己去超越自己，再度去俯拾汉法，去安定中原，促进生产与增加税收。但他从心理上却在防范自己过热的情绪，因为汉人的精明不仅仅在于公开的反抗，潜移默化地改变一个弯弓狩猎的草原游牧民族的生活方式将更危险。这一点，忽必烈有切身体验，他一方面清理了汉人世侯，慢慢疏远汉儒；另一方面在亲重蒙古勋贵的同时，悄悄培植能与汉人抗衡的第三势力。于是，来自西域的色目人如阿合马者登上忽必烈为他们铺就的政治舞台。
实际上，李璮叛乱刚起，一向为汉人官僚所鄙视的回回人便乘机向忽必烈进言；“回回虽然常有盗钱攫物的勾当，但从不会像秀才们起而反逆啊！”也许忽必烈就是接受了这样的蛊惑，开始驱策色目人为之敛财聚货，牵制汉人的。
到1265年（至元二年）忽必烈正式吐出了其真实的施政思想：规定“以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。”
这样造就的效果犹如将高高在上的蒙古贵族置于渔翁的地位，汉人官吏与色目官吏恰如鱼与蚌，无论势力如何消长，最后收益的将永远是达鲁花赤们。