至今，侗族主要居住于贵州、湖南、广西三省（区）的交界地带。在历史的长河中，在长期的劳动生产、与疾病做斗争的漫长岁月中，侗族人民积累了丰富的医药防治疾病的经验。这些知识在侗族繁衍后代、生活与发展侗乡经济生产过程中发挥了积极的重要作用。由于侗族历史上没有与自己民族语言相适应的文字。因此，这些丰富的侗族医药卫生知识主要依靠口耳相传而流传下来。
当代水族学者王品魁先生调查分析得知，水族崇信的鬼神就有300多种。《水书》是水族先民们最早的一部古巫书。潘朝霖先生依据《水书》条目名称和鬼师（巫师）提供的口碑资料，认为水族的鬼神有七八百种之多。这些都说明，古代的水族先民在大自然和疾病的面前一样崇尚天地鬼神等超自然力量。水族先民在身心遇到挫折、疾病缠身等诸事不顺的时候，往往将消灾除病的希望寄托在巫师身上，求其指点迷津。而巫师一方面通过进行巫术活动，对于那些身心忧郁的人大都能够起到精神释怀的作用；另一方面，巫师则通过使用他们逐渐掌握的医药知识而悄悄施以某些药物配合治疗。不少巫师为了巩固自己的社会声誉，通过看一些医药书籍以不断提高自己的医疗技术，甚至有些还自采自栽一些常用植物药物，他们在巫医并举的活动中发展了原始医药。于是巫医逐渐从巫师队伍中分化出来，所以，后来“神药两解”的概念也就因此而出现。
彝族先民信仰属于原始宗教中的巫鬼教，部落首领兼巫鬼教教主，称为“鬼主”，大部分有大鬼主，一两百家的小部落有小鬼主，另有职业巫师“大奚婆”……大部分人患病尚无寻医问药的习惯，多求助于“大奚婆”，以“鸡骨占吉凶”。《宋史·蛮夷一·西南溪峒诸蛮传》也说：雍熙元年，黔南官府奏言溪峒夷僚若有疾病，则“击铜鼓、沙锣以祀神鬼”。
《神农草本经》是我国最早的一部本草学专著，书中收集了365种药物，据欧氏研究，在《神农草本经》中“发现有120余种是兼用苗语记名的（以苗语东部方言标准语来辨认）现在仍然能够听得懂，占全书所记载药物的三分之一”。贵州是苗族的大本营，苗语三大方言族群在贵州全省都有分布，其中说苗语东部方言的族群绝大部分居住在贵州省境内。也就是说，世居贵州省境内的苗族同胞对于《神农草本经》这样一部医药经典著作曾作过不可忽视的贡献。
菖蒲作为苗族用药历史悠久。菖蒲早在《楚辞》中就有记载，最早作为祀神避邪之用。明朝李时珍《本草纲目》记载：“黔蜀蛮人常收（菖蒲）随行，治卒患心痛，其生蛮谷中者尤佳。”“蛮人”即为历史上对贵州四川一带的少数民族先民的称呼。“生蛮谷中者尤佳”是指产于贵州、四川之地的石菖蒲为质地优良的药品。清朝，贵州、湖南巡抚吴其睿（1789-1841）曾经到湘、黔、滇及鄂、闽等地为官，其任职期间，在民间调查研究药用植物时采用当地民间药物名称，记录了当地俚人、俚医、乡人、夷人、湘人、蜀人、苗人、楚人等民族常用药50多种。有些称谓如苗人、蒙古人、回人、吐蕃人，从古至今成了专称固定不变的民族。他著有《植物明实图考》一书，在该书记载有：“黔中药峒、焚茶作靛，远贩江汉。”“野草之可药可浴，根核果瓜可茹可玩者，罗罗皆持以入市。”可见，在贵州各民族中运用民间草药草医历史由来已久。
明代，贵州推出了一些医学著作，如贵州巡抚郭子章的《利器解》与《疾慧编》，桐梓人傅天镇的《手验方》。
近代贵州民族医药发展的历史是指从鸦片战争到1949年中华人民共和国成立之前的100多年。这一时期是贵州民族医药较之前一个时期发展比较快的时期。近代贵州民族医药文化主要是从记载民族地区的历史文化地方志书中得以再现，甚至出现了一些医药著作。
清朝时期，贵州的名医很多：安顺人杨应朝，通过脉息能预知病人寿命长短。遵义人李燕山精通外科，制备膏丹等药，凡疮伤跌杖伤者无不愈。正安人郑显贵擅长针法，一人似死入棺，通过针治被救活；一盐卒负重跌晕，一针复苏并背盐上路。重要医学著作：杨芳的《寿世医窍》，秦克勋的《伤寒辨证》，冯云祥的《经世仁术》，黄安泰的《寿身小补》，狄文采的《狄氏医案》、《狄氏医传摘要》，宦廷臣的《疟痢三方》和李宝堂的《素问集注》等。成书于康熙、雍正时的彝文文献《西南彝志》，也包含了不少医药方面的知识。
贵州的一些少数民族亦信仰原始宗教，多崇拜巫鬼，著名者有彝族地区民间流行的毕摩宗教。明代贵州宣慰司水西一带的彝族，尊男巫为鬼师，杀牛祭祀神，名曰“做鬼”；中曹地区的布依族，“疾病不服药，惟祀鬼神而已，卜用茅或铜钱、鸡骨”。清朝，原始宗教在贵州的少数民族中仍然普遍存在。