途中，他接到了学校的电报，被告之夫人张侠魂患病，催他速回。他坐上车就往回赶，整整两天都在车上，到了江西泰和上田村堤上，已是晚上8点20分了。竺梅拉着弟弟竺安、妹妹竺宁等候在这里。自从妈妈病重以来，他们每天都在这里等候爸爸归来。
竺可桢搂过几个孩子，心疼地问道：“怎么站在这儿？妈妈的病好些了吗？”女儿竺梅眼泪汪汪地说：“妈妈的病好些了。”竺可桢悬着的心放下了一半。他又问道：“衡儿怎么没来？”竺可桢在外奔波时，曾听学校的人说过竺衡生病的事。孩子们“哇”的一声大哭起来，一边哭，一边告诉父亲“衡没了”。原来，竺衡因患痢疾得不到及时救治，已经死去一星期了。竺衡是竺可桢的二儿子，生于1924年7月13日，他性情沉稳谦和，聪明好学，从性格到长相都很像竺可桢。这一年他刚刚过完14岁生日，就走完了人生的旅程。一时间，竺可桢只感到剧烈的眩晕。恍惚间，他觉得像是在做着一个噩梦。
回到家中，见到了卧病在床的夫人张侠魂。因为怕加重她的病情，人们没有告诉她竺衡去世的消息。半个多月痢疾的折磨，她已经十分衰弱。她拉着竺可桢的手，泪流满面，好半天才说出：“你再回来得晚些，恐怕我们就见不着了。”
如果在医疗条件好的地方，她的病早已得到控制。
可是，泰和地处偏远，缺医少药，她的痢疾一直得不到有效治疗。她发烧不止，心跳过速，身体十分虚弱。竺可桢强压着心中的哀伤和焦虑，四处寻医问药，日夜守候在妻子身边。
在竺可桢回来的第四天，夫人张侠魂的病由痢疾、肺炎并发褥疮转败血症。她呼吸急促，心率达每分钟140次，身上的褥疮溃破，脸上起了水泡，眼睛都睁不开了。
竺可桢流着泪，握着妻子的手，摸着那越来越弱的脉搏，他轻声连连唤着亲人。开始，妻子还能微微颔首。但很快，她就昏迷不醒。1938年8月3日上午11点24分，夫人侠魂永远停止了呼吸。
短短半个月时间，竺可桢接连失去了儿子和妻子，他悲痛难抑。在为妻子检点入殓的衣服时，他看到妻子写于一个月之前的文章，那是为纪念卢沟桥事变一周年而作的。动人的文字，熟悉的笔迹，令他泪不能禁。在为妻子看坟地时，路过华阳书院，他想起不久前还与妻子携手同游，如今却物是人非！大殓那天，他把妻子侠魂喜爱的手表和自来水笔放入了棺中，那还是五年前他在美国波士顿为她买的。他在一首诗里记下了自己的伤痛：
生别可哀死更哀，
何堪凤去只留台。
西风萧瑟湘江渡，
昔日双飞今独来。
8月10日，浙大师生员工为张侠魂女士举行了追悼会，300余人参加了追悼会。会场上悬挂着张侠魂女士的半身像及纪念七七事变手稿的放大照片。浙大教务长郑晓沧教授主祭，致悼词。当看到竺可桢瘦弱的身躯、憔悴的面容时，许多人禁不住低声呜咽。
料理完丧事，竺可桢忍着心中的悲痛，又开始为学校的迁移而奔忙。经多方调查，根据浙大当时的经济能力，决定迁校址到广西宜山。
9月中旬，学校又开始了一千多公里的长途搬迁。学校的图书仪器及大件行李走水路沿赣江而上，师生员工及随身行李经衡阳走陆路。临出发前，竺可桢携女儿竺梅和儿子竺安、竺宁来到张侠魂的墓前告别。长子竺津在年初考取了军校，战争期间，军校学生随时可能开赴前线，所以母亲去世他也不能回家。
坟墓上的土是新培的，墓前有孩子们用松柏和野花编扎的小小花圈。想到国土的沦亡，亲人的离丧，竺可桢和孩子们静静地伫立在墓前，久久地不愿离去。夕阳把墓前几个瘦弱的身影拉得很长很长……
3．在艰难中发展的“东方剑桥”
宜山在广西中北部，是广西八大城市之一。抗战后，有不少大城市的部门迁到这里，浙大是其中较大的单位。
1938年11月，浙大在宜山开学。竺可桢作了演讲，确立“求是”为浙大的校训。他说：什么是“求是”？就是“排万难冒百死以求真知”的精神。在人类文明史上，布鲁诺、伽利略、牛顿、达尔文、赫胥黎等科学家，为了真理他们有的被囚禁终生，有的被活活烧死，有的穷困潦倒遭人诟骂，但他们始终不改初衷，这就是“求是”的精神。
怎样才能做到“求是”呢？竺可桢认为我国儒家经典《中庸》上所说“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”，指明了努力的途径。
那么，已经求得“是”之后又怎么样呢？竺可桢说，那就应该尽自己的全部力量去实行。“鞠躬尽瘁，死而后已”，这就是求是精神。
竺可桢立“求是”为浙大的校训，他本人的所作所为，就是“求是”精神的最好体现。
他认为中国要想强盛，只有靠中国全体国民努力奋斗。在气象研究所，他“上穷碧落下黄泉”，为中国的气象事业探索和开拓出一条独立发展的道路。就任浙大校长，他希望培养出具有“清醒而富有理智的头脑，明辨是非而不问利害的气概，强健的体格与为公献身热情”的人才。“求是”精神使他无论在多么艰难困苦的情形中，对自己所选择的科学、教育事业，呕心沥血，倾尽全力。
宜山风景秀丽，民风淳朴，但被称为“宜山宜水不宜人”。滇桂之地自古被称为瘴疠之乡，浙大的教师、家属和学生搬迁到这里后，很多人都感染了疟疾。患者恶寒恶热，高烧不退，被折磨得形销骨立。在这里，浙大师生除了借用的文庙以外，教室、礼堂、学生宿舍都是大草棚。这里没有通电，晚上照明靠小煤油灯。但就在这样简陋的环境里，浙大培养出了一批栋梁之才。
在宜山，竺可桢组织师生建立了一个小气象站。在服务于教学和科研的同时，也用于当地的气象预报和为农业生产服务。他还鼓励学生在课余时间开辟“第二课堂”，学生自治会在宜山办了识字班、常识班，教当地老百姓学习文化和普及科学知识，竺可桢亲自前去检查、指导。
一天，学生会的女干事王爱云来见竺可桢，她说：“竺校长，前些天送走了战地服务团的同学后，我们就商量着为前方的将士们再做点什么。同学们想星期天在文庙搞一次义卖活动，义卖所得的款项全部捐给抗日前线。你看行吗？”
竺可桢微笑着点头说：“这个想法很好，抗战无小事，前方的将士在流血，我们后方的人当然应该有钱出钱、有力出力。”
送走王爱云，竺可桢为学生的爱国热情而感动。在此之前，他曾不止一次地为抗日捐款捐物，这次他也想再做点什么。
他找出自己珍藏着的亡妻的一些物品：汕头的绣花台布，精美的闽漆花瓶，珠绣手袋，一串项链……这些都是亡妻生前喜爱的饰物，他挑拣其中较为实用的12件物品，交给了学生会热心的女干事。他觉得这样做不仅是自己的心愿，更是亡妻的心愿。
浙江大学西迁时，带有一部《四库全书》，这套《四库全书》本是由浙江省收藏的珍品。当战火临近杭州时，竺可桢向教育部建议，将放在杭州孤山文澜阁的《四库全书》西迁。教育部就委托浙大办理此事。竺可桢于是指派了浙大的两位专业人员负责。他说：“《四库全书》于清乾隆三十八年（1773年）开始修书，共计十六万八千多册，分抄为七部，其中三部被毁，两部又沦入敌手，如今全国仅余两部，文澜阁中藏的就是其中一部。这是我们国家的文化瑰宝，决不能让它像《永乐大典》一样毁于战乱。我们要保护好它，切不可等闲视之。”
一部《四库全书》共36000册，分装在近百个大木箱中。在战火纷飞、兵荒马乱的年代，这部书跟着浙大人千难万难地搬迁，多次辗转，最后存放在贵阳西边的地母洞。浙大派专人保管，竺可桢亲自前去察看，每年夏天派人去帮助翻晒。最后终于保全了这部国宝。
尽管战时的交通非常不便，浙大的事情千头万绪，竺可桢仍然要长途跋涉在宜山、重庆、昆明之间。他要参加中央研究院的院务会议，他要为浙大的种种事务与当局洽谈，他还要处理气象研究所搬迁到重庆后的各种事项。而在此期间，日军日益逼近广西，浙大不得不又一次迁校。
1939年最后的日子，浙大师生员工及眷属离散于黔桂途中。搬迁的校址尚未完全落实，搬迁费用仅够一半，空中不时响起空袭警报，地上逃难的人们忍受着饥寒。竺可桢的焦急愁闷无以言状，而这一切还不能流露出来。在浙大师生面前，他永远是以精力充沛、信心百倍的形象出现。
1940年1月，竺可桢离开宜山，到贵阳、遵义勘察迁校的地址。2月初，竺可桢就在遵义开始办公。紧接着，浙大的师生都搬迁到遵义复了课。
遵义在贵阳以北151公里处，是从贵阳到重庆之间的重要城市。1935年红军长征，召开的在中国革命史上具有转折意义的遵义会议，就是在这里举行的。浙江大学从1940年初迁到遵义，到1946年回到杭州，共在遵义停留了6年半。这6年半是中国现代历史的非常时期，随着抗日战争进入战略相持阶段，竺可桢在地处西南大后方的黔北与浙大共度了6年多的艰难岁月。
浙大到遵义后，竺可桢抓住生活环境相对安定的有利时机，集中精力提高浙大的教学科研水平。
浙大这几年经过竺可桢的多方努力，聘请到一大批国内第一流的教授。理学院有胡刚复、苏步青、陈建功、钱宝琛、贝时璋、谈家桢、王淦昌等，文学院和师范学院有梅光迪、郑晓沧、钱穆、叶良辅、涂长望、费巩、夏永焘、丰子恺等。为了请到这些教授，竺可桢克服了重重困难。如著名植物生理学家罗宗洛，在应聘浙大时要求带四个助手一起来，尽管当时浙大编制、经费都很紧，竺可桢还是满足了他的要求。
从1940年开始，国统区的物价开始上涨，物质供应日渐匮乏。1940年，每斗米价是6元钱，到了1941年就涨至每斗米50元钱。人民群众的生活越来越艰难，教授们也不例外。
著名教授苏步青先生因子女多，口粮紧缺，只能以甘薯充饥。他的孩子考取了大学，家里连孩子住校所需的被褥都没有。
著名数学家陈建功先生因家人生病，借款无力偿还，只好把自己珍藏的《高斯全集》共25本折价卖给学校，以还欠款。
对这些情况，竺可桢看在眼里，记在心上。他在日记中记下了这些教授的家庭状况，并尽自己所能去帮助他们。
竺可桢民主的作风及他对教职工的尊重，使浙大的教师们能在清贫的物质条件下安心教学科研，学校具有浓郁的学术空气。文、理、工、农、医、法及师范七个学院人才济济，许多学科有自己专门的研究机构。
抗战期间，英国著名生物学家和科学史家李约瑟教授一行，到中国参加中国科学社年会。他在浙大作了《战时与平时的国际科学合作》的演讲，参观了浙大的生物系、数学系、物理系、农化系和史地系。他为浙大在如此简陋的条件下出了这么多科研成果和拥有这么多人才而惊叹不已，尤其被浙大师生在战时的困难条件下坚持科研的精神感动。他回英国后，在伦敦演讲，赞扬中国科学家在极其艰苦的环境下工作。他在《自然》杂志上撰文写道：在重庆与贵阳之间一个叫遵义的小城市里，可以找到浙江大学，这是中国最好的四所大学之一。在这里，可以看到科学研究活动的繁忙紧张的情景。他称誉浙江大学是“东方的剑桥”。