竺可桢原本是个不过问政治的科学家和教育家，他认为科学可以救国，大学教育应超脱于党派斗争之外。可日益严酷的现实使他逐渐清醒，科学家的理性和良知呼唤他站到了民主斗争的前沿。
1．费巩事件
3月的重庆，阴雨连绵。不下雨的日子里，则是雾蒙蒙的一片，空气潮湿得仿佛抓一把就能拧出水来。
竺可桢在重庆与相识一年多的陈汲女士结了婚。
陈汲毕业于北京女子高等师范学校英语系，在中央研究院图书馆工作。著名文学家、武汉大学教授陈源是她的哥哥。良好的教育和家庭环境，使陈汲具有出众的气质和学识。
婚后，竺可桢偕夫人回到遵义。他没想到，一场政治风波正在等着他。
竺可桢从重庆回到遵义的第二天，浙大的训导长姜琦就找上门来。他气急败坏地说：“竺校长，我这个训导长是干不了啦！学生娃子们太猖狂，简直无法无天，你若是不严惩这些学生，我就要上告中央党部！”
竺可桢忙问：
“发生了什么事？坐下来慢慢说。”
姜琦是国民党党员，也是教育学教授。从1939年秋开始，教育部规定国立大学设立训导长一职，专门负责学生工作，并要求必须是国民党员方能任职，所以姜琦被聘为训导长。
姜琦上任后，因发展三青团团员的事激起了学生们的不满。学生会的壁报对他的做法进行了指责，他就派训导处的人把壁报撕掉。学生会的代表到训导处抗议，由此闹得不可开交。
竺可桢听着姜琦的诉说，心想：作为一个训导长，又身为大学教授，为这样一点事就又吵又闹，未免小题大做，太不善处理事情了。但为了迅速平息事端，他对训导处的人员进行了劝解，也批评了学生会的一些做法。但是，姜琦却坚持要开除学生，竺可桢不得不给两个学生记过处分。他想就此了结冲突，没想到姜琦和学生的对立仍在发展和继续。
没多久，竺可桢接到教育部发来的密件。密件上说浙大有共产党的学生组织，如黑白文艺社、铁犁剧团等，并列举了这些社团组织负责人的姓名，要求校方调查取缔。
接着，竺可桢又收到了贵州省主席转来的内容相同的密件。
竺可桢不相信密件上的指斥，他历来主张思想自由，他认为：即使这些学生是共产党，只要他们不违法、不犯校规校纪，就不应当干涉他们。只有这样，学生的思想才能活跃，学校才有良好的学术气氛和政治气氛。
但是，姜琦却坚持认为学生不能有思想自由，训导处的职责就是监视和管束学生。他看到，不仅学生反对他，而且竺可桢也对他的做法不满，就提出辞职，想以此让竺可桢让步。可他没想到，竺可桢真的同意了他的辞职。
姜琦辞职离任后，竺可桢顶着当局的压力，聘请曾经留学英国的政治经济学教授费巩出任训导长。费巩不是国民党员，但他为人正派，爱护学生。竺可桢希望通过他，使校方和学生真正融洽一致起来。
在竺可桢的坦诚聘请下，费巩同意担任半年训导长，条件是他不参加国民党，也不领取训导长的兼薪。他对学生们说：“有人称训导长为学校的警察局长，但我决不做警察局长或侦探长。我认为训导长不过是教授和导师职务的扩充，我愿意做你们的顾问，做你们的保姆，以全体同学的幸福为己任。”
费巩教授是个古道热肠、疾恶如仇的方正君子。他关心学生，自己拿钱置备了一批凳子，使学生们在饭厅里可以坐着吃饭。他想方设法改善食堂伙食，亲自动手领着学生在烈日下架起大锅烧开水烫臭虫，为教室安亮瓦，糊窗户，做书架，他还亲自设计改制桐油灯，让学生上晚自习用。
费巩教授性格刚直，常常抨击国民党的腐败无能。他支持学生定期开办“生活壁报”，鼓励学生畅所欲言，师生间建立了很深的情谊。
费巩的所作所为被国民党、三青团所忌恨，他的言行都成了一条条罪状，从各种渠道密报重庆当局，记录上了黑名单。
一天清晨，费巩在重庆千厮门码头准备前往北碚的复旦大学讲学时，突然神秘失踪。
消息传到遵义，竺可桢万分焦急，他倾全力四处打听费巩的下落。根据当时国民党压制民主的政治形势，竺可桢分析费巩很有可能是被特务抓捕或暗杀。他不顾个人安危，奔走呼号，在报纸上发表文章，与浙大教授一起联名打报告给教育部和蒋介石，要求维护人权，主持正义，生要见人，死要见尸。
费巩失踪案在整个社会传遍，整个社会舆论哗然。
许多年过去了，新中国成立后从缴获的特务档案中才得知，费巩是被国民党特务秘密绑架，杀害于歌乐山集中营的镪水池中。
在当时，费巩失踪案成了国民党政府宣传民主、宪政的一大讽刺。这一事件也使竺可桢进一步认清了国民党政府反人民、反民主的法西斯专政本质。
2．倒孔游行
1941年12月27日，日军攻陷香港。香港沦陷前，当时的行政院院长孔祥熙，派专机到香港把妻子宋霭龄、女儿孔二小姐，以及大批箱笼行李和四条洋狗接到重庆，而许多著名的爱国人士却留在香港不能脱险。
重庆的《大公报》披露了这一消息，顿时“一石激起千重浪”，人民压抑已久的愤怒被点燃了。
远在昆明的西南联大学生举行了游行，浙大的学生也决定游行示威。就在这时，竺可桢接到了教育部的电报，要求学校阻止学生上街。
第二天清晨，遵义街头布满了军警。竺可桢深知形势的严峻，他不愿意看到流血冲突事件发生。他集各学院的院长来到学生集会地点，力图劝阻群情激愤的学生。
面对那一张张年轻的面庞，他说：“孔祥熙做的事，是不得人心的。可是，你们出去游行太危险。街上的军警早已荷枪实弹，弄不好，就会流血。”
他停了一下，又恳切地说：“你们在学校里可以集会，可以演说，可以出壁报，也可以发电抗议。为了你们的安全，还是不要上街为好。”
学生代表说：
“竺校长，现在是什么社会？老百姓连起码的权利都没有。四条洋狗可以坐飞机，而知名爱国人士却没有这个资格。竺校长，您也是有声望的爱国人士，对香港的那些同人，您难道不寄予同情吗？”
竺可桢说：
“我同情他们，也支持你们。可是我还是希望你们不要离开校园。”
他觉得有许多话堵在胸口，可又不能像这些学生一样大声呼喊。他看待这些学生就像自己的孩子一样，他想告诉他们，只要在学校，他就能保护他们。可一旦走出校门，天知道会发生什么样的事情。
学生们七嘴八舌地说：“把我们关在学校里有什么用？我们要向人民大众宣传，揭露政府当局的消极抗战、贪污腐败！我们要唤起民众！”
“竺校长，让我们出去吧！”
竺可桢的眼睛湿润了，在这种时刻，他只想和学生们在一起。他下了决心，对大家说：“你们既然要游行，那就让我来领队。但必须排好队伍，保持秩序，勿与军警冲突。”游行队伍出发了，以浙大校旗为前导，竺可桢领着教职工走在前面，中间是女生，后面是男生，整齐的队伍呼喊着口号走遍了山城的大街。
途中，他找到警备司令张卓，要求军警不要干涉学生的爱国活动。
军警没有出来阻挠，游行队伍秩序良好。尽管学生们在前面刚刚贴上标语，军警就立即在后面撕掉，但广大市民对学生们却报以热烈的欢迎。
浙大的这次示威游行发生在被国民党称之为“模范省”的贵州，惊动了最高当局。蒋介石亲自给警备司令张卓打电话，要他严密监视浙江大学，一旦发现共党分子，立即查办处置。
接着，教育部和中统都派要员到遵义调查，形势显得十分紧张。
—天深夜，国民党县党部的书记叶道明，以查户口为名，在浙大助教潘家苏、学生滕维藻的住处搜出了“反动标语”，并当即把他们拘捕。
竺可桢早就知道叶道明是个什么坏事都干得出来的卑鄙小人。他说：“这里边一定有鬼！”他去县党部要人，可是，潘家苏和滕维藻已被押往重庆。遵义山城，冬天十分寒冷，竺可桢脚上的冻疮破了，他跛着脚四处奔走，脚肿得老高，一挨地就疼痛难忍。经过他和师生们的调查，证明这是一起栽赃陷害事件。整个冬天，竺可桢都在为这两个人的事情上上下下地努力，最后，他终于在中统局的保单上签上自己的名字，把这俩人从看守所保了出来。
一波未平，一波又起。
2月19日深夜，国民党特务又逮捕了浙大史地系学生王蕙和中文系学生、黑白文艺社社长何友谅。他们先被关押在贵阳，后又被关押到重庆青木关附近的“战时青年训导团”集中营。竺可桢只身一人到集中营去探望他们。
青木关在重庆郊外，竺可桢为了探望这两个学生，早上5点就起来了。他步行到北碚车站，等了一个小时才坐上公共汽车，下车后又走了七八里路。那是一条窄窄的石板路，蜿蜒起伏于丘陵间，四野不见什么行人，显得十分僻静。
在名为“战时青年训导团”，实为进步青年的集中营里，竺可桢见到了王蕙，规定他们见面的时间为半小时。王蕙告诉竺可桢，何友谅因为越狱逃跑被抓回，看管得格外严密，一概不允许探视。她说，他们这次被捕还是因为那次倒孔大游行。被关押期间，审讯内容都是关于那次游行的事情。
探视的半小时时间很快就过去了，竺可桢十分难过地离开了这里。
竺可桢下山时遇到了警报，等了两个来小时警报才解除。他饿着肚子往回赶路，在青木关车站见到一个穿警服的人押着一个戴手铐的学生模样的人。看到这情景，竺可桢不禁流下了眼泪。
不久，王蕙由竺可桢保释，何友谅被国民党杀害。
3．于子三之死
1945年，历时八年的抗日战争胜利了。第二年，浙江大学迁回杭州。
八年来，人民日夜盼望着胜利，盼望着和平。他们怎么也不会想到，打败了日本鬼子，盼来的却是令人忧伤的时局和朝不保夕的生活。
国民党的官员们大发接收财。政府悍然撕毁和平协议。内战风暴即将来临。物价飞涨，民不聊生。
全国民众一致要求“制止内战”，“实现政协决议”，“保证人民民主自由”。反动当局对人民的正义呼声置之不理，大肆逮捕、监禁、屠杀爱国进步人士。
人民觉醒了，青年们觉醒了，许多人义无反顾地投身到中国共产党领导的民族解放斗争之中。
1946年9月11日深夜，竺可桢在睡梦中被人叫醒。
来人交给他一封信，那是女儿竺梅和未婚夫投奔解放区之前写给父亲的。信中，竺梅深为自己临行前不能与父亲兄妹道别而难过。
竺可桢更是惦念文弱多病的女儿。竺梅体质一向很弱，每年冬天都要犯哮喘病，发病时，张大嘴喘气，脸憋得青紫。天气冷了，竺梅去的是北方解放区，她连件过冬的衣服都没带，怎样抵御北方寒冷的天气？竺可桢在为女儿的选择惊喜的同时，又禁不住深深地担忧。他怎么也没想到，从此，他再也见不到心爱的女儿了。竺梅在新中国成立前夕病逝于解放区。竺可桢的命运，竺可桢家庭的命运已直接与中国人民的民主革命事业紧密相连。
1947年5月，全国爆发了规模空前的“反饥饿，反内战，反迫害”的学生运动，蒋介石大为恼怒，大骂学生“形同暴徒”，决心“断然处置”。
这期间，竺可桢出席联合国教科文组织成立大会后，正在欧美考察。他接到了教育部长朱家骅的急电：“立即返校，平息学潮。”
竺可桢回到浙大，了解到浙大的学运情况，他并没有按当局的意思对学生采取任何惩罚性措施。
浙江省主席沈鸿烈对竺可桢的态度极为不满，他对竺可桢说：“之江大学学生不及浙大的三分之一，就开除退学了四五十人，浙大实失之过宽。”
竺可桢当即反驳道：
“学校处置学潮不能用武，学校须以德服人方能令人信服。”
竺可桢始终认为学生绝大部分是优良子弟，他不能赞同之江大学让军警入校抓人的做法。
竺可桢千方百计保护学生，而当局却不会善罢甘休。
竺可桢最不愿意发生的事情还是发生了，10月26日，浙大学生会主席于子三和另外三个学生在校外被特务跟踪，以共产党嫌疑被捕。
知道消息后，竺可桢立即组织营救。他找到省政府、警察局、省党部，他担心这些学生被秘密杀害，要求当局立即放人。他对保安司令竺鸣涛说：“如果你们认为这四个学生有重大嫌疑，应交送法院。如无证据，应由学校保释。”