在气象事业蓬勃发展之际，竺可桢受命于危难之时，出任了浙江大学校长。这是他人生道路的一次重大转折。八年抗战，浙大在滚滚烽烟中颠沛流离，四次迁移。战乱中，他失去了妻子和儿子。为了浙大的生存和发展，竺可桢做出了坚苦卓绝的努力。从此，他的名字就和浙江大学紧紧地联系在了一起。
1．新来的校长
暮春时节的杭州，柳丝拂面，布谷声声。竺可桢离开了他魂牵梦萦的北极阁，出任浙江大学校长。他面对全校师生和来宾，举起右手宣誓：余敬宣誓。余恪遵总理遗嘱，服从党义，奉行法令，忠心及努力于本职。余决不妄费一钱，妄用一人，并决不营私舞弊及接受贿赂。如违背誓言，愿受最严之处罚。
此誓
民国二十五年五月十八日竺可桢
在此之前，竺可桢对最高当局委任他出任浙大校长一职，曾有过犹豫和推辞。
就竺可桢的性情来说，他不愿出任校长。他深知大学校长事务繁杂，他不善于与一层层的官僚机构打交道，不愿意听命于部长和委员长。更主要的是，他放不下他热爱的气象科学研究，放不下他为之殚精竭虑、日益发展的气象事业。虽然当局任命他为浙大校长的同时，仍让他兼任气象所所长，但他唯恐两头兼顾而两头都不能做得很好。可是，对国家强烈的责任感又使他不愿意多考虑个人意愿和利害。他在日记中写道：“……此时余若不为浙大谋，而取明哲保身主义，则浙大又必陷于党部之手……”与此同时，他的亲人和许多友人都纷纷劝他接任。他们认为，教育事关民族未来，大学应成为挽救社会文化衰退的中流砥柱，竺可桢出任大学校长正可以施展自己的才华和抱负。
在竺可桢难以决断的时候，他的夫人张侠魂温婉地鼓励他说：“当前大学教育问题众多，办教育的人风气不正也是问题之一。有抱负的正派人为什么不能毅然受命，用实际行动做出榜样来呢？”
竺可桢终于决定前往浙大任职。他向当局提出三个条件：一、财政须源源接济。二、用人校长有全权，不受政党之干涉。三、时间以半年为限（后改为一年）。他仍然希望在学校工作走上正轨之后，能有合适的人选来接替他，让他继续全身心投入气象事业。
浙江大学的前身为求是书院。
19世纪末叶，清王朝腐败无能，对内苛政如虎，对外丧权辱国。一些有识之士痛感，若想民族振兴，必须从培养和造就人才着手。杭州知府林启在1897年创办了求是书院，1902年改称浙江大学堂，后几度易名，1928年定名为浙江大学。三十余年的风风雨雨过去，竺可桢任职时的浙江大学，已是十分破败。宣誓典礼前后，竺可桢到浙大各处巡视了一遍。当时的校本部和文理学院、工学院在城东慈湖旁边，农学院在庆春门外的华家池。他看到，在全国的国立大学中，浙大的基础设施应算是最糟糕的。物理室、教育室、图书室均十分破旧，如遇连阴天，外面下大雨，室内下小雨。化学室租用的是校外破旧的房子。只有生物室稍好一点，是几间新建的平房。堂堂高等学府，图书室却总共只有五万余册存书。面对这一切，竺可桢心里感到很沉重。形成这种局面，除了历史的原因、经费的原因外，还有管理上的种种问题。他在校园里看到，网球场上因为连日阴雨，没有学生的身影，可那些球网却没有人收拾。雨中的球网变成了黑色，待到天晴，太阳一晒，球网很快就会糟朽烂掉。想到有关人员如此不爱惜校产，竺可桢的眉头皱得紧紧的。
竺可桢是个不善于言辞的人。搞科研，他头脑缜密、思路清晰，而人多时讲话，他感到十分窘迫，常常把该说的话忘掉。可他到浙大后的第一次演讲，却深深吸引了全校800余名师生。
他首先谈了办大学的目的：大学就是要培养出为学问而努力、为民族而奋斗的人才。他讲道：“我希望诸位同学要深切体念在今日中国受高等教育者的稀少，自觉其所负使命的重大，致力于学业道德体格各方面的修养……”他谈到浙江是人文荟萃之邦，远有越王勾践卧薪尝胆，雪耻自强，近有黄宗羲、朱舜水致力学问，以身许国。他鼓励大学生们要成为为学问而努力，为民族而奋斗的典范。
竺可桢强调：“办理教育事业，第一须明白过去的历史，第二应了解目前的环境。凭借本国的文化基础，吸收世界文化的精华，才能培养有用的专门人才。同时还必须根据本国的现实，审察世界的潮流，所养成的人才才能合乎今日的需要。”竺可桢的这些思想，是他求索30年的精神成果，也是他人生旅程的经验结晶。
谈到现实，竺可桢说：“有知识有血气的青年，早已感到国家情势危迫。近百年来，列强侵略进行不息，中国不能发愤自强，以致近几年国家面临着最严重的危机。”他的话，引起了青年学生们的强烈共鸣。他们和竺可桢这只是初次相见，但已经从心底信任自己的校长了。
竺可桢的讲话没有应景的废话和空话，而是阐述了他的教育思想。这思想继承融合了中国书院教育的优良传统，吸收了西方先进的教育理念，这思想与近代以来蔡元培先生所倡导的教育思想一脉相承，继承和发扬了“五四”的科学与民主精神。在这种教育思想的引导下，竺可桢对浙大的师资建设、教学管理、学科设置等进行了重大改革。
竺可桢十分重视学生基础知识的坚实。他动员和安排那些高薪礼聘的著名教授为大学一年级学生上基础课。他说：“我认为教数、理、化、国文、英文，必须有第一等教授。”当时的浙大，苏步青、钱宝琛教过大学一年级的数学，王淦昌、朱福棠教过新生物理，周厚复、储润科教过化学，谭其骧教过中国通史。这些教授都是本学科的专家，他们的学问造诣、品德人格，为年轻的大学生树立了人生的楷模。
竺可桢主张大学教育应既重视专业教育又重视通才教育，侧重于通才教育。他认为大学教育“若侧重应用科学，而置基础科学、人文科学于不顾，这是谋食而不谋道的做法”。基于此，竺可桢努力扩充浙大的院系，致力于把浙大办成一个多学科、多学院的综合性大学，如同浙大校歌中所唱：“包涵万流，海纳江河。”
竺可桢严格把好新生录取的质量关。他亲自主持招生工作，派有名望的教授阅卷，录取新生宁缺毋滥。对于那些说情托人的，则一概不予理会。有一年，浙江省主席、省参议会议长王云慈的女儿考分不够，请竺可桢予以关照。竺可桢虽感到为难，但还是婉言拒绝道：“孩子想上浙大，这是好事。但孩子成绩达不到要求，即使上了大学还是会很吃力。不如再上一年预科，把基础打牢，明年再考。”
经过一年多的努力，浙大的教学管理上了轨道，教学质量有了提高，报考浙大的学生人数有了显著增长，校园里焕发出勃勃的生机。
转眼到了天高云淡、丹桂飘香的秋日，浙大组织了教职工及家属的登山比赛。
男、女、老、幼，六七十人齐聚在葛岭。山脚处，陈柏青先生鸣枪发令；山顶上，体育系的舒鸿先生记录名次。信号枪一响，小孩子们欢呼着领先冲了出去，紧跟在后的有德高望重的老教授，有平时不爱运动的教授夫人，还有刚刚留洋回来的年轻博士。结果，第一个登顶的是著名物理学家王淦昌先生。竺可桢是第13名。
竺可桢为每个登山者都分发了纪念品。第一名王淦昌得到了一本由郑晓沧教授翻译的《小男孩》，孩子们得到了玩具飞机，教授夫人们得到了泥菩萨。欢声笑语飞扬在葛岭山下、西子湖畔……
在这些日子里，竺可桢因兼任气象研究所的工作，常奔波于南京、杭州之间。他多次向有关部门提出，原定任校长的一年期限已到，希望尽快派人来接任。可是，各方面都认为找不到比他更合适的人替代他，请他继续留任。
竺可桢穿梭似的在南京、上海、杭州之间奔波。乘坐火车时，他大多选择坐夜车，以便不耽误白天的工作。如果是白天坐车，他就把一些事情带到火车上去做。
他在奔驰于沪杭线的火车中批阅考生试卷。
他与各方人士洽谈，四川、西宁这些边远省区也建起了一个又一个测候所。
他为了浙大的发展，四处延揽人才，三次亲自登门请国学大师马一浮先生任教。
他时刻不忘气象研究，多次到当时的中央电台讲授《气候与人生之关系》，还到杭州航空学校为师生们讲授《东亚之气候》。
不知不觉间，一年的时间过去了。竺可桢感到，忙碌中的日子过得格外快。在送别毕业生时，竺可桢在学生要他签名的毕业纪念册上写下了唐宋八大家之一曾巩的“四忌”：吃饭忌饱，住屋忌好，著书忌早，做官忌巧。”在浙大毕业典礼上，竺可桢鼓励学生走出校门后，为人处世应“只知是非，不计利害”，做到有志、有识、有恒。
1937年，抗日战争爆发，浙大乃至全中国都处于危难之中。竺可桢认为，在这非常时期，只有力保浙大、共赴国难才是自己义不容辞的责任。所以，他也就不提辞职的事情了。
2．战乱中的离丧
1937年七七事变，日军侵犯北京。1937年8月13日，日军进攻上海。抗日战争自北向南全面展开。
日军飞机沿着中国的铁路线进行疯狂的空袭，美丽的西子湖畔生灵涂炭，硝烟弥漫。
早上8点，浙大的学生刚刚开始上课，刺耳的空袭警报就划破了宁静的校园，跑警报、躲警报占去了大部分的学习时间。从早到晚，师生们没有片刻的安宁。竺可桢决定率领全校师生员工迁移到浙江的建德县。
离开杭州之前，竺可桢走遍了整个校园。从教学楼到实验室，从操场到图书馆，他默默无言，陪同他的人也都默默无言。他想到了搬迁的每一个问题，可他却无论如何也没有想到，这一去就是八年。
建德在杭州西南约240公里处，这是浙大抗战期间搬迁的第一个地方。
敌军步步推进，战争局势更加险恶，政府各部门纷纷迁移，老百姓四处逃难。南京的中央政府迁到了重庆，浙江省政府迁到了浙南，浙大也再次西迁到600多公里外的江西泰和。
泰和是江西省中部偏南临着赣江的一个县城。那里的上田村有许多空闲的房屋，稍加修葺就可以容纳浙大的师生。还不用交纳房租。师生们在这里安顿下来后，很快就复了课。他们不仅补上了落下的课程，还举行了学期考试。当时的教育部派人到全国各地巡视，认为浙大在所有迁移的大学中教学秩序和教学质量都是最好的。
浙大的驻地临着赣江，常闹水灾，当时老百姓俗话说：“三年不遭水灾，母鸡也戴金耳环。”竺可桢与当地政府协商，由地方出一部分钱，浙大义务负责全部技术、设计和施工指导，用两个月时间修筑了一条长7．5公里的防洪堤。从此，上田村因这项工程而受益。至今这条防洪堤还发挥着作用，人们称之为“浙大堤”。
浙大在泰和只待了半年时间，战火又烧到了江西北部。偌大个中国，却没有安放一张平静书桌的地方。竺可桢只得再一次寻找迁校的地点。他从湖南到广西，在遍地烽烟中长途奔波，历时近一个月，备尝艰辛。