二、实施优化经济结构战略，提升结构竞争力
中国社科院倪鹏飞主编的《城市竞争力的蓝皮书：中国城市竞争力报告No.4》对南京结构竞争力的分析表明，南京市经济结构体系不够健全，虽然2005年度排名由2004年的第41位上升到第17位，但从总体上看，南京市经济结构优化仍滞后于经济增长。主要表现在所有制结构、产业结构、投资与消费结构、城乡二元结构调整和优化的步伐不够快，国有经济、大企业的经济比重仍然较高，非公有制经济、中小企业发展不充分的问题还没有得到根本改变；产业结构中高新技术产业比重不高，服务业特别是现代服务业发展不充分；在投资与消费结构中，投资拉动型经济十分显着；城乡二元结构依然明显，城乡居民收入差距还在扩大。
因此，调整和优化经济结构还任重道远。
1.调整和优化产业结构
要优化产业结构，必须采取有效措施，加快发展现代服务业、装备制造业和技术密集型产业。先进制造业和现代服务业是相辅相成的关系，先进制造业的重点是装备制造业，南京具有发展装备制造业的良好条件，应抓住技术密集、关联度高、需求量大的重要技术装备，培育装备制造业的产业集群，把装备制造业打造成南京的支柱产业。为适应南京先进制造业发展的需要，应加快现代物流、现代商贸、现代金融保险、研发、信息、会展、房地产、软件、文化、环保和劳务培训等产业的发展，做大做强做优现代服务业，为先进制造业提供高效优质服务。要加快发展技术密集型产业，南京是科教名城，具有发展技术密集型产业的良好条件。虽然发展劳动密集型、资本密集型产业仍然是推动南京产业发展的重要动力，但从发展趋势和南京的优势出发，完全可以将劳动密集型、资本密集型产业推向技术密集型产业，生产技术含量高、附加值高的产品，增强产业竞争力。
2.调整和优化投资与消费结构
要通过优化投资内部结构和提高投资效益来有效实现投资结构的优化。优化投资内部结构，需要进一步加强引进外资的力度，增加外资在社会投资中的比重；要充分利用社会投资，吸纳庞大的民间资本；要加大对非公有制经济和中小企业的投资，增加投资比重。提高投资效益，需要加快建立和完善投资体系，减少重复投资、重复建设，有效使用国民财富，减少投资浪费。优化消费结构，有效实现消费拉动，需要增加居民收入，包括提高城镇居民人均可支配收入和农民人均纯收入；要优化居民消费结构，从物质消费为主转变为非物质消费为主；要提高居民消费倾向，提高即期消费比重。
3.调整和优化所有制结构
坚持以公有制为主体、多种所有制经济共同发展是我国的一项基本经济制度。要加快调整和优化所有制结构，形成各种所有制经济平等竞争、一视同仁的法治环境、政策环境和市场环境，促进非公有制经济的总量和比重大幅度提升。
4.调整和优化城乡结构
调整和优化城乡结构，主要是调整城乡所有制结构、产业结构和收入分配结构。要在稳定并完善以家庭联产承包经营的基础上，发展多种形式的适度规模经营；要在科技、教育、金融、商贸、财政和乡镇管理等方面有所创新，建立服务“三农”的长效机制，举全市之力加快郊县发展，从而促进城乡协调发展。
三、实施自主创新战略，提升科技竞争力
2005年南京科技竞争力居全国第5位。“十五”期间，南京市科技发展取得显着成效，自主创新能力不断提升，但相对丰富的科教资源与相对薄弱的自主创新能力之间的矛盾仍然突出，自主创新资源有待进一步整合，企业自主创新主体地位还没有确立，官产学研一体化机制尚未建立，高新技术产业中具有自主知识产权的产品比重不高，科技服务业还不能适应自主创新和科技成果转化工作的要求，高层次科技创新人才特别是领军人物还十分短缺等。为实现“十一五”规划提出的各项目标，建设创新型城市，提升南京市综合实力和综合竞争力，实施自主创新战略势在必行。
1.构建有南京特色的知识创新体系
充分发挥南京科教资源丰厚的优势，构建有南京特色的知识创新体系是实施自主创新战略的坚实基础。加强与高校、科研院所的全面合作，发挥他们在知识创新中的源头作用，面向全市重点产业，开展关键和共性技术、应用基础研究和高新技术研究；围绕电子信息、石油化工、汽车制造、钢铁等四大支柱产业和现代商贸、现代物流、现代金融保险、旅游会展、信息服务等新兴产业发展对科技的需求，以及建设社会主义新农村、转变经济增长方式、大力发展循环经济、加速社会进步和公益事业发展对科技的需求，在都市农业、先进制造业和现代服务业等领域，开发一批拥有核心技术和自主知识产权的成果。为达此目的，需要构建有南京特色的知识创新体系，超越体制、区域和行业界线，建立高校、科研院所、企业、政府间的合作模式，促进联动协作，加快建立以国家和省部级重点实验室、省市级工程技术中心为主体的公共研发平台，集成多学科研发优势，提高承接重大知识创新项目攻关的能力；鼓励和支持企业与高校、科研院所进行多种形式的产学研联合，组建知识与技术创新联合或建立战略联盟。总之，可通过多途径、多方式构建具有南京特色的知识创新体系。
2.构建有南京特色的技术创新体系
增强自主创新能力，关键是强化企业在技术创新中的主体地位，建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系。要采取更加有力的措施，使企业真正成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。为达此目的，企业要把提升自主创新能力作为增强企业实力和竞争力的根本措施，要以观念创新为先导，以战略创新为方向，以组织创新为保障，以技术创新为手段，以市场创新为目标，构建官产学研相结合的技术创新体系；要加大对研究与技术开发（R＆D）机构的投入和建设力度，每年按不低于销售收入3%的比例提取研究开发专项经费，引进风险投入机制，多方筹措研发经费；要大力研究和开发具有自主知识产权的关键技术，形成企业的核心技术和专有技术，利用这些技术开发知名品牌，不断放大企业名牌效应，提升名牌产品国内外市场占有率；要大力加强国际科技合作与交流，高起点引进国外先进技术，重点引进专利技术、软件和必要的关键设备，同时加强对引进技术的消化吸收，实现再创新，增强持续创新的能力；要大力培育富有创新能力的各类人才，紧紧抓住培养、吸引和用好人才这三个重要环节，建立健全科学合理的人才资源管理和开发机制，充分发挥人才特别是领军人才在自主创新中的关键作用；要大力加强对企业自主创新的管理，有效整合企业自主创新的各类资源，提升创新效率和效益。
3.构建有南京特色的创新成果扩散体系
创新成果扩散体系建设是南京自主创新体系建设中的薄弱环节。创新成果扩散体系是联系科技与经济的中介，是衔接自主创新体系组织系统中各部分之间的桥梁和纽带，其主要职能是催化、裂变、促进和服务。为达此目的，需要加快建设技术转移服务平台，要建立创新成果转化服务机构，为创新成果转化提供良好的服务；要建立创新成果信息交流平台，采集、发布、交流创新成果信息；要建立创新成果交易平台，通过创新成果交易会、交易市场、网上交易等多种形式，促进创新成果转化或转移。同时，需要加快建设创新成果产业化服务平台，大力建设科技孵化器，充分发挥孵化器的成果转化、中介、投融资等服务功能；完善科技园区服务功能，提升高新区“一区多园”、软件园基地、南京化工园、现代农业科技园的综合服务水平。
4.构建有南京特色的自主创新支持体系
政府部门要努力营造有利于自主创新的环境，为各类企业开展自主创新活动提供平等竞争的条件，使企业真正成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。技术创新活动包括一系列环节，是一条完整的链条，这一“创新链”主要包括知识创新平台、公共研发平台、风险投资、孵化器、产权交易、技术传播、市场中介、法律服务等环节。完整的创新生态应当包括创新政策、创新链、创新人才、创新文化等内容。政府的主要职责是通过培育创新生态，最大限度地集聚国内外优质研发资源，形成持续创新的能力。要以配套完善的科技与经济政策法规体系，为企业自主创新提供保障。大力加强知识产权保护，实行有利于自主创新的财税金融政策、投资政策和政府采购政策等。
四、建设社会主义新农村，提升郊县实力和竞争力
近年来，南京市十分重视“三农”问题，统筹城乡发展步伐不断加快。以工业园区为重点，加大郊县资源整合力度，加速主城产业和要素向郊县转移；以推进“万村千乡”市场工程为抓手，加快农村流通体系建设；加大“三城九镇”建设力度，郊县城镇化水平进一步提升；以产业化经营推进农业结构调整，农业的集约经营程度不断提高。尽管如此，南京的城乡二元结构仍没有从根本上发生变化，城乡二元结构仍是制约全市发展的重要因素，郊县实力既是提升南京综合实力和综合竞争力的弱项，同时又是提升空间的最强项。要进一步提高郊县实力和竞争力，贯彻“以城带乡、以工促农、反哺农业、回报农民”的方针，着力解决城乡二元结构矛盾，努力建设社会主义新农村，大力促进城乡区域协调发展，实现“城市郊区化、郊区城市化、城乡一体化”。建设社会主义新农村，提升郊县实力和竞争力，是一个庞大的系统工程，需要做的工作很多，但重点是做好以下几项工作：
1.明确建设社会主义新农村的基本内容
从宏观层面看，建设社会主义新农村的目标是按照“生产发展、生活富裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”的要求，推进现代农业建设，全面深化农村改革，大力发展农村公共事业，千方百计增加农民收入。其中，现代农业建设是新农村建设的产业基础，深化农村改革是新农村建设的动力支撑，大力发展农村公共事业是新农村建设的主要领域，增加农民收入、全面提高农民生活水平，是新农村建设的最终目标。