南京科技优势明显，但是科技转化率较低，具体表现为科技创新能力不强、科技成果转化不快、承接大型课题和出大成果的能力还不强。主要原因是：南京科技投入力度较小，尤其是全社会科技投入占GDP的比重和政府科技投入占财政支出的比重偏低；研发经费支出中投入基础研究和应用研究的比例偏高，尤其是基础研究的投入比例有快速增长的趋势；经费支出结构不利于科技成果的产业化；科技创新与成果产业化之间存在体制障碍，科研主体无法通过市场定价机制顺利实现成果的交易与转化；企业在科技创新和产业化中还没有占据主体地位，缺乏培育企业产生以及激励企业家成长的制度安排；政府对科技型中小企业和民营科技企业的引导扶持不足。
6.城乡二元结构突出
近年来，南京城乡间的经济总量发展水平的差距不仅没有缩小反呈加大趋势，城乡经济发展很不均衡，制约了南京城市竞争力的进一步增强。原因主要有：南京市在资源配置上长期实行倾斜政策，农村投资比重较小，使得农业基础设施不健全；农民与城镇居民对教育资源的占有很不对称；农村非农产业发展水平低，技术含量总体比较低，市场竞争力不强；郊县的工业园区分散、产业同构现象突出；农村剩余劳动力转移步伐较慢；县域的城市化水平低，与市区存在很大差距。
7.市场国际化程度较低
与国内一些先进城市相比，南京实际利用外资总量不大，对外贸易依存度较低，外资在产业投资中的比重较低，全球跨国公司500强也仅有几十家前来南京投资，至今没有真正意义上的跨国公司研发中心，仅有少数外资研发机构。原因主要有：制度建设滞后，相对于深圳、苏州等城市，制度环境不够宽松，行政效率低下，服务企业意识弱；原有的一些优势产业和企业在国内外竞争中的优势有所下降；产业关联度低，产业集群相对薄弱，很多重点企业“大而不强”，产业分工水平低，前后关联少，主导产业的发展缺乏当地配套中间产品的支持，在产品成本增高的同时也减弱了对外资的吸引力；品牌、名牌意识不够，而且由于产业结构等方面的影响，造成中间产品多于终端产品，也导致了国内外知名品牌的缺乏。
第三节扬长避短提升城市综合竞争力
针对南京城市综合竞争力的现状和发展趋势，我们必须把科学发展观作为提升南京城市综合竞争力，推进南京科学发展、加快发展和协调发展的根本指针，促进南京在科学发展中提高执政能力，在加快发展中实现争先进位，在协调发展中构建和谐社会。
一、建设“和谐政府”，提高政府公共管理效能
在经济与信息全球化快速发展的情况下，政府能力已经成为一个国家或地区在全球竞争中综合竞争力的重要因素，也是提升这个国家或地区综合竞争力，争得经济与社会发展“先机”的关键。因此，我们应建设“和谐政府”，以进一步增强政府的政治、法律和道义责任，进一步提高政府行政能力与公共管理效能。
——树立“法治政府”理念，改进对政府绩效评估的程序与方式。立法保障是开展政府绩效的前提和基础，在这一基础上，改善政府绩效评估现状，需要进一步深化政府绩效评估体制改革，建议：①建立多重评估体制，不仅包括政府机关的自我评估、上级评估、党的组织和权力机关（人大）的评估，还应当包括相关专业的专家评估。更重要的是引进政府管理和服务对象即社会公众的评估，逐步实现官方评估与民间评估并重。②政府绩效评估既是通过制度保障的规范化的工作行为，同时也是专业性很强、技术含量很高的研究活动。为此，有必要成立包括各方面专家的绩效评估机构。为保证评估机构独立工作，免受干扰，必须对评估机构进行垂直管理。
——树立“阳光政府”理念，进一步开放信息，完善电子政务。建议：①把“以政务转型（重塑）为先导、以综合应用为抓手、以技术创新为依托、以政府主导与市场加入相结合为运作机制”作为电子政务新一轮建设的发展策略，加速建成“廉洁、勤政、务实、高效”的电子政务。②开放政府信息与公共信息数据库，促进电子政务的综合应用。可在南京通过免费与半免费开放政府信息与公共信息数据库。
③电子政务信息开放要有法律支持，获得制度性保障。公共数据库的建设与使用要法制化程序化，要建立公共信息采集、处理以及使用的法规制度，明确政府与公民对公共信息的权利与义务。④实行电子政务法人责任制，建立以首席信息技术主管制度为基础的电子政务法人负责制。通过将具备政务和信息技术方面专业素质的人士组成责任主体，直接承担电子政务建设的相关责任。
——树立“有限政府”理念，推进城市治理与社区自治相融合的操作模式。建议：①加强培训，加快社会工作者职业化进程，尽快提高社区工作队伍素质。
②大力发展群众性自治组织，明确和提高小区业主委员会的法律地位。③积极探索“行政管理与社区自治融合型模式”向“典型的社区自治模式”过渡的思路。
——树立“文化政府”理念，打造南京公务员形象品牌。建议：①以市级机关工委牵头成立南京市“文化政府”建设办公室，统一规划全市“文化政府”建设；组织开展机关的文化活动；牵头组织公务员的文化知识培训与考核；组织文化建设的考核与评比等等。②机关各部门结合本单位实际建设“部门文化”，如“国税文化”、“工商文化”等。③政府的公务活动要体现文化品位和内涵，包括公务礼仪、公务场所、公务形象等。
——树立“活力政府”理念，促进公务员素质的高移化。激发公务的整体活力，关键是要有一个有效的公务员发展调控机制。建议：①构建公务员柔性流动机制。如试行政府官员的租赁制度。聘用各行业专家、高级专业技术人员担任政府高级雇员。②构建公务员学习创新机制。通过“学习型政府”建设，实现公务员素质的极大提高和潜能的充分发挥。学习形式可以是多样的，可组织各层次、多类型的公务员挂职锻炼，特别要重视公务员到企业挂职。③完善公务员竞争上岗机制。
二、建设“创新城市”，推进城市高速发展
面对南京城市竞争力的现状，我们必须导入创新理念，引入创新战略，走创新城市之路，实施全社会参与、全方位覆盖、全过程联动的城市整体创新，推进南京高速发展。南京目前正在跨越“城市创新的启动阶段”，到2010年，南京的创新城市目标可设定为“形成国内着名的创新中心”。建设“创新城市”，必须建立广泛的城市“创新体系”，要着力做好以下四篇文章：
——强调化育，树立全民创新意识。化育，一是化，教化、转化，春风化雨，潜移默化；二是育，教育、培育。可通过强化学生的创业创新精神的培养和实施在职创业带头人培训工程等途径，强化全民创业创新意识，增强自我加压、自我培养、自我成才、自我创业的内动力。
——放水养鱼，完善创业创新环境。建议：①全面降低创业门槛，不限发展比例、不限发展速度、不限经营方式、不限经营规模。②坚决落实各类扶持政策措施，包括鼓励风险投资，提供一定帮扶启动资金，做到税收政策平等、规费标准平等、市场准入平等、政府服务平等。③鼓励做大做强，引导各类企业向规模型、科技型发展。
——合理布局，搭建创业创新载体。建议：①加快现代化城区建设，在中心城区重点规划建设一批知识、信息、人才汇聚的现代服务业集聚区，以科技创新带动现代服务业发展，以现代服务业发展支持科技进步。②依托各类园区开发平台，以制度创新、技术创新、经营创新提高企业竞争力，建设或帮扶一大批各具特色的有自主知识产权的高新技术企业或产业。③以核心企业为枢纽，以重要产业基地和工业园区为依托，发挥科技和人才集聚优势，协同整合企业群落，拓展产业链，扩大经济规模，在装备工业、基础工业、高新技术产业领域培育一批比较优势明显、带动作用强劲的产业集群。
——整合资源，形成创新内在动力。建议：①整合各部门、各系统、各单位及社会的科技、教育资源，形成企业、高校和科研院所战略联盟机制，使企业、高校和科研院所真正成为科技创新的主体和源头。②充分发挥市、区（县）两级政府在整合科技、教育资源上的重要作用，推动人才、知识和资本等要素的有效结合，促进科技、教育和经济互动发展。
三、激发“产业联动”，提高产业关联度
当前南京产业发展的目标定位应该是建立一个具有时代特征、符合发展战略、能够取得实际成效的新型产业体系。我们既要找准南京产业在全球价值链或产业链中的定位，又要增强南京产业在国际竞争中能够生存和发展的能力。激发“产业联动”是提升产业竞争力的一条重要途径。
——构建中小企业和大企业的沟通平台。协作式集群模式的形成对于南京大、中、小型企业竞争力的提高，具有十分重要的意义。建议：①对于大多数中小企业来说，必须转变“小而全”和自我封闭的观念，甘当配角，积极发展与大企业的配套和协作。②在那些发展基础较好，且产业关联度高、制造过程可分度较高的产业部门，如电子、汽车、化工、医药等行业，应加强中小企业与大企业间的联合。③政府可以考虑通过洽谈会等形式为中小企业和大企业搭建沟通的平台和机会，同时要尽快降低这些行业的准入门槛，减少不必要的手续。④加快国有大企业改制的步伐，将大企业与一些下属企业相剥离，建立优胜劣汰的市场机制，鼓励这些企业通过市场招标等方式建立与其他中小企业间的协作关联。