而从五项子因素的详细情况来看，南京市在人才要素环境和科技要素环境两个方面的竞争力最强，人才要素竞争力列于上海、北京、广州、武汉、天津、西安6个城市之后，位于第7位，科技竞争力列于北京、上海、天津、广州、武汉之后，位于第6位。这一排名是比较客观、公正的，充分反映了南京市在人才与科技方面长期以来形成的无可置疑的优势地位这一客观事实。我们曾经承担《南京、杭州城市发展比较研究》这一课题的研究工作，在其中，我们从人才资源数量供给、素质质量、教育程度和科技产出能力、投入能力与支撑能力、配置能力、管理能力等方面对南京、杭州这两座城市的人力资源和科技发展作了详细的数理统计比较分析，结果与倪鹏飞教授的分析结果（杭州在人才与科技两个方面的竞争力都逊于南京，分别列于第8和第7位）是不谋而合的。
在资本要素竞争力上，南京的优势不是很明显，在全国50个城市中，排在第14位，不仅落后于北京、上海、广州、深圳等大都市，而且还列于沈阳、西安、哈尔滨等城市之后。资本要素环境由金融机构资本数量（存贷款数额）、资本获得的便利性和融资体系的健全性三个指标组成。在这三个方面，南京市的优势在于资本存量较大，与沈阳、西安、重庆三个城市比较，2003年全年的金融机构存贷款余额和增长率都要远远高于这三座城市，但南京市资本要素的弱势在另外两项上：一是资本可得性较差，这主要体现在民间（民营）资本获得和利用率较低以及风险资本可得性较差；二是融资体系还不够完备，尤其是外资金融机构进入南京比较迟也比较少，还不能形成很明显的竞争强势，而且南京市金融服务业务及工具都比较传统，没有创新，缺乏有特色、多样性的金融服务体系。
经过比较分析，南京市的生产要素成本是比较高的，基本不存在优势，在全国50个城市中，南京排在第34位，这一排名基本符合南京的实际情况。生产要素成本主要由劳动力成本（工资）、土地成本（房价、地价、居住的成本等）、资本实际成本三项指标组成。南京市劳动力成本与全国的平均水平以及其他各个城市相比还是比较高的。据国家统计局的资料显示，2003年南京市的城镇人均可支配收入超过万元以上，在全国排在第10位，而当年城镇人均可支配收入达到万元以上的城市全国只有12个：深圳、广州、上海、宁波、北京、厦门、杭州、济南、天津、南京、福州、青岛。2003年南京房地产市场运行情况显示，南京市房地产价格位列全国35个大中城市的第8名，而且房屋租赁和销售价格的增长指数均列全国大城市的前列，这可以说明南京市整体的生活和生产成本是比较高的。
（2）产业关联
产业关联是城市商务环境竞争力的又一重要因素，在倪鹏飞教授2004年的评价体系中，产业关联的相关指标均为问卷调查数据，尽管这些数据的客观性较差，但是也在很大程度上反映了南京产业发展，主要是产业关联方面的真实性。
产业服务环境。在产业关联的三级指标中，南京的产业服务环境排名较低，指数为0.046，列第36位。该指标由各类服务组织发展、创业服务体系健全性以及中介服务成本3个四级指标构成，主要考察的是服务体系的发展情况。从以往对南京中小企业等企业组织的服务体系研究看，南京在这方面确实存在着较大的问题，服务体系发展滞后、相关服务政策缺失等情况在很大程度上制约了南京产业组织的发展。例如在对南京中小企业服务体系的建设情况进行考察时发现，到2004年南京尚未建立起中小企业服务体系的基本框架，在许多领域的服务都未到位，同国内的广州、深圳、上海以及浙江的一些中小企业和城市创业发展较好的城市相比存在着较大的差距，这势必影响到总指标的指数值。当然，由于该指标的指数值是由问卷调查得出的，不排除其中有一定的人为因素的影响，但是可以肯定的是，南京在这方面存在着较大的缺陷。
产业集群环境。南京产业集群环境的指数值为0.081，列第13位，排名比较靠前。排在南京前面的城市主要集中在浙江、广东两省，也大多为这两省中小企业较为集中的城市，如温州、东莞、台州、绍兴等，但是威海、重庆、西安这三个城市也排在南京的前面，由于对这三个城市的情况掌握较少，因此也难以给予评价。
影响该指标排名的主要为“集群中的合作程度”这一四级指标。南京的产业集群目前已具有一定的规模，珠江路、湖南路以及夫子庙地区等都是南京中小企业集中的地方，在全国的影响也比较大，特别是珠江路和湖南路都属于明显的专业化聚集，但是我们在对南京中小企业产业集群进行考察时发现，南京的中小企业以独立型为主，经营同类产品，相互之间是一种平等的竞争关系，虽然在信息、人才和对外的吸引力等方面具有较大优势，但协作型中小企业集群的发展很不理想，这会影响到“集群中合作程度”指标的得分。不过值得一提的是，南京在这一项的排名较上海靠前，这与我们以往的研究结果是一致的。
（3）区位及当地需求
城市区位及当地需求是商务环境竞争力中的分指标，属于商务硬环境。在总指标中的33个子因素（二级分力）中，区位及当地需求这一分力对综合竞争力的贡献弹性很大（贡献弹性为0.592，仅次于要素资源环境分力），这说明城市区位及当地需求是影响城市综合竞争力提高的重要指标。当地需求规模和当地需求质量以及区位条件构成城市区位竞争力和需求竞争力。在50个城市的区位及当地需求竞争力排名中，南京排名第10位，说明南京有很强的经济区位优势以及政治文化区位优势，当地需求情况很好。
当地需求规模。南京排名第7位，符合南京实际情况。当地需求规模包括3个四级分指标：宏观经济预期、城市前景预期、当地的内需规模。目前南京处于工业化的中后期，进入中等收入地区的行列，初步具备现代化都市的经济规模和经济结构。从近年来看，南京GDP将随全国宏观经济形势的好转而呈快速、稳步攀升态势。作为省会城市和区域中心城市，南京将更好、更快地发展，走在全国建设小康社会和现代化进程的前列。作为区域性的中心城市，南京将继续努力提升城市化质量和中心城市的核心竞争力，深入实施“富民强市”、“科教兴市”、“依法治市”、“文化南京”、“绿色南京”五大战略，实现经济社会协调发展。因此有理由相信，在未来“十一五”期间，南京宏观经济预期和城市前景预期良好。当地的内需规模不仅指本市，还包括城市腹地居民的需求。南京是理想的交易市场，是重要的商品集散地，是长江流域重要的商贸中心。南京的社会消费品零售总额高于杭州、宁波、苏州、青岛这些GDP排在南京之前的城市，高于杭州、济南、成都、重庆和哈尔滨等地区中心城市。南京处于比较特殊的地理位置，经济腹地很大，又是消费品生产的重要基地，这些都决定了南京当地的内需规模总量大。
当地需求质量。包括3个四级分指标：消费者的挑剔程度、消费者对高新消费品的喜好程度、当地环保和质量法规严格程度。南京的经济发展指标比较靠前，但人均收入水平并不高。在省内，南京的人均可支配收入低于苏、锡、常，与镇、通、扬的差别也不大；南京的恩格尔系数也不高，这些说明人民群众并没有很好地享受到发展成果，人民生活水平不高，也直接影响到当地需求质量，尚处于比较低的阶段。由于历史的原因，南京的城市文化和市民个性受北方文化影响较深，粗犷多于精致。在长三角区域经济一体化中，上海对南京的影响和辐射也并不大。粗犷、平和、兼容并蓄的南京市民对商品的挑剔程度不高。另外，南京市民的创新性、进取心不够，创业精神指标排名第49位，创新意识指数排名第31位，这些在一定程度上降低了南京人对新产品和技术含量高的产品的敏感度。高新产品一般价格较高，也影响了并不富裕的南京人对其的喜好程度。南京市的环境污染程度较高（如工业废水和工业二氧化硫排放量很大），而对环境污染治理的投入则远远不够（污染治理投资额仅1亿多）；消费维权纠纷不断，对违法违规商家惩治不到位，这些说明南京当地环保和质量法规严格程度不高。如前所述，当地需求还包括腹地居民的需求。南京的经济腹地包括镇江、扬州、苏北、安徽、江西等地，这些地区的需求质量并不高，也一定程度上影响了南京的当地需求质量。总的来看，南京当地需求质量不高是事实。但因为部分分指标值由问卷主观题得出，问卷填写人的代表性、主观性以及问卷量都直接影响了结果，因此南京排名第49位值得商榷。
区位条件。南京排名第8位，符合南京实际。包括3个四级分指标：自然区位便利度指数、经济区位优势度、政治科技区位优势度。南京是长三角的次区域中心，是南京都市圈的核心，是江苏省沿江开发的“排头兵”，在地理区位和交通区位方面优势明显；南京经济腹地大，可以影响安徽、江西及省内其他城市；南京是历史文化名城，是发达省份的省会城市，科技综合实力居全国城市前列，这些说明，南京有很强的自然区位、经济区位、政治科技区位优势。
（4）基础设施
在基础设施方面，南京的总排名在第5位。在一定程度上体现了南京在发展过程中的连续性特征。在评估过程中，我们认为大多数的指标较为公正地反映了南京的情况。
市内商务设施质量被排在了第5位。这是与近年来政府的重视分不开的。
从2003年开始到2005年，南京市投资1000亿元用于提升城市基础设施承载能力。主要体现在：建成主城快速道路系统，确保城市运转和第十届全国运动会期间交通的畅通。以快速内环为重点，加快了老城新区东西通道的建设，重点打通跨秦淮河的交通节点；每年新建改建道路100公里，新增道路面积200万平方米；同时加快主城公交线网向外围新市区和新城的延伸拓展。随着地铁的建成，玄武湖隧道、九华山隧道的投入使用，南京的道路质量和道路交通状况得到了大大的改善。
为了提升水电气等综合保障能力，形成具有全国一流水平的城市公用设施系统，南京市大力建设板桥电厂、龙潭电厂，建成500千伏龙潭、220千伏双闸和仙鹤、110千伏古平岗等一批输变电工程，构筑可靠、灵活的现代化电网，缓解现阶段电力供需矛盾，使城市真正实现按需供电、按需用电，使南京市的供电量充足。
对外基本基础设施的质量列在第10位。这说明南京在对外基本基础设施方面有待提高，特别是在航空设施方面。但是，南京作为国内最大的可常年停靠万吨货轮的港口，新生圩港是我国内河规模最大、功能最齐全的外贸港区，吞吐量居内河港第一位。
对于以上几项指标，倪鹏飞教授的报告评估得比较准确，但是在信息技术基础设施指数这个指标上的评估存在不合理之处，在50座城市中，南京市列于第41位。事实上，南京是全国各大电信枢纽之一，拥有多种传输方式组成的通信网可以通达全国和世界各地，全市电话交换总容量达100万门，市话主线普及率达22%，是全国第二个实现全网程控化的省会城市。此外，南京市政府大力推进“数字南京”工程，建设和完善“六楼六网”，强化邮政、电信服务功能，实现城市管理信息化，成为全国一流的电子信息产业基地正是南京的目标。
（5）法制与文化环境
南京的制度成本是该指标中的弱项，排名在第34位，但这符合南京的实际情况。
在现代经济增长中，制度是生产函数中的一个重要内生变量，也是一种高能级的生产要素。从国际经验看，在一定的初始经济水平条件下，对经济增长和发展起决定作用的是制度因素，而非技术因素。制度成本不仅仅指在市场交易发生过程中实际要支付的成本，也包括由于制度障碍而根本无法进行或选择而放弃的市场交易所带来的机会成本，这种机会成本包括“本来可深化的市场”因制度障碍而只能半途而废的情况，以及市场勉强得到发展的情况。在倪鹏飞博士《中国城市竞争力报告No.2》中，南京市的制度竞争力排名第34位，这与南京市的实际情况较为吻合。
南京制度成本之所以那么高，我们认为，这与南京制订各式各样的行业准入审批、对市场的行政管制和对企业征收高所得税有很大的关系。以所得税为例，所得税减免是重要的招商引资手段，国家在不同时期对不同地区实行了不同程度的税收减免。据了解，深圳所得税税负在全国是比较轻的，其税率为15%，且生产型企业是2免3减半（意思是前两年全部免征后，连续3年减半征收），服务型企业是1免2减半；上海税率为24%（浦东为15%），2免5减半；而南京市的纳税人年应纳税所得额在3万元（含3万元）以下的，税率减按18%征收企业所得税，年应纳税所得额超过3万元至10万元（含10万元），税率减按27%征收企业所得税，年应纳税所得额在10万元以上的，按33%的税率征收企业所得税，无行业限制。