澳门海事博物馆成立于1987年，而现今的展览大楼在1990年开始正式启用。
澳门海事博物馆所采用的主题不但反映了澳门历史与大海之间的密切联系，还系统地阐述了中国和葡萄牙在海事方面的经历，说明了大海对人类及文化所具有的重要性。
博物馆的所在地是当年首批葡萄牙人登岸的地方。在这里，人们可静静地观赏河流及紫烟袅绕的妈阁庙，庙内供奉的娘妈女神是渔民信奉的保护神，而阿妈阁后来成为了澳门名字的起源。澳门与海一直都有紧密的联系，为了反映这种地理文化特色，博物馆展览大楼通过下列四种主题，介绍这一地区的主要海事活动：中国南部的捕鱼方法和传统渔船、科学技术和交通工具、葡国和中国的海事历史、水族馆。
博物馆的陈列大楼就建在当年首批葡萄牙人登岸的地方，博物馆外墙如一艘三桅船张开的帆，而它的玻璃窗则令人联想起一个又一个的瞭望台。昔日的一号码头已被列作博物馆的设施，并成为休闲场所，人们可在这偌大的广场浏览、观赏一下四周的风景，更可在水池玩摇控模型船。人们还可坐上模拟潜水器探深海的奥秘，或者登上一艘真正的帆船，在恬静的河上享受一次难忘的海港游。地下和一楼之间的阁楼陈列了12艘葡国传统船只的模型。在各模型之上有一小荧幕，透过画面可知悉各船的来源地及其用途，而且备有葡语、广东话及英语作为旁述。二楼的陈设把当年航海大发现的旅程重新展现在观众眼前，诉说着东西方的航海历史，位于博物馆顶楼的展品是与航海技术及交通工具有关的。博物馆还有两艘帆船停泊在码头内，每天在内港南湾一带行走。
博物馆内充满着大海的气息：售票处之下摆放着一缸色彩斑斓的金鱼，墙上一幅巨型瓷砖画是人手绘制的，刻画着各种罗盘方位标。馆内有一幅浮雕，刻有葡萄牙航海家到达的情形；还有数幅不朽作家的油画，此外还放置了多件由博物馆船舶模型工场按比例精心制作的模型船。
展区内设有四个水族箱，各代表着不同的水底世界，让人们观赏到各种鱼类。第一个馆是唯一的淡水馆，表示一条河床；第二个馆令人联想到一个海港的水；第三个馆是珊瑚礁；第四个馆则重组了一艘沉船所在的深海区的情形。