香港海防博物馆位于港岛筲箕湾，全馆面积约34 200平方米，是由具有百年历史的旧鲤鱼门炮台修建而成。
香港海防博物馆的前身旧鲤鱼门炮台，是一百多年前香港最具规模的防御工事，亦是1941年香港保卫战的一个重要战场。今天，炮台已改建为博物馆，保存和展示香港六百年的海防历史。
鲤鱼门地区控制维多利亚港东面入口，位居要冲。英军早在1844年便在水道南岸的西湾地区修筑兵营，但由于疫症流行，不少驻兵病死，该兵营遂被弃置。在其后的40年间，军部虽多次计划在鲤鱼门兴建炮台，但迟迟没有落实。
及至1885年，为防御法国及俄罗斯的威胁，英军乃决定在鲤鱼门水道南面的岬角修筑鲤鱼门炮台。堡垒是整个防卫体系的核心，由英国皇家工程兵设计和建造。他们首先从鲤鱼门岬角的最高点移走面积达7000平方米的泥土，然后建造18间地下室，辟作士兵营房、弹药库、炮弹装配室及煤仓等，最后再填回泥土，将堡垒完全隐闭起来。所有工程在1887年完成。
堡垒中央建有露天广场，供士兵集散之用。堡垒内配备两门六英寸后装“隐没式”大炮，四周并建有壕沟。英军另于堡垒附近修筑多座炮台，包括反向炮台、中央炮台、西炮台及渡口炮台，依山势由东至西分布于岬角上。各炮射程不一，可完全覆盖整个鲤鱼门水道。1890年，英军更在岬角海边建成布伦南鱼雷发射站，是当时世界上最具威力的水下武器。
可是，在随后的三十多年间，香港并没受到攻击，鲤鱼门的海防武器一直无用武之地。到了20世纪30年代，由于武器技术的改进以及其他新炮台相继落成，鲤鱼门炮台在香港海防上的重要性遂逐渐减退。
1941年12月8日，日军入侵香港。在占领新界及九龙后，英军即加强鲤鱼门的防卫，防止日军从对岸的魔鬼山渡海登陆。守军虽曾多次击退日军的偷袭，但由于双方实力悬殊，炮台最后于12月19日被攻陷。战后，炮台已失去防卫作用，但仍被英军用作训练基地，至1987年始全部撤走。
前市政局鉴于鲤鱼门炮台的历史价值及建筑特色，于1993年决定将之修复，并改建成一所以香港海防历史为主题的博物馆。整项计划耗资约3亿港元，由建筑署设计及兴建，其建筑设计曾于2000年荣获香港建筑师学会周年大奖银奖，其绿化效果获得“绿化都市显才华”银奖。
香港海防博物馆于2000年7月25日正式开放，展出了香港历史博物馆的精选藏品共400多件，另有20多件向国内及本港文博单位借展的珍贵文物，均与香港的海防历史有关。
香港海防博物馆为鲤鱼门炮台的历史揭开了新的一页。