这些理论和方法是实验科学产生的助产婆，有力地推动了科学技术的进步，对经验医学的形成和发展产生了重要影响。18世纪和19世纪的医学，基本上是遵循培根的唯物主义经验论前进的。实验科学的兴起对医学在研究方法上产生了重大的影响，医学家开始用当时的物理、化学、数学等科学知识作医学研究的工具，采用自然科学的新成就与实验的方法研究人体和医学问题。维萨里对人体的研究应用解剖观察描述与数据测量法；哈维创立血液循环理论采用的是动物实验与生物统计等方法；桑克陶瑞斯研究人体的新陈代谢使用了天平、温度计、脉搏计等新仪器；列文虎克等用显微镜打开了人类认识微观世界之门。实验方法大大地开拓了医学认识的领域，促进了医学的深入发展。不能完全解释人体各种生理、病理变化的医学学说受到人们的质疑，包括盖仑的“灵气学说”和“血液循环潮汐说”。同时，不同的医学学派如物理医学学派、化学医学派纷纷产生。16、17世纪实验医学体系的兴起作为一个里程碑，标志着世界医学的发展迈入了一个新的阶段。
3.机械论哲学思想对医学的影响
从亚里士多德时代开始，医学始终受到机械论和活力论哲学思想的影响。机械论者认为，所有的生命现象，都可以用物理的、化学的规律来解释。
活力论者主张，生命的真正实体是灵魂或“活力”。机械论和活力论之争到17世纪开始逐渐平息。机械论思想开始占统治地位并深入地影响着医学。
笛卡儿是医学机械论的奠基者。
笛卡儿认为，宇宙是一个巨大的机械系统，在其中，上帝是所有运动的“最初起因”。物质的基本特性是广延性、可分性和运动性。笛卡儿说，给我运动和广延，我就能构造出世界。按照笛卡儿的解释，人体本身也是另外一种“尘世间的机器”。人的灵魂控制着人体这部同样遵循着物理定律的机器。笛卡儿用机械术语描述人的生理功能，如把胃说成是磨，把心脏说成是“热机”等等。
1687年《自然哲学的数学原理》一书的问世，标志着牛顿经典力学理论体系的形成。它所取得的巨大成功，震撼了整个知识界。包括医学在内的各门自然科学都力图以力学的观点和规律，来解释和概括自己所研究的对象。正是如此，牛顿的经典力学思想甚至成为一种哲学意义上的认识论和方法论，在很长一段时间内，影响着医学家和其他科学家的思维方式。这种认识方法就是从机械力学的角度，以分门别类的、纵向的、静态的研究方式为特征的形而上学的认识方法。形而上学的认识方法对医学的影响可分为两个方面来看：一个方面是积极方面，另一个方面是消极方面。
16、17世纪包括医学在内的各门自然科学，以分门别类的方式，独立地、深入地、静态地进行研究。在科学发展处于需要向纵深拓展的早期，这种研究模式和思维方法的相对稳定和沿袭，是特定的历史条件下各门自然科学进一步发展的必要条件。同时，这种认识方法还同反对宗教神学、坚持唯物主义相联系，具有历史进步意义。
18世纪法国医生拉·美特里充分运用18世纪医学所取得的成就，从生理学、医学的角度阐述一系列唯物主义和无神论观点，详尽地论述了心灵对肉体、精神对物质的依赖关系，对宗教神学唯心主义展开批判，在当时的水平上唯物主义地解决了思维和存在这一哲学基本问题。机械论认识方法的局限性之一，就是它的机械性和片面性，它用力学定律来解释一切自然现象，用孤立、静止和片面的观点去看世界。近代医学受这种哲学的影响很深。
拉·美特里的名着《人是机器》是近代医学和机械唯物主义哲学相结合的产物，其中形而上学的思维方式表现得很充分。拉·美特里提到，胃脏、心脏、动脉和肌肉都是机械的伸缩，肺就像鼓风机一样机械地操作，膀胱、直肠等等的括约肌也是机械地发生作用。他甚至认为，人的理性的存在，是由于人比最完善的动物多了“几个齿轮”、“几个弹簧”，大脑和心脏的距离更为合适，脑部供血更为充足。总之，“人是一架会自己发动自己的机器，一架永动机的活生生的模型。体温推动它，食料支持它。”
那一时期人体的各种生理活动普遍被解释为机械运动。例如口腔和牙齿被解释为钳子，胃被看成曲颈瓶和碾子，心脏被视为发条，动脉、静脉是水压管，肌肉和骨骼则是由绳索和滑轮构成的力学系统等等。
爱因斯坦是一代科学巨匠，他冲决了牛顿物理学思想的束缚，他的思想是人类宝贵的精神财富。爱因斯坦主张将还原论扩展到生命研究领域。他认为生命现象可以归结为物理过程，物理学的定律也适用于生命领域。
爱因斯坦指出：“作为理论物理学结构基础的普遍定律，应当对任何自然现象都有效。有了它们，就有可能借助于单纯的演绎得出一切自然过程（包括生命）的描述……”。他甚至说：“相信心理现象以及它们之间的关系，最终也可以归结为神经系统中进行的物理过程和化学过程”。
爱因斯坦的这些具有代表性的观点中包含的机械论和还原论思想，一直对医学产生着极其重要的影响，而且这种影响还将持续下去。
4.黑格尔、马克思、恩格斯对生命本质的揭示
黑格尔、马克思和恩格斯的哲学思想是一座巨大的思想宝库，对当代医学的发展产生了重要的影响。这里简要介绍三位哲学家对生命本质的论述。
黑格尔的辩证法思想不仅是哲学史上的丰碑，而且对生命科学的产生和医学的发展也具有重要意义。黑格尔认为，生命现象是自然界发展过程中的高级阶段，具有同机械、物理、化学现象相区别的本质特征。黑格尔用辩证法的语言揭示生命的实质：生命是“对立面的再生过程”。恩格斯发挥了黑格尔的这一思想。
恩格斯说：“生命首先是在于：生物在每一瞬间是它自身，同时又是别的东西。所以，生命也是存在于物体和过程本身中的不断地自行产生并解决的矛盾；矛盾一停止，生命也就停止，死亡就到来”。恩格斯在黑格尔的基础上，对生命的本质特征做了进一步的阐扬：“有机生命不可能没有机械的、分子的、化学的、热的、电的等等变化”，“但这些次要形式的在场并没有把历次的主要形式的本质包括无遗”。
19世纪中叶，人类对生命的认识有了很大的进步，如人工合成尿素已经成功，生理学和生物化学的研究取得了许多进展。恩格斯概括和总结了当时自然科学的这些研究成果，深刻地提出了：“生命是蛋白体的存在方式”的哲学思想。一百多年过去了，生命科学成为当代科学的前沿。2003年岁末，科学家们在成功完成了人类基因组计划之后，宣布认识到要进一步探索生命的本质，必须开展人类蛋白质组学的研究。科学的发展，以令人信服的方式，证实了恩格斯对生命本质的论述是科学的远见卓识。
（三）科学思潮和人文思潮：认识科学和人文关系的哲学
1.科学主义思潮的兴起和特点
文艺复兴“人的发现”之后，科学和理性这两颗亮星升起在学术天空。
科学和理性在反对封建主义和宗教迷信的战役中威力毕现之后，又在科学技术的昌明、现代工业崛起的时代潮流中出演主角。因为，探求自然界的本质和规律必须诉诸人的理性认知能力。科学主义思潮的兴起具有了历史的必然。
19世纪末、20世纪初，发生了两件意义重大的科学事件：一是以爱因斯坦的相对论为标志的理论形态的物理学革命；二是以电力的应用和内燃机的使用为标志的技术形态的动力革命。科学技术对社会进步的巨大作用日益突出。一部分西方哲学家对这一社会现象予以概括，逐渐形成了科学主义思潮。孔德、马赫等哲学家提出，哲学的任务是解释科学，哲学可以归结为科学的认识论。20世纪20年代到50年代，被称之为“分析哲学”的逻辑实证主义和语言分析哲学兴起。分析哲学家罗素、维特根斯坦、石里克、卡尔那普等人将哲学的使命界定为是对科学的语言做逻辑分析。50年代以后，波普的批判理性主义、库恩、拉卡托斯历史主义的科学哲学受到学术界的重视。80年代之后，解释学、后结构主义等思潮广为流行。
科学主义思潮流派纷呈，学说繁杂，但其基本特点是推崇自然科学，主张哲学应效仿自然科学，放弃或拒斥传统的“形而上学”的研究；以科学发展中和科学自身内的哲学问题作为研究对象，以分析方法作为主要手段，致力于对具体科学知识的综合或逻辑、语言的分析，强调人的认识能力只能停留在实证的范围内。哲学由此成为对科学进行分析的认识论和方法论。科学主义思潮的主要代表人物或是具有科学素养的哲学家，或是具有哲学思想的科学家，如罗素、维特根斯坦、波普尔等，因而对科学界有较大的影响。
2.科学主义思潮对医学的影响
由于科学哲学与自然科学的关系密切，因此，科学哲学的认识方法对医学的影响很大。如科学哲学中的分析哲学流派和逻辑实证主义都十分强调还原方法，要求在科学和哲学研究中把研究对象还原为最小单位并在逻辑上加以证实。20世纪以来，生物医学的基本指导思想就是还原论，基本方法就是还原方法。还原论和还原方法对医学发展发挥着重要的作用。但同时远离人文的倾向产生的消极影响不可低估。
从19世纪开始，显微镜、温度计、X线、听诊器、心电图仪、CT、核磁共振等医学仪器成为医学的诊断和治疗不可缺少的基本条件，其显着效绩有目共睹。医学技术的冷峻和客观渐渐替代了原本与医学溶为一体的亲情和仁爱。这种倾向一开始就引起了警觉。19世纪的欧洲，兴起过“视病人为人”的运动。维也纳医学教授诺瑟格尔认为：医学治疗的是有病的人而不是病。美国霍普金斯大学医学教授鲁宾森在其着作The Patient as a Person中告诫医学界不能以“科学的满足”取代“人类的满足”，要求医生“把病人作一个整体来治疗”。乔治亚医学教授休斯顿认为是否尊重患者的心理感受，是“医生区别于兽医之所在”。
20世纪，医学技术在医学中的作用继续强化，远离人文的倾向有增无减。学术界批评蜂起，但收效甚微。
3.人本主义思潮的兴起和特点
黑格尔之后，一部分哲学家力图突破传统的存在、理性、逻辑的框架，把对万物之存在的研究转变为对人之存在问题的探求。同时，两次世界大战血腥与残酷的现实、高科技含量的核武器和疯狂军备竞赛可能带来的灾难，引起了人们对科学主义危险性的警惕，深深地激起了一些哲学家们的反思。
我国思想界把这一脉思想归约为人本主义。20世纪50年代之前，由叔本华的生命意志哲学、尼采的强权意志论和柏格森的生命哲学所形成的人文主义思潮，以振聋发聩的气势有力地冲击着思想界。胡塞尔的现象学和海德格尔、雅斯贝尔斯、萨特等存在主义哲学，更是将人文主义的影响推向高潮。
人本主义哲学家和思想家们并不否认科学及其方法的真理性。人本主义心理学家马斯洛说：“对于我来说是很明确的，科学方法（从广义上说的）是使我们能够确实掌握着真理的唯一终极的方法”。人本主义哲学家批评的是科学主义。马斯洛的论述代表了当时文化界相当一部分人士的意见：“科学已经走进了一条死胡同，而且科学（在一些形式中）可以看成一种对人类的威胁和危险，至少是对于人类最高的和极好的品质和抱负来说是如此。许多敏感的人们，尤其是艺术家，都担心科学的践踏和压抑”。不仅如此，科学主义作为一种认知方式的弊端也受到人们的批评：“科学在撕裂事物而不是在整合它们，从而，科学是在绞死而不是在创造事物”。
人本主义思潮以人和社会问题作为哲学的研究对象，关注人的生存、人的自由、人的本质、人的价值等问题，关注生存环境、社会环境、社会危机等社会问题。
4.人本主义思潮对医学的影响
人本主义思潮的影响远远超越了学术界，它的冲击波及全社会的整个文化层。医学作为研究人的科学，必然受到人本主义哲学思潮的冲击。人文主义思潮关注人的基本生活，正如马斯洛所说：“它帮助人形成生活方式，这不仅仅是人自身内部隐秘的精神生活方式，而且也是他作为社会存在、社会一员的生活方式。”
20世纪以来，在人本主义思潮的影响下，医学人文精神不断升温，医学观念、医学理论、医学教育乃至应用医学都折射出人本主义思潮的基本理念。医学观念方面如生物-心理-社会医学模式的提出和广泛地被接受，安乐死、临终关怀、医学目的等医学人文观念的广泛传播；医学理论方面如人本主义心理学派的形成、生命伦理学的崛起、人文医学的迅速发展；医学教育方面如人文医学的理论教学在师资科研队伍、教材体系等方面均获得了突破性的进展。应用医学方面如以病人为中心、病人选择医生的广泛实施，知情同意等病人权利在法律上的明确定位、整体护理模式的发展等，都有人本主义哲学影响的文化背景。