荞麦花朵开放后，花药开裂散出花粉粒落在柱头上意味着授粉。不同类型的荞麦具有不同的花器构造，显示出荞麦中具有不同的授粉方式。
（1）甜荞的授粉。甜荞的花器表现为花器大，颜色鲜艳，蜜腺发达，并伴有蜜汁分泌，花粉管多，花柱异长，有利于虫媒和风媒传粉。甜荞有两种花型，一种花柱长于雄蕊，一种花柱短于雄蕊，这些特征决定了甜荞的授粉方式为异花授粉。有关研究证实，甜荞的授粉是在不同的结构花植株间进行的。
一般来说，在同一朵花内，同一植株不同花间授粉难以完成，花粉的萌发率和受精率都很低。有人把长雄蕊花和长花柱（或者短雄蕊花和短花柱花）叫做同型花，它们之间的传粉称做同型授粉或正常授粉。长雄蕊花和短花柱花（或者短雄蕊花和长花柱花）叫做异型花，它们之间的传粉称做异型授粉或不正常授粉。
（2）苦荞的授粉。苦荞的花器构成特征与甜荞不同，雄蕊和柱头长度大概相等。花被颜色表现为绿白，蜜腺退化，其自交结实率相对较高。苦荞只有一种花型，但虫媒和风媒可以辅助其授粉，仍是提高其结实率的主要方式。