荞麦是一种需肥较多的作物。要获得高产，必须供给充足的肥料。根据研究，每生产100千克荞麦籽粒，需要从土壤中吸收纯氮4.01～4.06千克，磷1.66～2.22千克，钾5.21～8.18千克，吸收比例为1∶（0.41～0.45）∶（1.3～2.02）。荞麦吸收氮、磷、钾的比例和数量与土壤质地、栽培条件、气候特点及收获时间都有关系，但对于干旱瘠薄地和高寒山地，增施肥料，特别是增施氮、磷、钾肥是荞麦丰产的基础。
田间施肥应以基肥为主，种肥为辅，追肥为补；以有机肥为主，无机肥为辅为原则。施肥量应根据地力基础、产量指标、肥料质量、种植密度、栽种品种和当地气候特点科学掌握。
（1）基肥。基肥是荞麦播种之前，结合耕作整地施入土壤深层的肥料，也称底肥。充足的优质基肥，是荞麦高产的基础。基肥一般以有机肥为主，也可配合施用无机肥。基肥是荞麦的主要肥料，一般应占总施肥量的50％～60％。
我国荞麦生产常用的有机肥有粪肥、厩肥和土杂肥。粪肥以人粪尿为主，是一种养分比较完全的有机肥，是基肥的主要来源，易分解、肥效快，当年增产效果比厩肥、土杂肥好。荞麦田基肥采用秋施、早春施和播前施。秋施在前作收获后，结合秋耕施基肥，它可以促进肥料熟化分解，能蓄水、培肥，高产效果最好。荞麦多种植在边远的高寒山区和旱薄地上，或作为填闲作物种植，农家有机肥一般满足不了荞麦基肥的需要。科学实验和生产实践表明，若结合一些无机肥作基肥，对提高荞麦产量大有好处。
目前用作基肥的无机肥有过磷酸钙、钙镁磷肥、磷酸二胺、硝酸铵、尿素和磷酸氢钙。过磷酸钙、钙镁磷肥作基肥最好与有机肥混合沤制后施用。磷酸二铵、硝酸铰、尿素和磷酸氢钙作基肥可结合秋深耕或早春耕作时施用，也可在播前深施，以提高肥料利用率。
（2）追肥。荞麦在不同生育阶段，对营养元素的吸收积累也不同。现蕾开花后，需要大量的营养元素，此时补充一定数量的营养元素，对荞麦茎叶的生长、花蕾的分化发育、籽粒的形成具有重要的意义。追肥时应视地力和苗情而定。地力差，基肥、种肥不足，出苗后20～25天，封垄前必须补进追肥。苗情长势健壮的可追或不追，弱苗应早追苗肥。追肥一般宜用尿素等速效氮肥，用量不宜多，每亩以5～8千克为宜。无灌溉条件的地方追肥要选择在阴雨天气进行。此外，在有条件的地方，用硼、锰、锌、钼、铜等微量元素肥料作根外追肥，也有增产效果。
（3）种肥。种肥是播种时将肥料施于种子周围的一项措施，采用播前以肥拌籽，播种时溜肥或结合“种子包衣”等进行。种肥能弥补基肥的不足，以满足荞麦生育初期对养分的需要，并能促进根系发展。传统的种肥是粪肥，这是适应肥料不足而采取的一种集中施肥法。随着荞麦科研的发展，用无机肥料作种肥已成为荞麦高产的主要技术措施。
常用作种肥的无机肥料有过磷酸钙、钙镁磷肥、磷酸二铵、硝酸氨和尿素等。过磷酸钙、钙镁磷肥或磷酸二胺作种肥，一般是与荞麦种子搅拌混合使用；硝酸铵和尿素作种肥一般不能与种子直接接触，否则易“烧苗”，故用这些化肥作种肥时，要远离种子。