大部分荞麦的茎直立，有些多年生野生种的茎部分枝呈匍匐状。表面光滑无毛或具细绒毛，圆形多汁，稍有棱角，幼嫩时实心，成熟时呈空腔。茎粗一般0.4～0.6厘米，茎高60～150厘米，最高可达300厘米。茎节处略显弯曲，向阳面多呈红色，背面呈棕绿色，成熟时变成褐色，茎节膨大而有茸毛。叶腋处着生新芽发育后长出第一分枝，在第一分枝的叶腋处又长出第二分枝，荞麦的茎在良好的栽培条件下，还可以在第二分枝上长出第三分枝。节数因种或品种而不同，为10～30个不等。茎有绿色、紫红色或红色。茎可形成分枝，因种、品种、生长环境、营养状况而数量不等，通常为2～10个。多年生种有肥大的球块状或根茎状的茎。
