荞麦的根为直系根,由主根、侧根和根毛组成。主根入土深度为30~50厘米。根系扩展较其他作物为弱,在茎的基部或者匍匐于地面的茎上也可产生不定根。尽管荞麦根系较不发达,但吸肥能力很强,特别是对磷、钾的吸收,因此很适于在新垦地和瘠薄地栽培。