（1）根。南瓜的根系在瓜类中是最强大的，包括主根、侧根、根毛三部分。南瓜根可分出三级以上侧根，形成强大的根群，但主要根群分布在10～40厘米的耕层中。南瓜在播种后25～30天侧根分布的半径可达85～135厘米，播种后42天直根深达75厘米。在地表以下45厘米的范围内，许多侧根向水平方向伸展，其长可达40～75厘米。正是由于南瓜具有如此强大的根系支撑，植株长势旺，抗病能力强，吸水吸肥能力都很强，所以它对土壤要求不是很严格，在旱田或贫瘠的土壤中均能正常生长发育，但在沙壤土或壤土生长最适宜，可以得到优质产品。如果在含水量高的土壤中栽培时，果实含糖量会有所下降。
（2）茎。南瓜的茎有蔓生和矮生。大部分品种为蔓生，其主蔓具有很强的分枝性，分化许多侧枝，一般蔓长3～5米，长的可达7～10米。南瓜的匍匐茎节上易产生不定根，起固定枝蔓和辅助吸收水分的作用，在生产上可以利用这一特性，在栽培时采取压蔓方法，使南瓜根系吸收范围扩大。
由于南瓜分枝性较强，栽培中需依据品种和栽培目的对南瓜进行整蔓摘心，除早熟品种在第7～8节结果外，一般都在主蔓上第16～18节开始着生第1个果，晚熟品种大都在20节以上开始着生第1个果，但由于主蔓生长过旺，第1个果不容易坐住；侧蔓多在第7～8节就能着生第1个果。
（3）叶。叶互生，叶柄细长而中空。叶片形状因品种不同而有很大不同，有掌状、五角等形状。叶面有柔毛，粗糙。沿着叶脉有白斑，白斑多少、大小及叶色浓淡因品种而异。叶腋处着生雌花、雄花、侧枝及卷须。
（4）花。南瓜的花型较大，雌雄同株异花，花色鲜黄色或黄色。雌花子房下位，从子房的形态可以判断以后的瓜形。雄花比雌花数量多，出现早。
南瓜的果实是由花托和子房发育而成的。南瓜花在夜间开始开放，凌晨四五点钟盛开。短日照和较大昼夜温差，有利于雌花着生，降低节位，主茎上部侧蔓雌花着生节位低。
（5）果实。南瓜果实形状有扁圆、圆筒、梨形、瓢形、纺锤形等。瓜皮颜色因品种而异，底色多为绿、灰或粉白色，间有浅灰、橘红斑纹或条纹。果实分外果皮、内果皮、胎座三部分，子房下位。
（6）种子。种子形状扁平，边缘肥厚，颜色多为白色、淡黄色、淡褐色或黄褐色。千粒重125～300克。种子寿命5～6年。