施用基肥的目的是为了满足南瓜整个生长期对养分的需求。基肥以有机肥为主，常用的基肥有：厩肥、堆肥或绿肥等，一般占总施肥量的1/3～1/2，每亩生产施用有机肥3000～4000千克，磷、钾肥全部或大部分作基肥，并与有机肥混合一起施入土层中，在有机肥不足的情况下，每亩补施氮、磷、钾复合肥15～20千克。
基肥的施用方法有两种：撒施和集中施用。撒施一般结合深耕来进行，即均匀撒施有机肥或复合肥后，均匀翻耙2次，使肥料与土壤混合均匀。在肥料较少时，一般采用开沟集中条施，将肥料施在播种行内。
