南瓜的肥水管理要根据植株的生育阶段、土壤肥力和植株长势的情况进行。缓苗后，如果苗势较弱，叶色发黄，可结合浇水进行追肥，追肥可用1∶（3～4）的淡粪水，即1份人粪尿加3～4份水，每亩用量为250～300千克，追施发棵肥。如果肥力足而土壤干旱，也可只浇水而不追肥。在南瓜定植后到伸蔓前的阶段，如果墒情好，尽量不要灌水，应抓紧中耕，促进根系发育，以利于壮秧。在开花坐果前，主要防止茎、叶徒长和生长过旺，以免影响开花坐果。当植株进入生长中期，坐住1～2个幼瓜时，应在封行前重施追肥，以供应充足的养分，一般每亩追施1∶2的粪水1000～1500千克。其方法是在根的周围开一环形沟，或用土做一环形圈，然后施入人、畜粪和堆肥，再盖上泥土。这次追肥对促进南瓜果实的迅速膨大和多结瓜有重要意义，必须及时进行。这个时期如果无雨，应及时浇水，并结合追施化肥，每次每亩施用硫酸铵10～15千克或尿素7～10千克，或复合肥15～20千克。在果实开始收获时追施化肥，可以防止植株早衰，增加后期产量。如果不收嫩瓜，而是采收老瓜，后期一般不必追肥。
经验表明，南瓜喜有机肥料，在施用化肥时要力求氮、磷、钾配合施用。在一定的氮、钾肥基础上，增施磷肥可提高南瓜的坐果数，并可促进果实的发育和产量的提高。施肥量还应按南瓜植株的发育情况和土壤肥力情况来决定，如瓜蔓的生长点部位粗壮上翘、叶色深绿时，不宜施肥；否则，会引起徒长、化瓜。如果叶色淡绿或叶片发黄，则应及时追肥。
南瓜的水分管理要根据土壤肥力、瓜苗的长势及不同生育期灵活掌握。定植至伸蔓期，如苗势弱、叶淡、泛黄，可适当浇水，结合浇水施1～2次稀粪水，以促进发棵。如土壤肥沃，则只浇水不施肥。南瓜伸蔓期前，如果墒情好，应少浇水，促进发根，以利于壮秧。开花坐果前，主要应防止茎叶徒长和生长过旺，以免影响开花坐果。当植株进入生长盛期并坐1～2个瓜后，应在封行前结合追肥浇水。一般来讲，南瓜对土壤湿度要求不高，生长前期结合追肥浇1～2次水即可，生长中后期可以不必灌溉。在多雨季节，要注意及时排涝。