1368年正月，明太祖朱元璋正式建立朱明王朝。次年，明开国大将徐达进军宁夏，至洪武三年（1370年）四月，消灭了残元在宁夏的最后一股力量，基本控制了宁夏地区。但从明初开始，明朝一直面临着两大边患。一是残元（史称“北元”）在北方的兵力仍然很强大，“元人北归，屡谋兴复”，经常南下扰掠，主要有鞑靼、瓦剌两支。鞑靼是东部成吉思汗后裔各部的总称，瓦剌为西部蒙古各部的总称。自洪武以来，鞑靼与瓦剌相交迭出，与明朝抗衡，可谓这两股势力伴随着明朝的始与终。二是女真的兴起，威逼着明朝的东北边防。
宁夏地近蒙古，是明朝防御鞑靼、瓦剌的边防要地。鞑靼、瓦剌对明朝的扰掠和威胁，也自然以宁夏为首冲要地。
面对鞑靼、瓦剌势力，明朝先后采取了不同的防御战略。
开国之初制造北部无人区。明初，因鞑靼、瓦剌势力强大，明军暂无力据守宁夏，故在洪武三年至五年（1370～1372年），把宁夏北部居民迁往西安一带，造成北部无人区，以为防御地带。四五年后，随着明军军事力量的加强，宁夏北部人口才得以陆续回迁。
明洪武五年（1372年）以后，明朝主要是采取建立军镇、卫所、堡寨、烽堠等军事指挥体系来加强对鞑靼、瓦剌的防御。
明初占据宁夏时一度设过宁夏府，后因成为无人区于洪武五年废弃。洪武九年（1376年）首设宁夏卫，归陕西都司管辖。洪武十七年（1384年）在宁夏城内设宁夏前卫。洪武二十五年（1392年）又在宁夏城内分置宁夏左屯卫、宁夏右屯卫。至洪武二十八年（1395年），罢宁夏卫及宁夏左屯卫、宁夏右屯卫，由庆王朱栴统理庆阳、宁夏、延安、绥德诸卫的军务。
建文四年（1402年）后，面对鞑靼、瓦剌的威胁，明朝在东起鸭绿江，西抵嘉峪关的万里防线上，先后建起了辽东、宣府、大同、延绥（榆林）、宁夏、甘肃、蓟州、偏关（太原）及固原9个军事重镇，总称“九边”。在九边重镇中，宁夏地区就占有2镇。宁夏镇近临瓦剌各部，直接遭受强敌的威胁。固原镇为关中门户，地处延绥、宁夏、甘肃三镇之中，军事地理位置十分重要。这3个镇在九边中也称“西三边”。因固原镇在“西三边”的特殊位置，至成化十年（1474年），朝廷始设三边总制，驻节固原，统一指挥延绥、宁夏、甘肃、固原四镇的军事行动，四大军镇的总兵、巡抚均受制于三边总制。嘉靖十八年（1539年）改三边总制为三边总督，移驻花马池。
自设宁夏镇后，又先后恢复了宁夏城内左屯卫、右屯卫、宁夏卫，并在宁夏镇周围新置宁夏前卫、宁夏中屯卫，宁夏总镇共辖以上5卫，其辖地又分南路邵刚堡、北路平虏城、中路灵州、西路中卫、东路后卫（今盐池）。合计7卫3路，每卫各有5个千户所。另加灵州、兴武营2个守御千户所及宁夏群牧千户所（今同心韦州），共有38个千户所。固原镇辖平虏千户所（今同心预旺）、镇戎千户所（今固原市原州区八营）、西安州千户所（今海原西安镇）及甘州群牧千户所（肃王牧地）。
镇—卫—所—堡寨—烽堠是明代自上而下防御敌兵的最为完美的军事指挥机构和防御体系，而长城则是维护这种防御体系的军事骨干工程。
明朝对边境上构筑的防御工程多称“长城”“边墙”。此外还有很多叫法，如“城垣”“石垣”“塞垣”“边隘”“边垣”“边城”“边壕”“墙堑”“墙沟”“沟堑”“深沟高垒”“扼塞”“藩篱”“版筑”“修边”“筑墙”“大边”“小边”“土边”“壕堤”“长堤”“百堵”，等等。
为了抵御外患，从洪武元年（1368年）开始，明代历朝都非常重视对古长城的利用、维修和新边墙的构筑。明代各朝几乎都修筑过长城。明代修筑长城大多是在前代古长城的基础上进行选择利用，修缮增补，连缀改建。在甘肃、宁夏的河西地区，主要修补利用了河西走廊、卫宁北山、贺兰山一线的汉代长城；在宁夏河东、陕西北部的河套地区，主要修补利用了北魏、隋代所使用过的长城；在山西、河北、北京西北、东北一线，主要利用了北魏、北齐、北周、隋代所使用过的长城；在宁夏固原、甘肃陇西地区，主要修补利用了战国时秦国使用过的长城。
明代在古长城的始基上，再对其补筑、增筑、连缀，构成了保卫明朝东北、西北边防和京畿重地的长城防线。当然，明代也有自己新建的长城。经过接续不断的修筑，终于构筑成了东起今辽宁鸭绿江，西到甘肃嘉峪关的万里长城。
明代的万里长城，分地守御，分别由九边诸镇守御，因此又称九边长城，即指辽东、蓟州、宣府、大同、太原、延绥、宁夏、固原、甘肃诸镇管辖的长城。
辽东镇长城这道长城东自今辽宁省丹东市宽甸县虎山南麓鸭绿江边，斜穿辽宁境，西至河北省山海关北吾名口，长约2000里。镇治初在广宁卫（今辽宁北镇县），后移治东宁卫（今辽宁辽阳市）。此即通常所说的东起鸭绿江边，西至山海关的长城。
蓟州镇长城这道长城东自今河北省山海关北吾名口，西至北京延庆县居庸关东北，长约1200里。镇治在三屯营（今天津蓟县三屯营镇）。此即通常所说的东自山海关，西至居庸关的长城。
宣府镇长城这道长城指东从今北京市延庆区居庸关东北，经赤城、崇礼、张家口、万全、怀安而进入山西大同市天镇县东北镇口台之外边长城，长约1100里。镇治在宣府卫（今河北省宣化市）。此即通常所说的东自居庸关，西至大同平远堡的长城。
大同镇长城这道长城指东自今山西大同市天镇县东北镇口台，经大同市的天镇、阳高、新荣、破鲁、左云、右玉，西到山西河曲偏关东北内蒙古清水河县鸭角山的山西外边长城，长约670里。镇治在大同府（今山西大同市）。此即通常所说的东自宣府镇西阳河堡宽沟，西至山西偏关鸭角山的长城。
太原镇长城亦称山西镇长城。其北境长城东自蓟州镇之内长城，西至山西镇老牛湾，即东从蓟州镇经河北易县、涞源、阜平进入大同市的内长城起，西经平型关、雁门关、宁武关、老营堡、偏关、河曲旧县城，抵达今山西河曲黄河东岸；其东境长城自宁武、雁门，又南入龙泉、固关至今山西和顺县的黄榆岭。太原镇长城全长近1600里，镇治初在偏头关（今山西偏关县），后移宁武所（今山西宁武县）。
延绥镇长城亦称榆林镇长城。这道长城东自山西镇偏关县黄河老牛湾，西至宁夏镇花马池。延绥镇长城由大边、二边构成：其大边长城东从今内蒙古清水县的清水营，西至宁夏盐池县城；二边长城东自今陕西府谷县黄甫乡黄甫川堡，西至陕西定边县与大边长城相接。延绥镇长城约1300里，镇治初在绥德州（今陕西绥德县），后移治榆林卫（今陕西榆林县）。
宁夏镇长城东起宁夏河东花马池，西至河外芦沟堡，即东起今宁夏盐池县城北，西至今甘肃景泰县芦阳镇。这道长城由今宁夏河东长城、贺兰山长城、卫宁北山长城、墩台与甘肃景泰县长城依次连接而成，长约1200里。镇治在宁夏卫（今宁夏银川市）。
固原镇长城东起延绥镇饶阳堡西界，西达兰州、临洮。这道长城东自今陕西定边县姬塬乡辽阳村饶阳堡，西达甘肃景泰县、兰州、临洮，与甘肃镇长城相接，长约1000里。镇治在今宁夏固原市原州区。
甘肃镇长城东自固原镇河外长城界，西至甘肃镇嘉峪关。这道长城东南起自今甘肃兰州黄河北岸沙井驿与固原镇安宁堡分界处，西北抵嘉峪关南祁连山，长约1600里。镇治在今甘肃张掖市。
追溯明代“九边”源流，各边长城的主体框架绝大部分是以前代古长城为始基，是在前朝遗存下来的长城基础或墙体上根据保存状况和需要，有选择地加高、加厚、增补、修缮、改筑而成。
在明代宁夏镇、固原镇管辖的长城中，一类是明代在今宁夏境内修补利用的明以前的存世古长城；另一类是明代根据自己的边防形势重新构筑的新长城。明朝对西北边防长城的修筑大致经历了四个阶段。
第一阶段，洪武初年，明朝的西北边防线在阴山、贺兰山一带。明朝利用存世的旧长城固守边防。明朝在今宁夏、内蒙古、陕北的河套地区，其边防驻军屯守北河古长城一线。在河西地区，其边防驻军屯守贺兰山、卫宁北山、河西走廊古长城一线。
第二阶段，永乐初年，明朝因“残胡远遁，始将守备军马移入延绥，弃河不守”。当时，明朝利用宁夏河东、陕北一带存世的战国秦“拒胡”长城，秦皇“并河以东”段陶乐沿河长城的旧基、墩台、城障驻军守哨。
第三阶段，从正统二年（1437年）开始，明朝在宁夏修复利用存世的旧长城。正统元年（1436年）九月，宁夏总兵官都督同知史昭奏请“来春”在宁夏“花马池筑立哨马营，增设烟墩”。成化二年（1466年）十一月，明朝整饬边备，兵部尚书奉命整饬延绥、宁夏、甘肃一带边备。后又认为边防屯军利用的战国秦“拒胡”长城等遗迹“墩台空远”，“临边无有屏障，止凭墩台城堡以为守备”还是不行。故奏请朝廷同意，在“沿边一带墩台空远者，各添设墩台一座，共三十四座。随其形势，以为沟墙”。所谓“随其形势，以为沟墙”，就是因地制宜，连接修补墩台之间的古代残存长城，以筑成明朝自己的边墙。成化三年（1467年）十二月，历时一年的长城修补完工。此为明朝全面修补宁夏古长城之始。成化七年（1471年）以后，巡抚延绥右副都御史余子俊等人对遗存于今陕北、宁夏境内的旧长城进行了第二次大规模修补连缀。明朝在前代古长城，即“旧界石”的基础上，“依山形，随地势，或铲削，或垒筑，或挑堑，绵引相接，以成边墙”。成化年间是明朝修补利用古长城的高峰。
第四阶段，从弘治元年（1488年）前后开始，明朝在一些地区边防后退，开始摒弃先前屯守的古长城，另筑新边墙。明朝中后期，国力削弱，以前固守的古长城“多因极边地方，供饷不便，军多逃散，兵力寡弱，遂行废弃”了一些地段的长城，将边防向内收缩，另行构筑新边墙。如嘉靖九年（1530年）王琼摒弃了贺兰山北段镇远关一线的汉长城故线，后退60余里，另筑了平罗新墙；嘉靖十年（1531年），王琼又摒弃了今盐池柳杨堡一线的长城故线，后退二三十里，另外构筑了河东新墙（即深沟高垒）。弘治十八年（1505年），杨一清等人在宁夏南部构筑了固原内边，作为第二道防线。由于边防后退，致使明朝疆域越来越小，边防形势日益恶化。