对于上述新占领区的控制，似乎并未引起明朝足够的重视，表现在宁夏的驻军数量不大，也没有重要的将领镇守。《明实录》有这样一条记录，谓“赏平凉、庆阳军士白金五万九千六百余两；赏宁夏军士白金一万三千七百余两”《明太祖实录》卷五〇，洪武三年三月，第0983页。，此时沈儿峪口决战尚未进行，深入宁夏追击扩廓的行动更无从谈起，所以这次受赏的军士并非徐达所部的征讨军，而是前一年（洪武二年，1369）留下的屯戍军。进而推知，早在洪武二年张良臣失败后，应该在宁夏府路境内保持了一定数量的明军驻扎，但总量不大，约有3000余人此处提出的宁夏驻军数量基于这样一种估计，即以朝廷赏赐军士的金钱数来进行大致的推定。据《明太祖实录》卷五八，洪武三年十一月在《赏陕西兰州等处守御军士诏》中宣布的犒赏原则为兰州“总旗人赏白金十两、小旗九两五钱、军人九两”；凤翔“总旗人赏白金九两、小旗八两五钱、军人八两”；临洮“总旗人赏白金八两、小旗七两五钱、军人七两”；巩昌“赏与临洮同”；延安绥德“总旗人赏白金五两、小旗四两、军人三两”。根据这一规定，普通军士所获得赏金在3~9两之间，它应该是洪武三年的通行标准。回过头来看当年三月赏赐宁夏驻军白金数为13700两，那么，可能的驻军数似应分布在1522~4566之间，取其平均数3044。，分布在黄河以南的原宁夏府路境内（宁夏府的主体尚在元军控制之中）。甚至在扩廓帖木儿出逃塞北后，宁夏明军的数量也不见得有很大的提升，毕竟当时在这里并没有高级别的重要将领镇守，反映出宁夏受到的威胁不大，也表现出明朝并不急于将宁夏作为发动进一步战争的战略基地。
随着张良臣庆阳战役的失败，黄河以南明军逐渐取得主动，为了遏制形势进一步恶化，扩廓帖木儿趁徐达军队南撤的有利时机，于洪武二年年底率军渡河围攻兰州。明军在新征服区的形势骤然紧张，洪武三年年初，朱元璋下诏分路攻讨元朝残余——盘踞东北的元廷中央和在西北大肆活动的扩廓帖木儿。在军力和将领的分配上，朱元璋明显侧重于西路徐达军，把冯胜、邓愈、汤和全数配备徐达麾下。朱元璋的意图非常明确，就是以西路军的进攻彻底消灭扩廓帖木儿。四月，徐达明军与扩廓帖木儿元军在沈儿峪口据《读史方舆纪要》卷五九“安定县·车道岘”条云“又有沈儿峪在其南。明初徐达败王保保于此”。可知沈儿峪口在今甘肃省定西县西北车道岭以南。激战。此战扩廓大败，全军覆没，包括诸王、国公、平章在内的1865名官员、84500多名军人、战马15280匹都作了明军的俘虏。而“保保仅与其妻子数人从古城北遁去，至黄河得流木以渡，遂由宁夏奔和林。达遣都督郭英追至宁夏，不及而还”《明太祖实录》卷五一，洪武三年四月，第1004页。今甘肃省榆中县城东北有地名东古城者处于原苑川河谷之中，则扩廓北逃可能沿此路而行。
与陕北和东胜方面相比，明朝此时在宁夏的经略要缓慢得多，毕竟宁夏以西的整个河西走廊还处在元朝诸王的直接统治之下。在这种未遑经略的节骨眼儿上，小规模袭扰的产生是不可避免的。《明实录》记有洪武三年八月“胡军火尚失兰歹等至大盐池，杀守御官齐拜舍等。庆阳千户孟德率兵击败之，获其参政梁咬住等”《明太祖实录》卷五五，洪武三年八月，第1085页。即是一例。虽然如此，从年底户部要求在察罕脑儿的大小盐池开办盐政的请求从侧面证明了少数小规模的战乱已经难以动摇明朝对宁夏以至鄂尔多斯的占领了。
从洪武三年年中到洪武五年（1372）明朝北伐失败的这一段时间，宁夏成了北方降人的居住地和明朝以怀柔策略影响北元的榜样。对于北方降人沿边散布居住的问题，明朝君臣们曾经进行过讨论。
中书省臣言：西北诸虏归附者不宜处边。盖夷狄之情无常，方其势穷力屈，不得已而来归。及其安养闲暇，无不观望於其间，恐一旦反侧，边镇不能制也。宜迁之内地，庶无后患。上曰：凡治胡虏当顺其性，胡人所居习于苦寒。今迁之内地，必驱而南，去寒凉而即炎热，失其本性，反易为乱。不若顺而抚之，使其归就边地，择水草孳牧。彼得遂其生，自然安矣。《明太祖实录》卷五九，洪武三年十二月，第1147页。
权衡利弊的结果是明朝仍然维持这一就地安置的政策。洪武四年北方边境相对较为平静，这一年出现了元人归降和明朝招降活动的一个小高潮。当年闰三月“戊寅，命故元降臣脱列伯齑诏往甘肃塔滩［《校勘记》：各本均作塔摊。按卷六十五第三页作塔滩］等处，谕元臣宝咱王”《明太祖实录》卷六三，洪武四年闰三月，第1207页。之后，到下半年，有两次重要的归降：
一是七月“戊辰，故元詹事院副使南木哥、詹事丞朵儿只自河西率兵民二千余人来降”《明太祖实录》卷六七，洪武四年七月，第1258页。
二是同月“壬申，故元甘肃行省平章阿寒柏等至京师。先是，阿寒柏等率所部官属兵民来降。陕西守臣以闻，诏阿寒柏与其官属四十四人来朝，其兵民留居宁夏。至是，上命中书赐阿寒柏及知院满荅剌、廉访使纳速尔丁人衣一袭，绮帛八匹，米五石，钱五千。其左丞观音奴［《校勘记》：中本左作右。抱本官作观，作观是也］等四十一人赐绮帛钱米有差”《明太祖实录》卷六七，洪武四年七月，第1259页。“八月辛巳朔，赐故元平章阿寒柏、知院满荅剌、廉访使纳速尔丁等四十四人罗衣有差。寻又赐以冠带。”《明太祖实录》卷六七，洪武四年八月，第1262页。这两次归降的特点是：规模较大（两千人）、级别较高（甘肃行省平章），因此朝廷也非常重视。文中的“河西”指黄河以西包括宁夏、河西走廊在内的广大地区。我们可以较为笼统地把这两次归降均当作宁夏边外元朝旧臣的投降，需要注意的是来降的基本部众都被安排在宁夏境内，加上宁夏府路本身的军民人口，则归降者的人数极有可能超过了明朝驻军的数量。
2.洪武三年的察罕脑儿征伐
元代有两处著名的察罕脑儿日本学者和田清在其《明代蒙古史研究》中也多次涉及这一地名，如第205页“察罕恼剌（Chaghan Naghur），如果不是附近的杜勒泊或活育儿大泊的别名，便是《大清一统志》（卷四百八之一）《乌喇忒部·山川》条所说的‘插汉泉，在旗西北五十五里’的插汉泉。这里大体是古时的五原、受降城、天德军等的地域，可能就是元代的德宁路故地，是该方面的重要地点。”同页注释又云“又黄河畔察罕恼儿这个名字，散见于元、明的史乘里。《实录》永乐十年春正月丙午、秋七月辛卯、正统元年九月乙巳条等的记述，几乎足以推定它的位置，可能是今宁夏东边不远的地方，和察罕恼剌不同。穆泥乌拉岭的乌拉（Aghula）是山的意思；察罕恼剌的恼剌（Naghur）是湖沼的意思。插汉泉的‘泉’，可能是Bulak。因此把它当作插汉泊，一点也不牵强。”同书第7页“察罕恼儿（Chaghan Naghur）按蒙古语是白海子的意思，可能是指北边小咸湖一带。”同页注释云：“又《读史方舆纪要》卷十八《开平故卫》条载：‘白海子在卫西南大青山之北，亦曰长水海子，土人因其四望白沙，呼为插汉恼儿；插汉译言白，恼儿译言海子；又西即骆驼山也。明初李文忠自万全出师，北至察罕恼儿地，进败元兵于白海子之骆驼山，即此。’”，一在上都附近，地当大都至上都的驿站要口具体地望考证见陈得芝《元察罕脑儿行宫今地考》，收入《蒙元史研究从稿》，人民出版社2005年版。陈文在批判了箭内亘的考证结果后，提出察罕脑儿应在今河北省张北县沽源公社之囫囵诺尔（湖），湖畔之大红城遗址应为察罕脑儿行宫，亦是察罕脑儿驿（西凉亭驿）。；一在鄂尔多斯高原南部，是宗王的驻地。事实上，除此以外，蒙古高原上还有许多以察罕脑儿为名的湖泊（Caqan-nahur，蒙古语是白色的湖泊）。仅以察罕脑儿的名称来讲应是极为普通的，因为从地形和气候的角度出发，高原上分布了很多白色，富含盐、碱的大小湖泊，很平常。然而一旦它与某些历史活动有直接联系并成为其背景之时，它被赋予的重要性也就相应的增加了。
明朝兴起，元廷北迁，察罕脑儿不论是作为驿站，还是诸王驻地，自然相继废弃了，剩余的就是它的名称而已。然而从这时起，明人对于两个察罕脑儿的认识开始模糊了。为此必须首先明确明朝在河套用兵之际的察罕脑儿究竟位于何处，它将有助于解决明初在河套地区的经略成果和控御河套的主要方式。
洪武三年明军扫荡了整个鄂尔多斯腹地。洪武五年明军岭北大败后，全面收缩防线。其间的两年多时间里，明朝对河套地区的占领是以羁縻千户所的形式实现的，大致讲，是在河套内部的东侧连接陕北、晋西北和土默川平原的这片区域相继建立了六个蒙古千户所。
洪武三年扩廓帖木儿兵败逃回漠北以后，尾随而至的明军占领了宁夏府路，转而调转兵锋，肃清了黄河以东的河套大部地区，甚至在河套东北方跨过黄河驱散了大黑河流域的东胜州等地的元军。很遗憾这些事迹在《明实录》竟无从体现，只能借助《明史》列传、碑铭和地方志中的零星线索进行梳理。沈儿峪口之战后的情形，据《明实录》文意理解，郭英率军进入宁夏后，很快折返，并没有其余行动。但不少证据证明郭英在沈儿峪口之战（定西之战）后的主要活动并不在宁夏，而是察罕脑儿以及沙净州地区。查《明史·郭英传》云：“进克定西，讨察罕脑儿。克登宁州，斩首二千级，进河南都指挥使。”《明史》卷一三〇《郭英传》，第3821页。《郭英神道碑》载：“庚戌（洪武三年）升本卫指挥副使。从征迤西，克定西，讨西夏、察罕恼儿，抚安忽辰平章。沙净州复叛，讨平之。克登宁州，斩首二千级，获牛马数千。”［明］杨荣《武定侯郭公英神道碑铭》，［明］焦竑编辑《国朝献征录》卷七，吴祖缃主编《中国史学丛书》，（台北）台湾学生书局，1984年12月再版影印本，第223页。附带说明两个小问题：其一，笔者考虑“西夏、察罕恼儿”也可以断句为“西夏察罕恼儿”，前者表明直到明初人们还可能把宁夏叫做“西夏”；后者则暗示了鄂尔多斯高原南部作为西夏故地与西部毗邻的宁夏间保持了密切的关系。其二，“忽辰平章”就是平章虎臣的异写，在此说明。实际上，征剿察罕脑儿的并非郭英一人，至少汤和、廖永忠、王志、王弼均参加了这一军事行动，而且汤和在其中扮演的角色恐怕比郭英更为重要。
《汤和传》云：“又明年，复以右副副将军从大将军败扩廓於定西，遂定宁夏，逐北至察罕脑儿，擒猛将虎陈，获马牛羊十余万。徇东胜、大同、宣府皆有功。”《明史》卷一二六《汤和传》，第3753页。
《汤和神道碑》：“明年（三年），与中山王、宋国公至定西，袭元将扩阔帖木儿营。西北取宁夏，至察汗脑儿，获其猛将虎陈。定东胜、大同、宣府，皆以劳先诸将。”［明］方孝孺《信国公追谥襄武封东瓯王汤和神道碑》，《国朝献征录》卷五。
《明名臣言行录》：“明年，复从中山王大破元丞相扩廓于定西，遂定宁夏，追卤于察罕脑儿，获其将虎陈，定东胜、大同、宣府。九月，还京师。”［清］徐开任《明名臣言行录》卷一《东瓯汤襄武王和》，《续四库全书》本，上海古籍出版社2002年版。
《国朝列卿纪》：“（汤和）明年与徐达、冯胜至定西，袭元将扩廓帖木儿营。西北取灵夏，至察罕脑儿，获其猛将虎陈，定东胜、大同、宣府，皆以劳先诸将。”［明］雷礼《国朝列卿纪》卷二，《续四库全书》本。
《汤和圹志》：“三年四月，取灵、夏、东胜、大同、宣府，还封中山侯。”《大明推诚辅运宣力武臣特进光禄大夫大都督府左都督左柱国信国公赠东瓯王谥襄武汤公圹志》，见蚌埠市博物展览馆《明汤和墓清理简报》，载《文物》1977年第2期。
《延绥镇志》：“洪武四年，大将军汤和攻察罕脑儿，获猛将虎陈。定东胜，置延安、绥德二卫。”［清］谭吉璁纂修《康熙延绥镇志》卷五。北京大学图书馆藏清康熙刻乾隆增补本。另，同书卷三《名宦志下》：“汤和……洪武四年以左御史大夫兼太子谕德率兵至定西，袭扩廓帖木儿，取宁夏。至察罕脑儿，获其猛将虎陈。定东胜、大同、宣府，封中山侯。八年冬追伯颜帖木儿，获之。晋信国公，赠东瓯王。”又“傅友德……九年副汤将军驻兵榆林，出塞，番兵缚伯颜帖木儿以降。”卷五：“（洪武）三年二月，大同将金朝兴取东胜，秋七月，偏将军李文忠与元脱列伯、孔兴战于白杨门，擒之。孔兴走绥德。四年大将军汤和功察罕脑儿，获猛将虎陈，定东胜，置延安、绥德二卫。七年，文忠败元兵于丰州。九年三月，汤和、傅友德屯延安。四月，伯颜帖木儿犯边，败降之。”它同时为《河套志》［清］陈履中纂修《乾隆河套志》卷一，天津图书馆藏清乾隆寓园刻本。所转述，但是在时间及部分内容上存在明显错误。