巫山十二峰是长江三峡巫峡中最著名的景点。有一首诗详细地介绍了十二峰的方位和名称：“登龙前去是圣泉，集仙松峦紧相伴。西则望霞连朝云，隔岸再现翠屏山。聚鹤相对是飞凤，其余需进小溪看。净坛之前有起云，上升览罢无遗憾。”
十二诸峰绮丽如画，姿态万千。如登龙峰山头像一个昂首的龙头，山势如起伏的龙身，像一条长龙跃跃欲飞。集仙峰峰顶石林环列，如一群神仙相聚，又因峰顶自然分开一叉，恰似张开的剪刀，又称剪刀峰。传说每年八月十五月明之时，峰上有丝竹之声，好像天宫古乐飘飘，猿啼鹤鸣，犹如天籁之音。峰旁深沟，更显峰势挺拔，直插云霄，平添几分神秘感。聚鹤峰峰顶怪石嵯峨，传说夜间有千百只白鹤聚集在此峰。这些白鹤朝往暮归，形成三峡的又一胜景。每当月明星稀或凄风冷雨之时，白鹤引颈长啸，与猿啼接应，最是销魂断肠的场景，使无数游子过客洒泪沾襟，思乡不已。
巫山十二峰除峰形秀丽多姿外，变幻莫测、来去无踪的巫山云雨也大大增添了神秘色彩。峡中云雨之多，变化之频，云态之美，雨景之奇，令人叹为观止。唐代诗人元稹有“曾经沧海难为水，除却巫山不是云”的名句。
十二峰中最为美丽动人的是神女峰，一根巨石突兀于青峰云霞之中，宛若一个亭亭玉立、美丽动人的少女。它每天第一个迎来灿烂的朝霞，又最后一个送走绚丽的晚霞，故又名“望霞峰”。有关仙女瑶姬为民除害、协助大禹治水，并化做神女峰石，永保三峡航路平安的传说，更使神女峰蒙上了一层神秘的色彩。
春秋战国时期，楚国诗人屈原的《九歌·山鬼》记叙了神女的故事。宋玉也在《神女赋》、《高塘赋》中记载了楚怀王与神女相会的情景。民间尊她为“妙用真人”，视为“东方女神”，并在飞凤峰旁修建了“神女庙”。
传说很久以前，翠屏峰下的青石洞里，住着12条蛟龙。一天，这12条恶龙窜出了山洞，搅得巫峡上空天昏地暗。这时，西王母的小女儿瑶姬正好从东海云游归来，看到恶龙为非作歹，十分生气。瑶姬用手一指，天上响起炸雷，把12条恶龙炸成了碎尸。可是，恶龙的碎骨堆成了一座座崇山峻岭，填满了河谷，堵塞了水道。江水急剧上涨，淹没了村庄、田野，眼看就要把四川变成一片汪洋大海了。瑶姬情急之中想起了治水英雄大禹，连忙去找大禹帮忙。
大禹听说后，连忙赶到巫山，不停地开山疏流。谁知恶龙化成的山石坚硬无比，怎么也劈不开。瑶姬被大禹治水的精神感动了，又邀请她的姐姐们下凡来帮助大禹开凿河道。她还回到天宫，向王母娘娘求救。王母娘娘十分疼爱她的小女儿，就趁玉皇大帝午睡的时候，找到天书，授予大禹。大禹得到宝书后，呼风唤雨，很快劈开了三峡，疏通了积水，从此，四川变成了物产丰富的“天府之国”。
大功告成后，瑶姬本来是要回天宫的，但她看到恶龙尸骨化成的顽石隐藏在江水里，形成无数暗礁险滩，来往的船只经常被阻或触礁沉没。她放心不下，决定和她的11个姐姐一起留下来，为船工们导航。天长日久，12位仙女化作了12座山峰，耸立在巫峡两岸。她们有的变成了苍龙伏在山脚，有的变成了狮子站在山顶，有的变成了凤凰歇在江边，有的变成了白鹤飞进了松林，有的变成了宝塔般的山峰，有的变成了百花盛开的翠屏，有的变成了深潭美泉，有的变成云彩飞来飞去。这就是巫峡十二峰的来历。