李鸿章在办洋务的过程中，他的发明创造的潜能也得到了极大的展示。官督商办可以说是他的专利，它听起来似乎很有道理，官有官的职责，商有商的任务，官商配合，公私都受益。事实上并非如此。官有官的职责，商有商的追求，出发点不一样，追求不一样，让二者密切配合，这本身就充满了矛盾。唐廷枢和徐润在加入轮船招商局之前就知道“朝中有人好做官，局中有官难办事”，官权太重，弄得商人们什么也干不成。所以他们在建局的章程中就要求规定：所有管理人员应当尽量精简，不得机构庞大、人浮于事，也请官府免派委员！李鸿章说：“好！一切都由你们自己做主，盈亏也和官方没有关系。”所以有人向他推荐某人到轮船招商局管事的时候，他一口回绝，说：“招商局本没有委员，又没有薪水，你叫我把他安排在什么位置上？”李鸿章自己坚决执行章程，招商局内部却总是私自进人。招商局的大宗业务来自对官方漕粮的运输，赚了官家的钱，官方推荐一个人来，实是难以拒绝，管理漕务的官员推荐来的人，更不能抗拒，不但不能抗拒，还得安排又轻松又高薪的位子。这让招商局苦不堪言。而唐廷枢和徐润也有三四个要好的朋友，七八个姑姨叔舅，十来个乡里乡亲，求到头上，不能不给个面子。这样，招商局还是个扩大了的“亲友团”。
官和商有矛盾，李鸿章只是和稀泥。盛宣怀在招商局干得不得志，态度消极，后有人向朝廷投诉他有贪污嫌疑，他干脆离开了轮船招商局。唐廷枢虽然有种种毛病，但工作能力强，又和商界人士打得火热，对轮船招商局的发展有很大贡献。1887年，李鸿章欲开发中国的矿业，一时找不到更合适的人选，又让唐廷枢兼理开平矿务局的事务。轮船招商局已经走上了正轨，而开平煤矿刚开始筹备需要大量的精力去策划管理，唐廷枢不自觉地把大部分的精力转到了开平。就在唐廷枢兼理开平煤矿事务的第二年，轮船招商局元老、官方代表和精通漕运业务的会办朱其昂去世了。四驾马车只剩下了徐润一人，他开始琢磨为自己谋利。当时上海房地产正热，徐润将招商局的款项提出投了进去，他本以为很快就能赚到大钱，不但还上公款，还能捞上一大笔。可不久，上海爆发了严重的金融危机，徐润宣告破产并亏欠轮船招商局白银十六万两千两。李鸿章只得将其革职。
朱其昂去世后，李鸿章命江苏候补道员叶廷眷接任。
叶廷眷（1829~1886年），字顾之。吉大乡人。清咸丰六年（1856年）任山阳县丞，清咸丰十年（1860年）被派委江北团练，参与镇压太平天国起义，作战骁勇，得清统治者赏识。清同治三年（1864年），受李鸿章委派，主持上海会捕局。制订《中外会捕章程》，加强法纪，使上海治安有所改善。清同治六年（1867年），叶廷眷被委为上海知县，旋调任南汇知县。
据光绪《南汇县志》与《上海县志续志》记载，叶在任期间，多次输资以解民困，对外国侵略者的罪恶行径，亦能予以抵制，维护民族权益。清光绪四年（1878年），叶廷眷晋升道员，任淞海同知候补道三品衔花翎，授荣禄大夫赠内阁学士。旋丁忧返乡，在吉大建荣禄第，创办学校，修葺古迹，凡有益于乡者即立捐款项以资所需，乡人均感其德。
因为有这样出色的表现，所以李鸿章把他调过来主持轮船招商局的工作。
叶氏到任后，发现账目不清，随即进行了详细核查。核查结果是轮船招商局明亏暗耗，已经面临破产的边缘。他立即向李鸿章报告。李鸿章只有招商集股扩大资金。精明的商人早看出招商局内部的龌龊，没人愿意投资。商款招不到，或借官款，但官款一向利息很重，招商局本来难以为继，哪里来的钱归还巨额利息。叶廷眷提出不如仿福州船政局，索性将轮船招商局收归国有，变成国营企业。既是国营，官方出的钱就算投资，不能再要利息，此外，官方再出二百来万两帮招商局把债务还清，此后一切船栈码头都归官家所有。叶廷眷的建议使李鸿章老大不高兴，干了不到一年，就被撤了。
李鸿章再任郑观应负责招商局业务。
郑观应（1842~1921年）本名官应，字正翔，号陶斋，别署罗浮偫（zhì）鹤山人等，祖籍广东香山县（今中山市）三乡镇雍陌村。他是中国近代最早具有完整维新思想体系的理论家，揭开民主与科学序幕的启蒙思想家，也是实业家、教育家、文学家、慈善家和热忱的爱国者。
郑观应原是太古洋行的买办，在李鸿章手下干了多年，历任上海机器织布局总办和上海电报局总办，洋务经验丰富。他在接受了李鸿章的任命后，鉴于前任的经验教训，正式脱离太古洋行，全身心地投入到轮船招商局的事务中。郑观应一上台就向李鸿章提出了16条整顿方针，在他看来，轮船招商局想要向前发展必须从人才的使用、职责分工、赏罚分明等方面进行彻底改革。郑观应对招商局的最大贡献是他利用自己多年从事商务的经验和人际关系，为招商局和太古、怡和等公司签订了齐价合同。所谓齐价合同就是几个公司一起商定船运的具体价格标准，并签订合同保证各公司都遵守这一价格，未经其他各公司同意，不得擅自更改船运价格。这样就避免了各公司之间互相竞价争取客户，避免因此给自己和其他公司带来损失。有了统一的价格，轮船招商局就不再担心外国公司联合起来排挤中国船运业，从而为招商局的顺利发展创造了一个较为平稳、宽松的环境。
郑观应到轮船招商局两年，局内的业务平稳上升，原先濒死的招商局看起来又有了生机和活力。而在这两年中，郑观应并没有什么大的实权，李鸿章似乎是要考察他的工作能力，没有给他什么实际的官职。两年后，李鸿章正式任命郑观应为轮船招商局的总办，没想到郑观应却一口回绝了。
表面上看来，郑观应拒绝接受任命，是因为他管理经营的上海机器织布局破产，已无心气再接受大的委任。而实际原因并非如此。他在招商局待了两年，将招商局内部的各种关系看得很透，官督商办说起来好听，商方负责赢利，官方负责监督，可实际上官方控制很严，商人发展很难。他在一封给唐廷枢的信里道出了自己的心声：招商局虽说是官督商办，可各个总办、会办、帮办都是由北洋大臣任命的。虽然如今李公任北洋大臣，器重我，支持我的工作，可李公总不会永远担任北洋大臣，掌握实权。我恐怕将来招商局有了起色的时候，北洋大臣已经是张公、王公、赵公了，他们可不会像李公那样信任我们，听了别人的谗言，很容易不问是非就轻易把我们扒拉到一边了，那我们这么多年不是白干了吗？再说像我们这种人，每天只知道干活，说话办事也不懂避嫌，又不会干溜须拍马的行当，一旦有个好歹，连个援助的人都没有啊！
1884年，中法战争爆发，郑观应自荐并经王之春推荐，粤东防务大臣彭玉麟调郑观应前往广东，总办湘军营务处事宜。彭玉麟与两广总督张之洞筹划袭击法军粮草储存地西贡（今越南胡志明市），派郑观应潜往越南西贡、柬埔寨金边等地侦察敌情，并谋联络南洋各地人士袭击法军。回到广州后不久，法国舰队进攻台湾，郑观应建议与法军决战，并条陈作战建议七条。旋被委任办理援台事宜，郑观应随即去香港租船，向台湾运送军队和粮草弹药。
与此同时，郑观应被织布局案和太古轮船公司追赔案所缠绕。前一案是由于中法战争期间上海市面银根抽紧、股票大跌，使织布局外放之款收不回而出现亏损，经元善等受清政府委派来清理局务，发现总办龚寿图有挪用公款的行为，而龚寿图却攀诬郑观应经营不善，郑观应只得垫出两万两金了结此案。后一案由于郑观应离开太古时所推荐的继任者杨桂轩经营不善，挪用公司款项，致使太古公司损失十万余元，太古援引保人亏欠有偿还义务的法律，将郑观应扣留于香港追索赔款。经过这两件案子，郑观应已是心力交瘁。1884年10月13日，他在给盛宣怀的信中感慨道：“年来命运坎坷，事多拂逆。以致上司朋友责于外，父兄妻子怨于内，进退维谷，申诉无门。唯今身败名裂，不足取信于人，虽到处乞怜，终难应手。”于是退隐澳门，寄情山水，将全幅精力用于修订重写《易言》，直至1894年，一部体现他成熟而完整维新体系的《盛世危言》终于杀青。
郑观应离开轮船招商局之时，盛宣怀回来了。盛宣怀回来的直接原因是徐润在上海金融倒账风潮中破了产，盛宣怀受李鸿章指派来招商局查处整顿。查处完毕，盛宣怀调任天津海关道，但没有放手轮船招商局。他坚持“非商办不能谋其利，非官督不能防其弊”的新认识，坚持自己的官督商办。盛宣怀的官督商办与以前不同的是设了由他自己担任的官方的督办，取消了以前商方的总办，几个会办也都带有官的性质，看起来更像是官督官办。幸好盛宣怀本人有钱，有强烈的商人倾向，对上述的缺陷起了一定的弥补作用。
既任督办，盛宣怀决心“借鉴补救前人的错误，逐渐恢复招商局的宏图”。
第一是清理账目。以前招商局账目不清，无法考核。盛宣怀命令把前后账目划清归类，并且实行账目公开，不论过多少年之后，每笔账目多了还是少了，多了因为什么原因，少了花到哪里都能一目了然。
第二是赎回典卖给旗昌洋行的招商局船产。中法战争爆发后，为保住招商局，盛宣怀把船产卖给了美国旗昌洋行。卖出去容易，赎回来难。出卖船产时，契约上只写明了卖出的条款，忘了提买回的事，旗昌洋行趁机想把船产据为己有。盛宣怀费了九牛二虎之力才迫使旗昌洋行同意招商局以原价把船产收回。招商局刚刚复兴，万事都需银两，盛宣怀决定向汇丰银行借款30万镑。汇丰提出了很多苛刻条件，盛宣怀在大的方面据理力争，不至关紧要的方面都表示接受。他之所以如此，是对招商局的发展充满信心，后来的结果也证明盛宣怀是正确的，招商局的经营发展良好，汇丰的苛刻条件大都没有实现。
另外，盛宣怀高喊“官督商办”的口号，也并非只是为了强调自己这个督办的权利。在当时的条件下，官方确切地说就是李鸿章的参与，给轮船招商局带来了许多实惠和优惠，没有这些关照，招商局根本就不能存在这么久，并且断断续续一直在发展。李鸿章也说：“每当此局危急的时刻，都是官方出面维持，或是投入资金，或是减免关税，才使得招商局日见起色。”
李鸿章为什么这么说呢？因为确有其事。清政府当时有这样的规定：空船过各关口的时候和满载的船收税是一样的。轮船招商局的主要任务是为国家运输漕粮。但每次运输米粮到湖北，回来的时候总是空船而归，故此，李鸿章下令，在他所管辖的北洋范围内的三个关口，招商局的空船免去二成的关税。尽管免去二成，空船而归还是不合算，李鸿章又网开一面，规定湖北运往外地的茶叶，如果是搭载招商局的轮船，每百斤茶叶只交六钱银子的出口税就行了，如果再进口则不必交税。这项优惠只适用于轮船招商局的船只，其他船只不可享受。在中法战争期间，外国公司为了挤垮轮船招商局，一起压低船运费用，他们所开的低价实际上是赔本的。李鸿章允许招商局在为国家运输漕粮的时候，可以把价格略微抬高，比外国公司高一点，以保证不亏本。轮船招商局从建立至此时，亏欠官债和洋债加起来将近二百万两。如今虽然经济好转，但官债洋债一起归还还是有困难的。于是，官债可以先不还，先还洋债，以免多交利息。至于官债嘛，都是一家人就把利息免了吧，等洋债还完了再说……所有这些优惠在轮船招商局的发展和恢复中都是必不可少的，这就是盛宣怀一定要坚持官督商办、坚持跟着李鸿章走的好处。他把这种关系叫做“宣怀在下面坚持，老师（李鸿章）在上面批准”。
招商局在盛宣怀接管以前就雇有一些洋技师，他自己在办理其他洋务的经历中也认识到聘请洋技师是十分必要的，可问题在于局里原来的洋技师多而且滥，分工不明，约束不严，极难管理。盛宣怀当上督办后，拿这些人开刀整顿局里的风气。比方说他查出总大车罗贝一点本事也没有，就派尉霞当总大车，而且还兼任船主，一人负责两份工作。盛宣怀没有因为尉霞是老外给他面子，规定他同样有几个月的考察期，考察期间只给工钱，不签合同，如果考察不合格，立即开除出局！一旦通过考察，盛宣怀就给予外员同样的信任。有人说许多人对尉霞有微词，盛宣怀不以为然：“好多事务都由尉霞一人调动，没有流言倒奇怪了！”盛宣怀还规定洋人不准饮酒，如果发现醉鬼立即开除。经过他的调教，招商局的洋员数量少了，工作效率提高了，每年节省下来的洋工资就近万两！
功夫不负有心人，通过盛宣怀和李鸿章的共同努力，轮船招商局把洋债和国债全部还清了。但对手并不想让他们过上好日子，债务危机终结之后，新的危机又来了。以前和太古、怡和两个老对手所签的齐价合同到期。本应谈判续约，太古、怡和却毫无诚意，并联合起来展开了跌价竞争，排挤招商局。盛宣怀制定了“对外表现出姑且与他们应酬的样子，内部则抓紧招揽客货生意，准备同他们决斗到底”的战略方针。