虽然清军取得了局部胜利，但法军进攻基隆，又让软弱的清政府开始摇摆不定。愚蠢的清廷竟要求列强出面调停此事，但因为英国和德国都与法国不和，谁也不愿管这事，最后又回到了起点。
这天，慈禧在后殿接见了李鸿章和奕。慈禧太后面色很难看，似乎一夜没睡。
“现在的局势想必你两个比我清楚，是和还是战，都发表一下自己的看法吧。”
李鸿章首先站出来对慈禧太后说：“依老臣之见，还是议和的好。我们现在接受赔款，总比战败后要少得多。”慈禧太后看了看奕，话没出口，眼泪先掉下来了。是啊，如果大清几百年的基业毁在她手里，她的老脸也没处搁。奕的意见却与李鸿章相左，他主战。慈禧看到奕主战，似乎在精神上得到了些许支持，人也精神了不少。
第二天，慈禧太后就把御前大臣、军机大臣、总理衙门大臣及六部九卿都叫来，商议这个重大问题。大殿里鸦雀无声，大家都不知道慈禧太后葫芦里卖的什么药。
“唉！”一声轻叹，慈禧太后说话了，“和吧，我们大清就显得太软弱了；不和吧，真要打起来，或许会赔偿更多的银子和土地，闹不好还可能引起内乱……”
大殿里依然鸦雀无声。人们不知道慈禧太后下面将说什么。
李鸿章依然最早站了出来，引经据典地说明“和”的好处，好像除了“和”，世上再也找不到更好的解决方法了。
突然，左宗棠站了出来，大声说道：“我大清总不能永远屈服于洋人吧？与其把钱给他们，不如当做军饷，打它个痛快！”
大臣们看看慈禧太后，又看看左宗棠，慈禧不点头，大家谁也不敢多说话，都在等着慈禧太后最后的决定。
慈禧太后眼含热泪看了一眼左宗棠，说：“是啊！那就打！不管结果如何，一直打到底！”左宗棠这才松了口气。
法国进攻基隆受挫后，不仅不思退兵，反而向清政府提出了赔款8000万法郎的新条件，并以最后通牒的形式限48小时答复，否则，他们将立即采取军事行动。已改变主意的清政府拒绝了法国的无理要求。
果然，法军在孤拔的指挥下，于七月初三（8月23日）向停泊在福州马尾军港的福建海军发起突然袭击。马尾，位于福建福州东南，是闽江下游海军天然良港。清政府除南、北洋水师以外的第三支海军福建水师和洋务派创建近20年的福州造船厂，均在此港。马尾港是一河港，四周群山环抱，港阔水深，可泊巨舰。从闽江口至马江，距离30余千米，沿岸形势险峻，炮台林立，仅马江附近就有炮台7座，并有部分克虏伯大炮，防御能力较强。钦差会办福建海疆事宜大臣张佩纶（1848—1903）、闽浙总督何璟（？—1888）、福建船政大臣何如璋（1838—1891）、福建巡抚张兆栋（1821—1887）和福州将军穆图善（？—1886）等，唯恐拒绝他们前进将会得罪法国，影响中法“和议”和列强“调解”，竟听任法舰违犯国际惯例，驶入马尾，甚至给以友好款待。同时，他们命令各舰：“不准先行开炮，违者虽胜也斩。”于是，法舰在马江者每日或四五艘，或五六艘，出入无阻。它们与福建水师军舰首尾相接，并日夜监视之，前后为时月余。福建水师处于被法舰围困的状态，战争一触即发。福建海军许多官兵请战，要求自卫；不少士大夫上书要求直隶总督兼北洋大臣李鸿章派北洋水师支援，以挽救大局。但李鸿章执意求和，不准抵抗，更拒绝增援。何如璋等也怕影响和谈，命令各舰不准发给子弹，不准无命自行起锚。
七月初二（8月22日），法国政府电令孤拔消灭中国福建水师。孤拔决定于次日下午趁退潮船身转移方向时便开战。因为当时用船首系泊，船身随潮水涨落而改变方向。涨潮时，船头指向下游，落潮时船头指向上游，可使大部分福建水师位于法舰的前方，无法进行有力的回击。初三上午，法国驻福州副领事白藻泰（1852—？）向何如璋等投递最后通牒，限福建水师当天下午撤出马尾，否则开战。何如璋得知后，竟然对福建水师封锁消息，听任各舰抛锚江心，实际上是让各舰坐以待毙。当他们看到法舰升火待发，才慌张起来，以未作好战斗准备为由，要求法方把开战日期改在七月初四；遭拒绝后，才匆忙下令进行临战准备。
福建海军的军舰还没有来得及起锚，就被法舰的一排重炮击沉2艘，重伤4艘。虽然官兵奋勇还击，但是损失惨重，福建海军的11艘战舰均为法舰击沉、击伤，官兵伤亡700余人，终因仓促应战，福建海军几乎全军覆没。第二天，得意忘形的法军又向位于马江北岸的福州船政局开炮，击毁许多厂房和厂内正在制造的舰船。由于船政局作了积极布防，法军未能攻占船厂。
马尾之战爆发后的第三天，清廷下诏对法宣战。
左宗棠来到奕譞府上，请求统兵出征。左宗棠认为，目前福建沿海形势严峻，法军绝不会善罢甘休。这次对法作战，他要亲自出战。奕譞劝他稍安毋躁，并答应他第二日便去代为请旨。
七月十八日（9月7日），清廷任命左宗棠为钦差大臣，督办福建军务。
七月二十五日（9月14日），左宗棠在启行前特地向翁同龢辞别。翁同龢说：“左相已年逾古稀，此去福建，要注意身体啊。”左宗棠说：“我曾多次要求奔赴前线同法国侵略者决战，但太后就是不准。这下好了，我终于可以面对面和洋鬼子较量一下了。我年纪是大了点，又身体多病，但我不能眼睁睁看着洋人在家门口撒野。除非我死了，洋人休想踏进福建一步！”
说完，左宗棠喝下翁同龢准备的饯行酒，率兵出京，开往福建而去。
这一年，左宗棠已经七十二岁。
巧激曾国藩
曾国藩得到情报说太平军在靖港，等他率军赶往靖港偷袭太平军时，才发现得到的情报是错误的，结果被打败，性急之下跳水自杀，幸亏被幕僚救起，才捡了一条性命。消息传到长沙，那些平日对曾国藩就看不上眼的老官僚，抓紧商量弹劾曾国藩，被骆秉章制止。当时，左宗棠就坐在旁边，听着这些人落井下石的话很是气愤，但又无可奈何。
曾国藩一个人坐在船舱里黯然神伤，他开始怀疑自己的能力，就在这时，他见一人飘然立于船头，仔细一看，正是左宗棠。
左宗棠面无表情地说：“听说曾大人快要走了，左某特来送葬。”
曾国藩不高兴了，心说：“我就是战败你也不能这么说我啊。”
“季高，你这话是不是伤人太深？”
左宗棠不理会，问道：“刚才我看见你弟弟国葆抬了一口棺材回来，难道不是为你准备的？”
曾国藩这才想起，半个时辰前，他确实命令曾国葆带人去城里买棺材去了。想到这里，曾国藩赶紧藏起桌案上的一张纸，但被左宗棠一把抢了过来。
“我没猜错吧，遗书都写好了。”接着，左宗棠朗声读道，“为臣力已竭，谨以身殉，恭具遗析，仰祈圣鉴事。臣于初二日，自带水师陆勇各五营，前经靖港剿贼巢，不料开战半时之久，便全军溃散。臣愧愤之至。……获罪甚重，无以对我君父。谨北向叩首，恭折阙廷，即于今日殉难。论臣贻误之事，则一死不足蔽辜；究臣未伸之志，则万古不肯瞑目。谨具折，伏乞圣慈垂鉴。谨奏。”
“别念了！”曾国藩大声制止左宗棠。