夏四月，公孙述自称天子。光武从蓟县返回，路过范阳，下令埋葬以前阵亡的将士。抵达中山，众将又上奏说：“汉朝遭遇王莽之乱，宗庙废弃，祭祀断绝，豪杰愤怒，众民惨遭涂炭。大王与伯升首举义兵，更是凭靠你们的努力才得以占有帝位，而不能维护好大业，破坏搅乱了纲纪，盗贼目益增多，百姓处于危难和窘境之中。大王初征昆阳，王莽不战自败；后来夺取邯郸，河北的州郡归顺平定；三分天下而有其二，占有数州领土，军队多达百万。谈武力没有人敢于对抗，论文德更是无可挑剔。臣等听说帝王之位不可以长久空着，天命不可以谦让拒绝，愿大王一心以社稷为重，以百姓为念。”光武又不听从。
行进到南平棘，众将又坚决地请求光武登基。光武说：“贼寇尚未平定，四面受敌，怎么能立即考虑号位的事呢？诸位将军暂且出去吧。”耿纯又进来说：“天下士大夫抛弃亲戚，别离故土，追随大王于箭石横飞的战场，他们的打算原本是想攀龙鳞，附风翼，以实现建功立业的志向。现在功业已完成，天人也相应合，而大王拖延良机而违逆众心，不定尊号，我恐怕士大夫失去希望，走投无路，就会有离去而归家的想法，不愿长此苦守下去。大军一旦离散，难以再度招集。良机不可久留，众心不可违背。”耿纯言辞十分诚挚恳切，光武深受感动，说：“我将考虑这件事。”
进抵鄗城，与光武过去同在长安居住求学的强华从关中送来赤伏符，符文写着是：“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙斗野，四七之际火为主。”群臣因而再次上奏道：“请您承受天命之符，与之相应当居大位，相距万里而符信相合，不经商议而情思相同，周代的白鱼之信，怎能与这相比！现今上无天子，海内混乱，符面所示，昭然若揭，应该顺从天神的意愿，以满足大家的希望。”光武于是命令有关部门设立坛场在鄗县城南千秋亭的五成陌。
六月二十二日，先帝即皇帝位。烧柴祭告上天，升烟以享六宗，望祭群神。祭祀祝文说：“皇天上帝，后土神祗，垂青于我而降下天命，将百姓托付给我刘秀，为人父母，秀不敢当。手下群臣，不谋而合，都说：‘王莽篡位，刘秀发愤起兵，攻破王寻、王邑于昆阳，杀王郎、铜马于河北，平定天下，海内蒙受恩惠。上应天地之心，下为百姓所归。’谶记说：‘刘秀发兵收捕不道，卯金修德为天子。’秀仍然坚持，一而再，再而三推辞。群臣都说：‘皇天大命，不可拖延。’敢不恭敬受命。”于是定年号为建武，大赦天下，改鄗县名为高邑。
这个月，赤眉军拥立刘盆子为天子。
二十七日，前将军邓禹攻击更始定国公王匡于安邑，大败王匡，斩杀将领刘均。秋天七月五日，先帝拜前将军邓禹为大司徒。十一日，又以野王令王梁为大司空。十六日，而大将军吴汉为大司马，偏将军景丹为骠骑大将军，大将军耿弇为建威大将军，偏将军盖延为虎牙大将军，偏将军朱祐为建义大将军，中坚将军杜茂为大将军。当时宗室刘茂自号“厌新将军”，率众军投降，封为中山王。
八月初三，先帝驾临怀县，派遣耿弇率领强弩将军陈俊驻扎五社津，守备荥阳以东。派吴汉率领朱祐以及廷尉岑彭、执金吾贾复、扬化将军坚镡等十一位将军，在洛阳围困朱鲔。
八月十六日，先帝祭祀社稷。十七日，拜祭高祖、太宗、世宗于怀县离宫。进抵河阳，更始廪丘王田立归降。
九月，赤眉军攻入长安，更始帝逃到高陵。六月，先帝下诏书说：“更始失败，弃城逃走，妻子儿女流落街头。朕非常怜悯他们。今天封更始为淮阳王。吏民有敢于伤害他们的，罪与大逆相同。”十九日，命原密县县令卓茂为太傅。二十六日，朱鲔举城投降。
冬天十月十八日，先帝巡车驶进入洛阳，来到南宫却非殿，于是定都于此。派岑彭进攻荆州群贼。
十一月三十日，先帝驾临怀县。刘永自称天子。十二月十一日，从怀县返回洛阳。
赤眉军杀死更始帝，而隗嚣占据陇右，卢芳起兵于安定。破虏大将军叔寿进攻攻五校贼于曲梁，战死。
二年春天正月初一，这一天有日食。大司马吴汉率领九位将军进攻檀乡贼于邺城的东边，大败并降服了他们。十七日，先帝封全部功臣为列侯，大国有四县，其余各有区别。下诏说：“人心得到满足，常被放纵所苦，为图一时的欲望，忘却应当谨慎对待刑法的宗旨。只因诸位将军功业远大，真诚希望能传之无穷，应当像面临深渊，或脚踏薄冰一样，战战慄慄，一天比一天谨慎。凡有显著功劳而未得到报答，没有列入封侯名册的人，大鸿胪迅速奏上，朕将分别封赏他们。”博士丁恭议论说：“古时候帝王分封诸侯，地不超过百里，有利于建侯，取法于雷卦，实行强干弱枝，以此来把国家治理好。现在封给诸侯四县，不符合法制。”光武帝说：“古代凡是灭亡的国家，都是因为无道，没听说是因为功臣封地多而亡国的。”
于是他派遣谒者立即颁发印绶，策文说：“在高位而不骄傲，位虽高而没有危险；约束自己遵守法度，势虽盈满也不会溢出。要谨慎小心地对待此事，传爵位给你的子孙，使之长久成为汉朝的藩属。”十九日，更始的复汉将军邓晔、辅汉将军于匡投降，都恢复原有爵位。某一日，先帝筑起高庙，建社稷坛于洛阳，立郊兆坛于城南，开始以火德为正，以赤色为上色。
这个月，赤眉焚烧西京的宫室，挖掘园陵，抢掠关中。大司徒邓禹进入长安，派司徒府官吏护送西汉十一帝的神主，放入高庙。
真定王刘杨、临邑侯刘让谋反，先帝派遣前将军耿纯杀了他们。二月十六日，先帝驾临修武。大司空王梁被免除职务。十九日，先帝以太中大夫宋弘为大司空。派遣骠骑大将军景丹率领征虏将军祭遵等二位将军进攻弘农贼，打败了他们，因而派遣祭遵围攻蛮中贼人张满。渔阳太守彭宠造反，攻打幽州牧朱浮于蓟县。延岑自称在汉中武安王。某一天，先帝从修武返回到洛阳。
三月某一天，大赦天下，诏书说：“近来狱中有很多冤屈的人，用刑严酷，朕非常怜悯他们。孔子说：‘刑罚不得当，那么百姓的手脚就慌得不知所措。’和中二千石、诸大夫、博士、议郎商议削减修改刑法。”
先帝派遣执金吾贾复率领二位将军进攻更始郾王尹遵，打败并降服了他。骁骑将军刘植进攻密县贼，战死。派遣虎牙大将军盖延率领四位将军讨伐刘永。夏四月，军队包围刘永于睢阳。更始将领苏茂杀死淮阳太守潘蹇而依附刘永。
四月二日，先帝封叔父刘良为广阳王，兄子刘章为太原王，刘章弟刘兴为鲁王，舂陵侯正妻之子刘祉为城阳王。
五月十九日，先帝封更始元氏刘歙为泗水王，原真定王刘杨之子刘得为真定王，周朝后代姬常为周承休公。二十二日，他下诏书说：“百姓有被迫嫁出的女儿，被卖掉的儿子想回到父母身边的，任凭他们选择。敢于扣留不放的，按法律论处。”
六月七日，先帝立贵人郭氏为皇后，儿子刘强为皇太子，大赦天下。增加郎、谒者、从官的官阶各一等。十五日，封宗子刘终为淄川王。
秋八月，光武帝亲自率军征伐五校。二十六日，先帝驾临内黄，大败五校于羛阳，降服了他们。又派遣游击将军邓隆救援朱浮，与彭宠交战于潞县，邓隆战败。盖延夺取睢阳，刘永逃到谯县。破虏将军邓奉占据淯阳反叛。
九月二日，先帝从内黄返回京师。骠骑大将军景丹死了。延岑大败赤眉于杜陵。关中饥荒，百姓互相杀食。
冬十一月，以廷尉岑彭为征南大将军，率领八位将军讨伐邓奉于堵乡。铜马、青犊、尤来剩余贼军共同于上郡拥立孙登为天子。孙登将领乐玄杀死孙登，率领他的部下五万余人投降。派遣偏将军冯异代替邓禹讨伐赤眉。让太中大夫伏隆持节安集青、徐二州，招抚张步归顺。
十二月三十日，下诏书说：“宗室列侯被王莽所废黜，先祖灵魂无所归依，朕十分哀怜。一并恢复他们的故国。如果列侯已经身亡，所在郡县将他的子孙的名字上报到尚书那里，予以封拜。”
这一年，盖延等大败刘永于沛县之西。刚开始，王莽末年，天下闹旱灾、蝗灾，黄金一斤换小米一斛；到这时野谷丛生，麻和菽尤其多，野蚕结茧，覆盖在山岗之上，百姓从中得到好处。
三年春天正月初六，以偏将军冯异为征西大将军，杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹和冯异与赤眉战于回溪，邓禹、冯异被打败。征虏将军祭遵攻破蛮中，杀了张满。二十三日，立皇父南顿君以上四庙。二十四日，大赦天下。闰月十八日，大司徒邓禹被免职。
冯异与赤眉于崤底开战，大败赤眉，赤眉残部向南逃往宜阳，光武帝亲自率军征讨他们。十二日，他驾临宜阳。十七日，便亲自统辖六军，大量布置兵马，大司马吴汉的精兵排列于前，中军在其后，骁骑、武卫分列左右。赤眉看见后震惊恐怖，派出使者请投降。十九日，赤眉君臣反绑双臂，献上高皇帝玺印绶带，光武命令交给城门校尉。二十一日，先帝从宜阳回到洛阳。二十二日，诏书说：“群盗纵横，残害百姓，刘盆子窃据尊号，扰乱迷惑天下。朕出兵征伐，立刻土崩瓦解，十余万人束手投降。先帝的玺印归于王府。这都是仰仗祖宗之灵，士人之力，朕怎么配有此荣耀！”光武帝选择吉日祭祀高庙，赏赐天下长子并将成为父亲后嗣的人以爵位，每人一级。”
二月二日，祭祀高庙，先帝接受传国玺。刘永立董宪为海西王，张步为齐王。张步杀死光禄大夫伏隆而造反，驾临怀县。派遣吴汉率领二位将军攻击青犊在轵县西部，大败并降服了他们。
三月十六日，先帝以大司徒司直伏湛为大司徒。彭宠攻陷蓟城，自立为燕王。光武帝亲自率兵征伐邓奉，抵达堵阳。夏四月，大败邓奉于小长安，杀了他。冯异与延岑战于上林，击破了他。吴汉率领七位将军与刘永将领苏茂战于广乐，大败茂军。虎牙大将军盖延围困刘永于睢阳。
五月二十四日，先帝车驾回官。三十日，这一天有日食。
六月七日，先帝大赦天下。耿弇与延岑战于穰县，大败岑军。
秋七月，征南大将军岑彭率三位将军讨伐秦丰，战于黎丘，大败丰军，俘获他的将领蔡宏。
八月二十六日，诏书说：“官吏不满六百石，往下至墨绶县长、国相，有罪需要处置必先请示。男子八十岁以上，十岁以下，只要不是犯了不道德的罪，或下诏具名特捕的人，都不许囚禁。应当查问的立即接受查问。女犯出钱的可以放回家。”
盖延攻占睢阳，俘获刘永，而苏茂、周建拥立刘永的儿子刘纡为梁王。
冬天，十月十九日，光武帝驾临舂陵，祭祀陵园祖庙，因而在旧住宅摆酒，广招故友和父老聚会。十一月十二日，光武帝从舂陵返京。涿郡太守张丰造反。
这一年，李宪自称天子。西州大将军隗嚣上书。建义大将军朱祐率祭遵与延岑交战于东阳，斩杀延岑的将领张成。
四年春天元月二日，光武帝大赦天下。
二月初一，光武帝驾临怀县。二十一日从怀县抵京师。派遣右将军邓禹率领二位将军与延岑战于武当，打败了延岑。
夏天四月七日，光武帝驾临邺城。十九日，又驾临临平。派遣大司马吴汉进攻五校贼于箕山，大败五校。
五月，光武帝驾临元氏。初一，驾临卢奴。派遣征虏将军祭遵率领四位将军讨伐张丰于涿郡，杀了张丰。
六月二日，先帝起驾还洛阳宫。
七月八日，光武帝驾临谯县，派遣捕虏将军马武、偏将军王霸围攻刘纡于垂惠。
董宪将领贲休以兰陵城归降，董宪围困了该城。虎牙大将军盖延率平狄将军庞萌援救贲休，没有成功，兰陵被董宪所攻陷。
秋天八月十日，光武帝驾临寿春。太中大夫徐恽擅自杀死临淮太守刘度，徐恽因此被处死。派遣扬武将军马成率领三位将军讨伐李宪。九月，李宪被围困于舒城。
冬天十月七日，先帝起驾回到洛阳宫中。太傅卓茂死了。
十一月十九日，光武帝驾临宛城。派遣建义大将军朱祐率二位将军围攻秦丰于黎丘。十二月二十日，光武帝驾临黎丘。
这一年，征西大将军冯异与公孙述的将领程焉交战于陈仓，冯异打败了他。
五年春天正月十七日，先帝起驾回到洛阳宫中。二月初一，大赦天下。后来捕虏将军马武、偏将军王霸攻取垂惠。二十日，光武帝驾临魏郡。二十七日，光武帝封殷朝后人孔安为殷绍嘉公。
彭宠被他的苍头奴所杀死，后来，渔阳平定。
大司马吴汉率建威大将军耿弇进攻富平，获索贼等于平原郡，大败并降服他们。又派耿弇率领二位将军征讨张步。
三月八日，光武帝改封广阳王刘良为赵王，开始前往封国。平狄将军庞萌造反，杀死楚郡太守孙萌而东去投靠董宪。派遣征南大将军岑彭率领二位将军在津乡讨伐田戎，大败田戎。
四月，天气干旱，有蝗灾。河西大将军窦融开始派遣使者进贡。
五月二日，光武帝诏书说：“久旱伤害麦子，秋粮未能下种，朕十分忧虑。是因为将领残暴，官吏不胜任，狱中多有冤枉之人，百姓既愁又恨，而引起节气失调吗？命令中都官、三辅、郡、国释放关押的囚犯，不是犯应死之罪的人一概不再追究，现有的囚徒免罪为百姓。务必选用和柔贤良的人为官吏，斥退贪婪残暴的官吏，各自处理好政事。”
六月，建义大将军朱祐攻取黎丘，俘获秦丰；而庞萌、苏茂围困了桃城。光武帝当时驾临蒙县，因而亲自率兵征讨庞荫等。先在任城整顿兵马，才进而援救桃城，大败庞萌等军队。
秋天七月四日，光武帝驾临沛县，祭祀高祖原庙，下诏修复西京的园陵。进而驾临湖陵，征讨董宪。又驾临蕃县，于是进攻董宪于昌虑，大败董宪。
八月六日，光武帝进而驾临郯县，留吴汉攻打刘纡、董宪等人，车驾转而攻取彭城、下邳。吴汉攻占郯县，俘获刘纡；吴汉进而围攻董宪、庞萌于朐县。
冬十月，光武帝开始回京，驾临鲁国，派大司空祭祀孔子。
耿弇等与张步开战于临淄，大败张步。光武帝驾临临淄，进而驾临剧县。张步杀苏茂来投降，齐地平定。
光武帝初建太学。车驾回到洛阳宫中，驾临太学，赏赐各个博士弟子。
十一月初一，大司徒伏湛被免职，尚书令侯霸为大司徒。
十二月，卢芳在九原自称天子。西州大将军隗嚣派遣儿子隗恂入侍。交阯牧邓让率领七郡太守派遣使者进贡。下诏书免除济阳二年的徭役。这一年，野生谷物逐渐减少，田地更加广泛开垦出来。
六年春天，正月十六日，改舂陵乡为章陵县。世世代代免除徭役，如同丰、沛一样，没有差遣。二十一日，下诏书说：“去年水、旱、蝗虫为灾，粮价飞涨，民用物品缺乏。朕因百姓没有东西养活自己，忧伤地怜悯他们。命令郡国有粮食的，分发给年事已高的人，鳏夫、寡妇、孤儿、没有后代的老人和有恶疾或残废的人，无家可归贫困不能自谋生存的人，按《律》所规定的办理。二千石官员要尽力加以抚慰，不要出现失职现象。”扬武将军马成等人攻取舒城，俘获李宪。
二月，大司马吴汉夺取朐城，俘获董宪、庞萌，山东地区全部平定。众将军领回到京师，安排酒宴并颁行赏赐。
三月，公孙述派遣将军任满侵犯南郡。
夏天四月八日，光武帝驾临长安，首次拜谒高庙，于是逐个祭祀十一陵。又派遣虎牙大将军盖延等七位将军从陇道讨伐公孙述。
五月二十一日，光武帝从长安回到洛阳。
隗嚣反叛，盖延等因此与隗嚣交战于陇阺，众将领被打败。
某一天，诏书说：“天水，陇西、安定、北地各郡官吏百姓被隗嚣引入歧途的人，又三辅遭赤眉之难时，犯有不道德罪的人，从殊死罪以下，全部予以赦免。”