六月二十四日，下诏书说：“设官置吏，是为了管理百姓。现在百姓遭难，户口减少，而县级官吏设置仍很繁冗，命令司隶校尉、州牧各自核实所辖各部，裁减官员。县、国不足以安置长吏而可以合并的，上报大司徒、大司空二府。”于是各级官吏分别上奏合并削减四百余县，吏职裁撤，十个留一个。
代郡太守刘兴于高柳进攻卢芳将领贾览，战死。起初，乐浪人王调占据乐浪郡不服从。秋天，光武帝派遣乐浪太守王遵进攻他，郡吏杀死王调投降。派遣前将军李通率领二位将军，与公孙述的将军交战于西城，打败了他们。
夏天，发生蝗灾。秋天九月四日，光武帝赦免乐浪郡犯谋反、大逆、殊死罪以下的犯人。三十日，这一天有日食。
冬天十月十一日，光武帝诏书说：“我德薄不明智，寇贼为害，强弱相陵，百姓流离失所。《诗经》说：‘日月显示凶兆，不按其道运行。’长时间考虑这一灾祸，心中很内疚。敕令公卿荐举贤良、方正各一人；百官都可以呈上密封的奏章，不要有所隐讳；各自办理职责内的事务，务必遵守法度。”
十一月某一天，光武帝诏命王莽时吏民被罚为奴婢而不合乎旧有法律规定的人，都释放为百姓。
十二月二十七日，大司空宋弘被免职。二十八日，下诏书说：“此前战事不断，费用不足，所以实行十一之税。现在军队屯田，粮食储备略有增加。命令郡国收取田租实行三十税一，如同老制度。”隗嚣派遣将领行巡侵犯扶风，征西大将军冯异抵御并击败了他。
这一年，光武帝初次废除郡国都尉官。开始派遣列侯前往各自的封国。匈奴派使者来进贡，光武帝让中郎将回报。
七年春天正月初二，诏命中都官、三辅、郡、国释放囚犯，不是犯死罪的人，都一律不再追究他的罪。现有囚徒释放为平民。犯耐罪而逃亡的人，官吏写布告免除他们的罪名。
光武帝又下诏说：“世上以厚葬为有德行，薄葬为鄙陋，以至于富有的人奢侈无度，贫穷者耗尽资财，法令不能禁止。礼义不能劝阻，战乱时坟墓被盗挖，才明白厚葬的祸害。布告天下，叫大家知道忠臣、孝子、慈兄、悌弟薄葬送终的道理。”
二月十七日，光武帝废除护漕都尉官。
三月四日，光武帝诏书说：“现在国家有众多的军队，并且大多精壮勇武，应当暂且遣散轻车、骑士、材官、楼船士以及临时设置的军吏，让他们重新成为百姓。”公孙述立隗嚣为朔宁王。
三十日，发生日食，光武避开正殿，停止军事行动，不听政事五天。诏书说：“我德薄招来灾祸，谴责见于日月，战慄恐惧，还能说什么呢！现在正在考虑自己的过失，希望能消除灾祸。命令官吏各自负起职责，遵守法令制度，施加恩惠给百姓。众官僚各自呈上密封奏章，不要有所隐讳。凡上书的人，不得称我圣明。”
夏天四月十九日，光武帝诏书说：“近年阴阳错乱，出现日食、月食、百姓有过失，责任全在我一人，大赦天下。公、卿、司隶、州牧荐举贤良、方正各一人，叫他们前往公车报到，朕将亲自召见考察他们。”
五月六日，前将军李通为大司空。二十二日，光武帝诏命吏民因遭遇饥荒战乱以及被青、徐二州贼人劫掠为奴婢或小妾的人，愿意离去或留下的，任其选择。敢于拘留不放的，以卖人法处置。这年夏天，出现连阴雨。以汉忠将军王常为横野大将军。
八月二十六日，光武帝封前河间王刘邵为河间王。隗嚣侵犯安定，征西大将军冯异、征虏将军祭遵打退了他们。冬天，卢芳所任命的朔方太守田飒、云中太守乔扈各自举郡投降。这一年，光武帝撤销长水、射声二校尉官。
八年春正月，中郎将来歙袭击略阳，杀死隗嚣守将而占领了该城。夏天四月，司隶校尉傅抗下狱死。隗嚣进攻来歙，不能攻陷城池。闰月，光武帝亲自讨伐隗嚣，河西大将军窦融率领五郡太守与车驾相会于高平。陇右溃败，隗嚣逃到西城，派遣大司马吴汉、征南大将军岑彭围困了西城；车驾进抵上邽，敌军不降，命虎牙大将军盖延、建威大将军耿弇攻打敌军。颍川盗贼侵占属县，河东郡的守军也叛变了，京师骚动。
秋天，发大水。八月，光武帝从上邽日夜东进。九月初一，光武帝车驾回到洛阳宫中。六日，光武帝亲自征讨颍川盗贼，盗贼全部投降了。安丘侯张步叛逃回琅邪，琅邪太守陈俊征讨并俘获了他。二十四日，光武帝从颍川回到京师。
冬天十月二十二日，光武帝驾临怀县。十一月二日，他从怀县回到京师。
公孙述派兵援救隗嚣，吴汉、盖延等回到长安驻扎。天水、陇西重又叛变归顺隗嚣。
十二月，高句丽王派使者进贡。这一年天下闹大水。
九年春天正月，隗嚣病死，他的将领王元、周宗又拥立隗嚣的儿子隗纯为王。迁移雁门郡吏民到太原。
三月某日，光武帝初次设置青巾左校尉官。公孙述派遣将军田戎、任满据守荆门。
夏天六月六日，光武帝驾临缑氏，登上轘辕山。后来，他派遣大司马吴汉率四位将军打败卢芳的将领贾览于高柳，战斗不利。
秋天八月，光武帝派遣中郎将来歙监督征西大将军冯异等五位将军讨伐隗纯于天水。
骠骑大将军杜茂与贾览在繁畤交战，杜茂战败。这一年，撤销关都尉，重新设置护羌校尉官。
十年春正月，大司马吴汉率领捕虏将军王霸等五位将军进攻贾览于高柳，匈奴派骑兵援救贾览，众将领同他们交战，击退了他们。光武帝修理长安的高庙。
夏天，征西大将军冯异打败公孙述将领赵匡于天水，斩杀了他。后来征西大将军冯异病死。
秋天八月二十五日，光武帝驾临长安，祭祀高庙，于是又祭十一陵。二十四日，光武帝进而驾临汧县。隗嚣将领高峻投降。
冬十月，中郎将来歙等人大败隗纯于落门，隗纯的将领王元逃往蜀地，隗纯与周宗投降，陇右平定。
先零羌人侵犯金城、陇西，来歙率领众将进攻羌人于五溪，大败羌人。
十七日，光武帝车驾回到洛阳宫中。这一年，撤销定襄郡，迁移该郡百姓到西河。泗水王刘歙死了，淄川王刘终死了。
十一年春天二月八日，光武帝诏书说：“天地之性以人为贵。杀害奴婢的人，不许减罪。”
三月九日，光武帝驾临南阳；返回的路上，驾临章陵，祭祀园陵。城阳王刘祉死了。三十日，车驾回到洛阳宫中。
闰月，征南大将军岑彭率领三位将军与公孙述将领田戎、任满交战于荆门，大败他们，俘获了任满。威虏将军冯骏围困田戎于江州，岑彭率领水军征伐公孙述，平定巴郡。
夏四月二十八日，光武帝撤销大司徒司直官职务。先零羌人侵犯临洮。
六月，中郎将来歙率领扬武将军马成在下辩打败公孙述的将领王元、环安。环安派遣刺客刺杀了中郎将来歙。光武帝亲自率军征讨公孙述。秋天七月，汉军临时驻扎长安。八月，岑彭在黄石击败公孙述的将领侯丹。辅威将军臧宫与公孙述将领延岑在沈水交战，大败岑军。王元投降。车驾从长安回到洛阳。
二十六日，光武帝诏书说：“敢于烧灼奴婢的人，按法律论罪。赦免被烧灼的人为平民。”
冬天十月某一天，光武帝下诏废除奴婢射伤人要弃市的律令。
公孙述派刺客刺杀了征南大将军岑彭。马成平定武都，依靠陇西太守马援击败先零羌，将羌人分别迁到天水、陇西、扶风三郡。十二月，大司马吴汉率领水军讨伐公孙述。
这一年，撤销朔方牧，并入并州。初次停止州牧亲自进京奏事。
十二月春正月，大司马吴汉与公孙述将领史兴在吴汉交战，斩了他。
三月九日，光武帝诏命陇、蜀百姓被卖为奴婢而自己到官府鸣冤的人，以及狱官未处理的，一律免为平民。夏天，甘露降于南行唐。六月，黄龙出现在东阿。
秋七月，威虏将军冯骏攻取江州，俘获田戎。九月，吴汉在广都大败公孙述的将领谢丰，斩了他。辅威将军臧宫夺取涪城，斩了公孙恢。大司空李通被罢免。
冬天十一月十八日，吴汉、臧宫与公孙述在成都交战，大败述军。公孙述受伤，夜里死去。二十一日，吴汉血洗成都，诛灭公孙述的宗族以及延岑等人。
十二月初一，扬武将军马成代理大司空事务。
这一年，九真境外蛮夷人张游率领族人民众归附，封为归汉里君。光武帝撤销金城郡划归陇西。参狼羌侵犯武都，陇西太守马援讨伐并降服了他们。诏命边地官员力量不足以出战的就固守，追击俘虏根据敌情以决定进退，不受逗留法的约束。横野大将军王常死了。光武帝派遣骠骑大将军杜茂率各郡驰刑徒驻屯北方边疆，建筑亭候，修造烽燧。
十三年春天正月初一，大司徒侯霸死了。二十九日，光武帝诏书说：“往年已敕命郡国，地方特产不用贡献，现在仍未停止，不仅该有预先饲养选择的劳顿，还频频递送于路上，使所经过的地方劳扰破费。命令太官不再接受贡品，明确告诫地方，远方的膳食只用来献给宗庙，自己应该按照旧规定办理。”
二月，光武帝派遣捕虏将军马武屯守呼沱河以防御匈奴。卢芳从五原逃亡到匈奴。二十七日，光武帝诏书说：“长沙王刘永、真定王刘得，河间王刘邵、中山王刘茂，都袭爵为王，不符合道义。以刘兴为临湘侯，刘得为真定侯，刘邵为乐成侯，刘茂为单父侯。”撤销刘氏皇族及原封国而后代封侯的共计一百三十七人。二十八日，光武帝降赵王刘良为赵公，太原王刘章为齐公、鲁王刘兴为鲁公。三月十一日，以殷绍嘉公孔安为宋公，周承休公姬武为卫公。兼并西京十三国：广平国属钜鹿，真定国属常山，河间国属信都，城阳国属琅邪，泗水国属广陵，淄水国属高密，胶东国属北海，六安国属庐江，广阳国属上谷。
三月十二日，沛郡太守韩歆为大司徒。十七日，代理大司空事务的马成被免职。
夏四月，大司马吴汉从蜀地返回京师，光武帝于是大宴将士，并普遍慰劳将士，以策书记录下他们的功勋。功臣增加食邑重新封拜，有三百六十五人。因外戚恩泽受封的人有四十五人。废除左右将军官。建威大将军耿弇被罢免。
益州传送来公孙述的瞽师、用于郊庙礼仪的乐器、葆车、舆辇，于是皇帝的车马仪仗才开始齐备。当时战争已经停息，天下很少有战事，公文的往来和差役的调遣，全都力求从简从少，以至于仅有过去的十分之一。
二十六日，光武帝以冀州牧窦融为大司空。五月，匈奴侵犯河东。秋七月，广汉境外的白马羌首领率领他的族人归附。九月，日南境外蛮夷进贡白鸡、白免。
冬天十二月三十日，光武帝诏命益州百姓自建武八年以来被略卖为奴婢的人，全部释放为平民；有依附他人为妾的，愿意离去，听任离去；敢于扣留不放的，按照青、徐二州的前例以略人法处置。重新设置金城郡。
十四年春正月，光武帝建起南宫前殿。匈奴派遣使者进贡，命中郎将报聘。
夏天四月二十九日，封孔子后人孔志为褒城侯。越巂人任贵自称太守，派遣使者上报民户簿籍。秋九月，平城人贾丹杀死卢芳将领尹由来归降。这一年，会稽郡闹瘟疫。莎车国、鄯善国派遣使者进贡。
十二月某一天，诏命益、凉二州奴婢，从建武八年以来向所在地方官提出申诉的人，一律释放为平民，被卖者无须偿还卖身钱。
十五年春天正月二十三日，大司徒韩歆被免职，后自杀。二十九日，有彗星出现在昴星一带天空。汝南太守欧阳歙为大司徒。建义大将军吴祐被罢免。二十九日，有彗星出现于营室星区的上空。
二月，光武帝迁徙雁门、代郡、上谷三郡的百姓，安置到常山关、居庸关以东。
早些时候，巴蜀已平定，大司马吴汉上书请求分封皇子，不被答应，连续几年反复上奏。三月，光武帝才诏命群臣商议。大司空窦融、固始侯李通、胶东侯贾复、高密侯邓禹、太常登等的奏议说：“古代诸侯，用来藩卫京师。周代封侯八百，同姓诸姬氏都因此建国，辅佐王室，尊事天子，享国久长，成为后世的典范。所以《诗经》说：‘大开你的领地，成为周王室的辅佐。’汉高祖圣德，君临天下，也务必亲亲，分封兄弟和诸子，不违背过去的规定。陛下圣德通贯天地，恢复了刘氏的大统，褒扬宿德，奖励功勋，和睦九族，功臣和宗室都蒙受封爵，大量授予广大的封地，有的拥有数县。现今皇子仰仗天恩，已能穿成人衣冠出入迎拜，陛下恭廉谦让，有意压制而不让论议封爵，群臣百姓无不失望。应当在此盛夏吉时，定下号位，以增广藩辅，明示亲亲之道，尊宗庙，重社稷，应古法，合旧规，满足大家的心愿。臣等请求由大司空送上舆地图，由太常选择吉日，安排礼仪。”制书说：“可以这样办。”
夏天四月二日，光武帝以太牢祭告宗庙。十一日，派大司空窦融祭告先祖，封皇子刘辅为右翊公，刘英为楚公，刘阳为东海公，刘康为济南公，刘苍为东平公，刘延为淮阳公，刘荆为山阳公，刘衡为临淮公，刘焉为左翊公，刘京为琅邪公。五月七日，追谥帝兄伯升为齐武公，帝兄仲为鲁哀公。
六月二十五日，光武帝重新设置屯骑、长水、射声三个校尉官；改青巾左校尉为越骑校尉。诏下州郡核实垦田亩数和户口年龄，并查办二千石长吏中徇私舞弊的人。冬天十一月初一，大司徒欧阳歙下狱死。十二月二十七日，关内侯戴涉为大司徒。卢芳从匈奴进占高柳。这一年，骠骑大将军杜茂被免职。虎牙大将军盖延死了。
十六年春天二月，交阯女子征侧造反，占据城邑。三月三十日，发生日食。
秋九月，河南尹张伋以及诸郡太守十余人，由于丈量田地不属实，都被下狱处死。
郡国大姓以及私人武装首领、群盗在各地纷纷起兵，在当地攻杀抢劫，杀害长吏。郡县派兵追击，军队一到他们就逃散，军队一走他们又集结在一起。青、徐、幽、冀四州情况尤为严重。冬十月，派遣使者到郡国，允许群盗自相揭发，五人共同斩杀一人的，免去他们的罪。官吏即使曾经犯有拖延、回避、放纵的过失，都不追究，允许以讨伐盗贼来弥补。州牧、郡太守、县令、县长中因治内有盗贼而不去搜捕的，又有因畏惧放弃城池、擅离职守的，都不认为是失职，只按他们现在俘获盗贼多少来考察政绩的优劣，惟独藏匿盗贼的人才给以治罪。于是官吏们争相追捕盗贼，盗贼一并瓦解。迁徙盗贼的首领到其他郡，分给土地和粮食，让他们安心生产。从此以后牛马可以安心放牧，城门也可以不关闭。卢芳派遣使者来请求投降。十二月某日，封卢芳为代王。
起初，王莽之乱以后，布、帛、金、粟都可以当货币用。这一年，开始通行五铢钱。
十七年春正月，赵公刘良死了。二月三十日，发生日食。
夏天四月某日，光武帝巡视南方，皇太子和右翊公刘辅、楚公刘英、东海公刘阳、济南公刘康、东平公刘苍随行，驾临颍川，进而驾临叶县、章陵。五月二十一日，车驾返回洛阳宫中。六月二十九日，临淮公刘衡死了。秋七月，妖巫李广等聚众占据皖城，派遣虎贲中郎将马援、骠骑将军段志讨伐他们。九月，攻破皖城，斩杀李广等人。冬天十月十九日，废皇后郭氏为中山太后，立贵人阴氏为皇后。进封右翊公刘辅为中山王，食常山郡的赋税。其余九个国公，都依据旧封进爵为王。