银耳由菌丝体和子实体两部分组成。
（1）菌丝体菌丝体是银耳的营养器官，由担孢子萌发而来，白色或灰白色，纤细，具分枝及分隔，能在培养基质中蔓延生长，分解和吸收营养、水分。
银耳菌丝按发育情况，可分为单核菌丝、双核菌丝和结实性双核菌丝。菌丝体是由众多的菌丝组成的，生长到一定程度，菌丝体在培养基表面形成细短、密集的绣球状菌落，俗称“白毛团”，并逐渐胶质化变成银耳原基。
（2）子实体子实体是银耳的繁殖器官，也是食用部分。人工栽培的新鲜子实体柔软洁白或稍带米黄色，胶质，富有弹性，由5～l0多枚薄而波曲状的扁平形瓣片组成，一般呈菊花型、牡丹花型；大小不一，直径5～20厘米，多数为12～16厘米；朵重不等，单朵鲜重50～300克，多数为200克左右。子实体干时收缩为角质，硬而脆，白色或米黄色，耳基为橘黄色或垩白色，吸足水后又能恢复原状，其干鲜重量比1：8—15，体积比l：3～6。
成熟子实体的瓣片表面有一层白色粉末，即是银耳的孢子，孢子成熟后会自动弹射出来。在显微镜下观察，孢子近球形或卵圆形，大小6~7.5微米×4～6微米，无色透明，成堆时呈白色。