（1）不吃料。正常的条件下接种5～7天后菌丝仍不能定植吃料。这种情况多属菌龄太长，菌种过熟，基质水分和营养枯竭，菌丝失去活力。
（2）退菌。接种后10天左右，耳友菌丝呈白色延伸至10厘米时，靠接种口的菌丝由黑色逐步变淡灰；菌丝前端由白色转为粉红色，停止生长。这多是气温低，制种时无保温设施，长时间处于低温环境，致使耳友菌丝失去生活力，造成衰弱至死，俗称“死灰”。
（3）菌丝难结团。在栽培中常出现袋内耳友菌丝生长良好，分泌黑褐色素正常，但穴内菌丝久久不能形成“白毛团”。其原因多为银耳菌丝遇到高温季节，菌丝活力减退；此种病状往往被误认为“杨梅霜杆菌”危害。
（4）幼耳停止发育。接种18～20天进入幼耳生长阶段，袋内耳友菌丝满袋，由黑色逐渐褪为灰白色，分泌出不均匀的块状黑色菌丝，导致幼耳停止发育。此类多因耳友菌丝长期使用而退化，无法在培养基中分解和吸收养分提供给幼耳生长。
（5）畸形变异。子实体发育期，耳片长短不齐，稀密不匀，耳片偏薄，朵形不圆，菇农常称为“疯癫菇”，其品质差，产量低。其原因与菌种传代次数过多，发生变异有关。特别是长期沿用基内分离育种方法，既缺乏保种设施，又没进行提纯复壮，导致种性变异。
（6）耳蒂黑斑。子实体采收时，发现黄色耳蒂中常有深浅不一的黑色斑点。加工时通过挖蒂，而又造成朵形松散不成朵，影响商品价值。其原因长期沿用一种单一的分离制种方法，加上培养过程条件不适，致使银耳菌丝细胞在生长过程中萎缩、发烂、发黑，有效的芽孢照常生长，包裹了萎缩的烂黑芽孢子，形成耳蒂黑斑。