防止措施避免菌种生理变异与生态失控，必须抓好以下几项关键技术：
（1）加强菌种选育。银耳菌种易发生变异，长期沿用某一种分离方法，则出现前面所述许多弊病。因此，加强菌种选育工作是防止菌种变异的好办法，要求每年至少选育1次，通过选育获得性状稳定的优良菌株。
（2）开拓分离新路。通过“不同一”的分离材料，选育银耳菌丝和耳友菌丝进行择优组合。这种择优组合选育的菌株，具有抗逆力强、种性稳定、高产优质的优势。
（3）变换基质营养。菌种长期应用一种培养基，会产生一种“厌食”，因此采取对各级菌种的培养基成分定期适当变更，比如，木屑树种的变换，营养成分的配比等，分别作适当调整，有利于菌丝营养齐全，生命力增强。
（4）创造适宜环境。除在制种过程无论是培养基配制、灭菌、冷却、消毒、接种每个环节都要严格把关外，按照银耳对外界条件的要求，人为创造适合的温度、湿度、空气、光照和培养基的pH，才能保持优良菌种的正常生长和优良的种性特征。