（1）培养料配制不合要求①麸皮或黄豆粉用量太少，引起缺乏氮素营养，使菌丝生长细弱，引起早衰退化。所以在培养料中要有一定比例麸皮或黄豆粉，促进菌丝生长强壮。②酸碱度不适宜，拌料时要测试酸碱度，酸性强了，要用石灰水调节；碱性强了，用3％盐酸调节。③含水量不适宜。④装瓶过紧，发生缺氧，引起早衰。
（2）混合分离次数过多由于香灰菌丝易与细菌、放线菌共存，多次使用混合分离法，分离出来的菌种纯度低。在母种制作中多采用银耳纯白菌丝、芽孢和香灰菌丝分别分离和分别保藏，到使用时再交合，可提高生活力，防止退化。
（3）转管次数频繁反复转管，菌丝多次受酒精火焰高温刺激，引起高温诱变；转管次数多，菌丝创伤多，病毒感染机会多，对菌种的生活力大有影响。转管次数要控制在5次之内，有利于保持菌种优良性状。
（4）高温、缺氧影响长期受高温、缺氧影响，会削弱菌丝生活力，导致遗传性状变异，降低出耳率。所以菌种室要有较好设备，要有调温设备，同时经常通风换气，保持菌种室空气清新。