银耳子实体成熟时，会弹射出大量孢子。孢子萌发成菌丝后培育成菌种。孢子的采集和培育具体操作法如下：
（1）分离前消毒，采集的种耳，表面可能带有杂菌，可用75％的酒精擦洗2～3遍，然后再用无菌水冲洗数次，用无菌纱布吸干表面水分。分离前，还要进行器皿的消毒。把烧杯、玻璃罩、培养皿、剪刀、不锈钢钩、接种针、镊子、无菌水、纱布等，一起置于高压灭菌器内灭菌。然后连同酒精灯和75％酒精或0.1％升汞溶液，以及装有经过灭菌的琼脂培养基的三角瓶、试管，经过消毒后的种耳等，放入接种箱或接种室内进行一次消毒。
（2）孢子采集，具体可分整耳插种、三角瓶钩悬和试管琼脂或木屑培养基贴附3种方法。操作时要求在无菌条件下进行。
①整耳插种法。在接种箱中，将经消毒处理的整朵耳种插入无菌孢子收集器里，再将孢子收集器置于适温下，让其自然弹射孢子。
②三角瓶钩悬法。将消毒过的种耳，用剪刀剪取拇指大小的耳片，挂在钢钩上，迅速移入装有培养基的三角瓶内。耳片距离培养基约2～3厘米，不可接触到瓶壁，随手把棉塞塞入瓶口。为了便于筛选，一次可以多挂几个瓶子。
③试管贴附法。取一支试管，将消毒过的种耳剪取3厘米耳片，往管内推进约3厘米，贴附在管内斜面培养基表面，管口塞好棉塞，保持棉塞与种耳问距l厘米。也可以将种耳片贴附在经灭菌冷却的木屑培养基上，让耳片孢子自然散落在基料上。
（3）培养移接，种耳挂瓶孢子弹射后，打开接种箱，把孢子收集器或三角瓶及时移入25℃下培养24小时。当看到培养基的上方有雾状的孢子后，再搬人接种箱内，取出钢钩和耳片，塞好棉塞，然后再置于恒温箱或培养室内培养2～3天。这时，在培养基的表面上，就能看到白色糊状、边缘光滑的菌落，此系银耳分生孢子，因其形态、繁殖颇似酵母，故称为酵母状分生孢子，俗称“芽孢”。此时用接种针挑取少许分生孢子，接入装有琼脂培养基的试管中继续培养，即得银耳菌丝或芽孢。采用试管或菌种瓶贴附法的，待看到雾状的孢子散落培养基后，取出耳片，然后按照上述同样方法进行。