银耳菌种的分级与其他食用菌一样，分为一级种（母种）、二级种（原种）和三级种（栽培种）三级。
（1）一级种，目前银耳生产上使用的一级种通常是通过分离、纯化子实体的组织块或基内菌丝而获得，由纯白菌丝和香灰菌丝共同构成银耳菌种，以试管为容器。银耳菌种所含的两种菌丝可混合保存，也可纯化后各自保存，在需要使用时根据比例配制而成。
（2）二级种，以一级种为种源扩接到以菌瓶为容器的固体基质培养料上的菌种称为二级种。二级菌种是两种菌丝纯化后的混合菌种。以纯化各自保存的一级种扩接二级种时，先接纯白菌丝一周后接香灰菌丝；以混合菌丝保存的一级试管种扩接二级种时，每管只接一瓶。
（3）三级种，又叫栽培种或生产种。每瓶原种可扩接成栽培种50～60瓶，接种过程必须注意使纯白菌丝和香灰菌丝充分混合均匀，今后接种到菌袋才能出耳均匀。