菌种培养室、栽培室（耳房），在使用前后，特别是再次使用时，必须进行彻底灭菌处理，还包括杀虫、灭鼠。这是成功和获得稳定、高产的重要保证。
耳房最好是水泥地，为的是能够刷洗与消毒。如果是泥地，最好铲除一层旧土，填上新土，最上层垫l～2厘米厚的石灰，用力压实。四壁应用石灰水重新涂白。培养架消毒：①可喷浓度10％漂白粉上清液或浓度3％的来苏儿消毒。②或用浓度为l％的硫酸铜溶液刷洗。③或用10％-石灰水加0.1％乐果或速灭杀丁，洗刷所有物具、床架，连续3次，每隔10天洗刷1次。消毒后要充分通风干燥。耳房消毒：①用硫磺熏杀，每立方米用硫磺20克，放在瓷碗或铁盒中点燃，最好碗底放几页纸便于点燃，密闭门窗。但要防止火灾。②用甲醛蒸气灭菌，每立方米用福尔马林10毫升加高锰酸钾5克，反应后产生甲醛蒸气。对封闭不严的培养室，可喷50倍的石硫合剂。③用气雾消毒盒，每立方米用量5克。使用时，点燃消毒盒一角，即喷出白色烟雾，密闭30分钟以上，即达到消毒杀菌目的。无论用什么方法消毒，必须用两种药物交叉消毒，才能彻底灭菌。