消毒和灭菌都是为了消灭有害微生物，以便进行目的菌的纯培养。
（1）消毒又称部分灭菌，是指用物理或化学方法，消灭物体表面或环境中的有害微生物，消毒后的物体中还存在着部分活的有益微生物。例如，进行香灰菌丝分离时，要对分离材料（小段木）表面进行药物消毒，消灭小段木表面杂菌等污染源，以便获得段木内香灰菌丝进行纯培养。
（2）灭菌是指用物理或化学方法，在一定环境中，能达到完全杀死或消灭培养基或器物内外的一切微生物（包括细菌的芽孢、霉菌的厚垣孢子）。因此，经过灭菌后的培养基或器物是无菌的，以排除要求培养的银耳菌种以外的微生物的干扰。如对琼脂培养基进行高压蒸气灭菌。
在银耳生产中，通常对培养基或培养料进行湿热灭菌；对接种针等金属用具进行火焰灭菌；对接种室（箱）、栽培室的空间进行药物熏蒸灭菌；接种前，用75％酒精对操作者手、器皿和用具进行表面消毒等，都必须采用灭菌与消毒技术。