目前所报道的食用菌线虫，有寄生线虫和腐生线虫两大类，其中主要有滑刃线虫、双垫刃线虫和小杆线虫。线虫极微小，只能在显微镜下才能观察到。
所有食用菌均能被侵害，形成特殊的腥臭味。袋栽香菇中常因线虫危害造成减产，子实体软腐，水渍状、黄褐色。软腐水渍状的子实体内线虫数较多。现蕾期受害，菇蕾软腐，菇盖中央先变黄，渐及整个菇蕾。幼蕾期受害，菇体畸形，柄长，菌盖薄小。子实体受害时，从菌盖到菌柄颜色逐渐由浅变深，成黄褐色，最后菇体枯萎。可用500倍液克螨特浸泡栽培棒，浸至透心为度。
线虫不耐热，40℃以上即死亡。进行正确的前、后发酵能有效地减少单位体积培养料的虫口数，并使躲藏在栽培床缝隙间的虫、卵致死。目前，袋栽香菇采用培养料预先进行建堆发酵时，应在水泥地面进行为宜。否则易受土壤中线虫的侵袭。