反季节栽培如果处理不当，容易出现菌盖不规则、小盖菇、波纹状菌盖、空心柄、弯柄菇、裂缝菇、光杆菇等畸形菇，对于不同的畸形现象有不同的防治措施。
（1）菌盖不规则。菌盖狭长或三角，别三扭四不圆整。常常是由于幼蕾生长太多，没有及时疏蕾而相互挤压所致。可及时割袋，并进行疏蕾处理，只选1～2个幼蕾保留。
（2）小盖菇。菌盖既薄又小，长时间也无法长大，鲜食时没有香菇的特殊香味。其原因，一是转色不完全；二是袋料营养不足；三是出菇期温度偏高。因此，要使用转色好的菌袋出菇；如袋料营养不足，应浸泡菌袋给予补充；高温时期出菇时，应采取有效的降温措施。
（3）波纹状菌盖。菌盖边缘呈较规则的波纹形状，菌盖薄且脆。主要是由于温差较大的刺激，环境温度不稳定，导致菌盖发育不正常。因此，在发生菇蕾后，应保持较稳定的温度和湿度。
（4）空心柄。菌柄细长、空心，菌盖也很小。原因是菌棒含水量过低及空气湿度太小。在每采收一茬菇后，对出菇袋应进行泡袋处理，同时要保持菇棚空气湿度在85%以上。
（5）弯柄菇。菌柄扭曲，不直立。菇棚光照较强或光线角度变换过频会导致弯菇柄。在空气相对湿度偏低时，保持相对稳定的空气湿度，并保持较稳定的散射光照即可防止。
（6）裂缝菇。菌柄从基料的裂缝中长出。防止方法是保持应有湿度，坚持每出完一茬菇要浸泡处理菌袋，不使基料形成裂口。
（7）光杆菇。只有光秃秃的菌柄，没有正常的菌盖。一是菇蕾阶段菌盖组织受损，二是棚内通风不够，二氧化碳浓度过高。可及时割袋，疏蕾时注意不要伤及欲留菇蕾，保持良好的通风环境，使棚内的空气清新。