香菇菌棒转色过程中，管理上要把握好三个关键。概括为“一控、二喷、三变温”。
（1）初期控制温度。脱袋后，头3～4天，菇床罩膜内温度不超过25℃时，不揭膜通风，让菌丝复壮；4天之后，每天通风换气不少于两次，每次30分钟，拉大温差，使气生菌丝受到抑制，不至于过分旺盛。
（2）分泌期喷水2天。脱袋7～8天，菌丝吐出黄水珠，此时要及时喷水冲洗，否则会引起菌丝体自溶，而且易污染杂菌，或造成菌膜增厚。第1天用喷雾器轻度喷于菌棒上，冲淡黄水珠。第2天用压力喷雾器重水冲洗，待菌棒稍干至不粘手时，覆盖薄膜。
（3）变温3天。当菌丝由洁白转入粉红色，再转入棕褐色时，要进行人为变温3天，创造较大的温差刺激，进行干湿交替，促进菇蕾发生。