（1）杂菌污染识别。接种以后的菌袋进发菌室一周后，要翻堆检查。若香菇菌丝是白绒毛状，均匀地分布在接种穴四周，说明菌种已成功定植，生长健康。若是出现生长速度特别快，有细细的白色菌丝，则为毛霉菌；若发现黄色的一般是黄曲霉菌；橙黄色、水红色的且发生速度很快是链孢霉菌；绿色的多数是木霉菌；青色蓝色的是青霉菌；黑色的是黑曲霉菌。在菌袋内出现以上异常颜色的菌丝和孢子都属于杂菌污染的袋，我们可以通过肉眼从色泽上辨别出来。
（2）污染菌袋处理。防治杂菌污染，要严格把好生产每一道工序关。污染轻的菌袋可用克霉灵2000倍液局部注射，控制霉菌蔓延，并杀死杂菌。捡出杂菌袋，集中另放一处隔离，并在袋上撒一层稀薄石灰粉。污染严重的菌袋取出发菌室，破袋把培养料加入新鲜料再回笼拌料重新装袋使用。发现链孢霉污染的菌袋，用空的塑料袋轻轻裹住污染菌袋，带出发菌室后烧毁或深埋，并降低发菌室的湿度和温度，加强通风，控制链孢霉的发生与蔓延。