危害竹荪的害虫种类较多，主要有跳虫、白蚁、螨类等。
（1）跳虫。在菌种生产阶段和播种后菌丝生长阶段，跳虫可钻进瓶内和料内取食菌丝；子实体生长阶段或收获后，它蛀食子实体。跳虫具灵活的尾部，弹跳如蚤，体具油脂，不怕水。跳虫营腐生生活，常栖息在潮湿阴暗处，尤以旧房、堆肥中较多。跳虫的种类很多，主要有长脚跳虫、紫跳虫、黑角跳虫和疣跳虫等。
（2）白蚁。白蚁主要发生在丘陵山区，以蛀食竹、木为主，造成受蛀竹、木上的菌丝无法生长，子实体就无法形成。凡竹、木栽的菌类均受其害，其中以竹荪、茯苓、木耳、香菇等受害较重，特别是人工栽培竹荪时，白蚁的危害往往造成栽培失败。白蚁是一类有群居性和多发性的尾虫，繁殖蚁常有翅，具雌、雄两性；非繁殖蚁无翅，雌、雄性器官退化，分工蚁和兵蚁。白蚁平时筑巢于土下，特别是埋有竹、木材的土内。阴凉潮湿及腐殖质丰富的北坡树林、草丛中，白蚁活动较频繁。
（3）谷蛾。此虫危害竹荪干品，是贮藏期的害虫。幼虫隐藏在竹荪干品的菌裙和菌柄联结处，蛀食、化蛹。受蛀食的竹荪裙破碎，菌柄千疮百孔，失去商品价值。
（4）螨类。螨类是竹荪菌种生产、菌种保藏和干品贮藏运输期间的重要有害生物，稍不注意，就会给人工制种或栽培竹荪带来很大损失，甚至导致失败。螨主要以食用竹荪的菌丝体和子实体为害竹荪，菌丝被其取食后，出现生长不良或“退菌”现象；菌球受害死亡；干品受害，影响质量。有些螨还危害菌种生产者及栽培人员，引起管理人员皮肤瘙痒，甚至引发慢性皮炎或眼皮肿胀等疾病。
检查是否有螨类发生，可采用阳光照晒法。将试管放在阳光下，若有螨，可见管壁上有害螨爬行；床料上发生严重螨害后，床料表面好似撒了一层面粉，且这时的菌丝生长不好或消失。检查床料螨害发生情况，可在料面覆盖的薄膜上方（约10厘米高）挂1支40瓦或60瓦灯泡，30分钟左右后，若料内有螨，就会爬到塑料薄膜上，用放大镜检查即可以发现。害螨种类较多，主要有粉螨、蒲螨、食酪螨、根螨、钝尾螨和红辣椒螨等。