竹荪的生理病害是指因管理不当，竹荪在出菇阶段往往出现菌蕾萎烂、外膜增厚、破口抽柄困难、子实体变异等不良现象，此称生理性病害，会直接影响竹荪的质量及经济效益。生理性病害的主要症状及预防措施如下：
（1）缺水性萎蕾。菌蕾色变浅黄，外膜收缩皱折，手抓菌蕾内外滑脱，撕开肉质呈白色，质地柔软，闻之无味。
检测：翻开培养料，菌丝萎黄，基料干燥松散，含水量40％～45％。
产生的原因：堆料播种时水分不足，或将料晾干、晒干；通风过量，或罩膜不密，有破洞；光照过强，水分蒸发量大。
预防措施：夜间灌跑马水于畦沟内，清早排除，补充基料水分；喷头朝上喷雾状水增湿，提高空气相对湿度，然后罩膜保湿；调节荫棚遮盖物，避免强光直射。
（2）渍水性萎蕾。菌蕾褐色，外膜皱纹清晰，手抓菌蕾向外滑脱，撕开肉质呈褐色或紫黑色，质地脆，闻有呕吐物味。
检测：基料黄色，菌丝雪白粗壮，下层基料黑色，菌丝少，折断基料明显渍水，含水量70％以上。
产生的原因：场地整理欠妥，畦面四周高于中间，畦沟超过料底；喷水过量，基料积水；覆土过厚或土质板结，透气性差，水分蒸发难。
预防措施：挖深畦沟，排除积水；挖去畦床两边外沿覆土，用毛竹管插进畦床料内，让空气透进基料，蒸发掉内含水分，然后再行覆土；增加通风次数，适当延长通风时间；畦内凹陷，积水难排的，应采取剖开沟，让积水流出后复原。
（3）病毒性烂蕾。菌蕾黑褐色，外膜收缩脱节，摇动即断，手捏肉质呈豆腐渣状，色极黑，闻有氨水味。
检测：去表层覆土，可见菌丝发霉，基料2厘米以下菌丝正常。
产生的原因：放线菌或其他杂菌感染菌蕾。
预防措施：受害部位及四周5厘米处撒上石灰粉，2天后清除残余，重新堆料覆土；减少或暂停喷水，降低土壤和空气相对湿度，抑制杂菌滋生蔓延；加强通风，使畦床内空气新鲜。
（4）外膜增厚、破口困难。菌蕾饱满，膜纹粗，色深褐色，多发生在后期，久停不变。检测：撕开外膜可见比正常情况增厚2～3倍，且质硬，拉而不断。
产生的原因：气温较高，为防御和抵制外界不良环境，菌蕾内部加强新陈代谢，细胞内营养不断输入到外膜，使其不断增厚。
预防措施：用刀片在菌膜尖端划开“×”字形口，使营养液外流，即可收缩抽柄。如果1天后仍未抽柄，可在早晨剥开外膜，并喷水罩膜保温2小时，即可抽柄、撒裙。
（5）菌裙粘连不垂。抽柄正常，菌裙紧粘在菌盖的边沿，难以撒裙下垂。
产生的原因：多因罩膜不密，保湿差，畦床内干燥，相对湿度低于75％，致使菌裙闭守，无法伸张而粘连。
预防措施：重水喷洒，罩紧盖膜，1～2小时后揭膜通风；畦沟灌浅水以增加土壤相对湿度；减弱荫棚光照。
（6）子实体鹿角形。菌柄正常抽出，菌裙2／3收缩粘贴，另1／3垂直或向上，呈鹿角状。
产生的原因：缺氧，没有进行常规通风；二氧化碳浓度过高（当环境中二氧化碳浓度高于1％时，菌裙难以形成，甚至溃烂）。
预防措施：增加通风次数，适当延长通风时间；荫棚南北向草帘打开一个通风窗，使空气流畅；用井水或泉水喷雾增湿。