侵染性病害主要由细菌、绿色木霉、青霉、曲霉、毛霉、根霉、链格孢霉、酵母菌等引起，它们主要由于培养料消毒灭菌不彻底，或无菌操作不严格，或菌种带菌引起；其次是由土壤或栽培材料带菌引起。
（1）细菌。它是一类单细胞的微生物，在自然界分布很广，是在菌种分离培养、转接保存以及栽培过程中极易发生污染的病原菌。受细菌感染的培养基（料）腐烂，变质发臭，竹荪菌丝体不能生长。细菌的菌落为黏稠状的细菌胶液，表面湿润。污染培养料的细菌为杆菌，其形态微小，一般只有1微米×0.5微米左右。
（2）绿色木霉。绿色木霉是国内外食用菌制种和生产中发生最普遍、危害最严重的一种病原真菌。发病初期，菌丝白色、纤细，几天后在渐变灰白色的菌落上出现大量淡绿色的粉状霉层，即病原菌的分生孢子。分生孢子球形，直径2.5～4.5微米，无色，着生在分生孢子的小梗上。
（3）青霉。青霉和绿色木霉一样，是竹荪制种、栽培、破球期普遍发生的病原真菌。菌落初期白色或黄白色，呈绒毛状，后渐变成绿色粉状霉层。青霉菌的分生孢子是成串着生在呈帚状分支的分生孢子小梗上。分生孢子单细胞，近球形，无色，直径2～3微米。
（4）曲霉。曲霉和青霉、木霉一样，也是一种常见的病原菌，主要有黑曲霉和黄曲霉。黑曲霉的菌落初为白色、绒状，很快转变为黑色；黄曲霉的菌落为黄绿色。曲霉菌的分生孢子梗具膨大的顶囊，顶囊上再着生初生（或次生）小梗，分生孢子自小梗顶端相继形成，一般呈球形，单细胞。顶囊、小梗和分生孢子链构成分生孢子头。
（5）毛霉、根霉。毛霉又叫长毛菌，根霉又叫黑根霉菌，是菌种生产和栽培过程中常见的两种污染菌。毛霉适应性强，生长迅速，菌丝体初为灰白色，粗壮，稀疏，后期在气生菌丝顶端形成许多圆球形的黑色小颗粒，即孢子囊。根霉不同于毛霉之处在于无明显的菌丝生长，只有平贴基物表面的匍匐菌丝，孢子囊着生在孢囊梗上，初期灰白色或黄白色，成熟后变为黑色小颗粒，显示出黑色颗粒霉层。
（6）链格孢霉。链格孢霉菌污染后，培养料变黑、腐烂，竹荪菌丝不能生长。由于受污染的基物内绒状菌丝呈现黑色或黑绿色，故又被称为黑霉菌。该菌的典型特征是分生孢子呈倒棒形，顶端延长成喙状，淡褐色，具纵分隔。
（7）酵母菌。它是高温、高湿下易发生的病原菌，能使培养料发酵、变质，散发出酒酸气味。酵母菌为单细胞真菌，菌落特征与细菌相似，呈糨糊状或胶质状，但较细菌菌落大而厚，菌落表面湿润、黏稠，易被挑起。
（8）镰孢霉。镰孢霉又叫镰刀菌，大型分生孢子呈镰刀形，在土壤和原材料中广泛存在。菌丝灰白色、绒状，菌落下面的培养基呈紫红色（是菌丝生长过程中分泌出来的色素），这是诊断该菌的重要依据。
（9）束梗孢囊霉（束孢霉）。束梗孢囊霉是一种絮状杂菌。初期在竹荪床畦面覆土层出现白色绒毛状菌丝，很快变成粉红色至黑色，菌落呈深烟灰色，菇农俗称“烟灰菌”，能产生大量黑色孢子粉进行传播。该菌常在高温、高湿的梅雨季节发生，在闷热天气的早、晚易产生烟灰色孢子。它常发生在腐木、土壤、杂草及草帘等物体上，后期产生难闻的霉腐气味，以风、流水及人畜为传播源，扩散蔓延极快。它的危害是侵染畦内的竹荪菌丝，导致菌丝断裂，乃至死亡。
（10）鬼伞。鬼伞腐生于土中或腐木上，也是竹荪栽培中不可忽视的杂菌。鬼伞的种类较多，常见的有毛头鬼伞、墨汁鬼伞、长根鬼伞等。