竹荪的菌袋从露出地表到菌裙张开，需15～20天；从菌蕾成熟到菌裙张开，一般只需6～8小时。当菌裙达最大张开度，孢子即开始自溶成泥滴状，菌裙很快萎缩。为保证产品质量，当菌裙完全张开时就应及时采收。
采收时用刀从菌托底部切断菌索，取下菌球，切勿用手扯拉，以免损伤更多菌索，影响下次结球。短裙竹荪从现蕾到成熟需45~60天，而从菌蕾抽柄到子实体展裙只需5～10小时。抽柄、展裙在每天上午6点～12点时，中午后菌柄、菌裙即萎缩。因此，出荪期每天上午都要查看菇场，及时采收。如不及时采收，菌裙就会充分展开，孢子胶体就会自溶并下滴。采收过晚不仅影响竹荪的商品价值，而且自溶腐烂的残体黏液会污染菌床，导致病虫害发生。由于竹荪抽柄、展裙速度很快，大规模栽培时，若来不及采收，可先将菌盖摘下，使孢子体组织脱离子实体，然后再一朵一朵地采收。
采收后，须去掉菌盖顶部不能食用的菌帽，及时剥离菌盖和菌托，方法是用食指插入菌柄与菌托之间，轻轻一挖剥下菌托。剥离时应尽量保持完整的菌裙，若其污染有孢子或泥土等，可用柔软毛刷蘸清水轻轻洗刷干净。菌盖和菌托不要抛弃，可将菌盖洗去残留孢体，菌托清洗表面泥土，与子实体一起分别进行干制包装。值得注意的是，采收或处理后的子实体、菌盖和菌托鲜品，均不得用塑料袋存放，须及时进行加工。如不及时加工，每推迟2小时，就会降低一级品质。