孔子关于天命鬼神的思想比较复杂。
孔子重视天命，他说“得罪了天，就无从新祷了”。可见天有无比的权威，俨然是有意志、有人格的神，是世间万事万物、凶吉祸福的主宰者。因此，他主张要畏惧天命，畏惧大人，畏惧圣人的话。但面对春夏秋冬四时在运行，百物在生长的现实，孔子又认为看不出天有什么意志。这里天是指自然的天，并没什么神秘的意思。孔子又说不怨天，不责备人，学习一般的知识而懂得高深的道理，知道我的只有天了。而在他的弟子颜渊死后，他又发出“老天要我的命啊！老天要我的命啊！”这表达了他对天的怨恨情绪。孔子在天命思想上的自相矛盾，是西周末年天命思想的动摇在孔子身上的反映。
孔子对鬼神的态度与对天命的态度类似。他赞美禹“致孝乎鬼神”。又说“不应该祭祀的鬼而去祭祀了，这就是献媚”。他主张既敬鬼神，又要远离鬼神。他还说没能服事好活着的人，怎么能服事鬼呢？他还不说怪力、乱神，这是对鬼神的怀疑，而把人事看得更为重要。
孔子的认识论基本上是先验论。他承认有“天才”，认为知识的根本来源是先天就有的，不必通过学习和实践。他说人生下来就具有天赋的知识，这是最上等的人；经过学习才具有知识的人要次一等；遇到困难还不学习的，就是最下等的了。这样认识就被分为若干等级。而“上知”和“下愚”是天生的、不可改变的。他讲通过学习而获得知识，包括听取各种各样的意见，有选择地遵从其中好的意见；多阅读并把它记住。这是讲述获得知识的过程，更主要地还是强调后天学习的重要性。
孔子的方法论是“中庸”，朱熹解释“中”的意思是，既不超过也不达不到；“庸”是指平平常常。这比较符合孔子的原意。以孔子说过的“过犹不及”来解释最合理，太过与不够都是不符合中庸的。他认为君子是有原则性的，但并不盲目服从，随声附和；小人是随声附和，盲目服从，而没有原则性的。即有道德的君子对不正确的言行敢于提出批评，纠正错误的意见，以便做到恰到好处。可见，孔子的“中庸”，并不是不讲原则，也不是为后来一些朝代的统治者所歪曲的折中调和。它与“明哲保身”的处世哲学绝对没有共同之处。但是中庸对于事物矛盾及其转化缺乏深刻的认识，因而容易为后世的统治者曲解，长期以来在中国古代社会中也有消极的作用。