明清之际，封建社会危机已经明显暴露，资本主义萌芽和城市市民阶级开始出现，又发生了大规模的农民起义和尖锐的民族斗争。这些矛盾丛聚，造成了激烈的社会动荡，刺激着文化思想界。如同春秋战国时期一样，各种思想在这一时期勃兴，大放异彩，形成了一股带有启蒙精神的思潮。这一时期的启蒙思想，不是表现在个别的思想领域里，而是反映在思想的各个方面。尽管此时具有启蒙精神的思想家，只是少数进步的知识分子，而且他们的思想还假托上古三代的理想，运用着旧时代的语言，但是，他们能用旧的基础创造新的思想，冲破旧的传统和教条。他们不是要对已经破漏不堪的封建社会做“补天”工作，而是朦胧地向往着未来的新社会，表现了“历史的乐观主义”。他们眼界开阔，具有洞察和猜测能力，代表了进步的社会阶级即市民阶级的利益，因而具有近代资产阶级思想的某些特征。这些特征，突出表现在黄宗羲所着的《明夷待访录》中的社会政治思想方面。黄宗羲主张民主、平等和“议会政治”，激烈批判了君主专制主义。他一反过去传统的经济思想，主张工商皆本，重视货币的作用。要求平均土地等等，直接或间接地反映了资本主义萌芽时期的市民阶级的要求和愿望。就关于其中土地平均的思想看，它实质上不同于这个时期在农民革命一中所提出的“均田”思想。农民革命的均田思想，是封建小农平均主义思想的进一步发展，虽然它是农民起义的思想动力，并企图以武装革命的手段加以实现，但它并不能带来近代的经济思想。而明清之际启蒙思想家的社会政治、经济思想，大都是以历史的观点提出的。他们表面上用了“法古用夏”的手法，而实际上是在“援古筹今”，他们深信自己所憧憬的民主平等社会是历史进化的必然。黄宗羲是其中的突出代表，到了清代，章学诚继其传统，就史学本身提出了进步的思想。启蒙思想家之所以眼界开阔、思想奔放，是由于他们一般都具有“近代推论的思维方法”。这种思维方法，是与他们在哲学上的唯物主义分不开的。在这方面比较突出的是王夫之和后来清代的戴震等人。他们虽然是沿着张载元气本体论的思想发展而来，成为中国古典唯物主义的最后两位大师，但也是开启了近代思维活动的两位哲学大师。其中王夫之在气的根本问题上，摆脱了张载等人所理解的那种狭隘的实物性，而从哲学意义上概括出了物质是世界最本质的属性，因而能更好地说明物质世界的多样性与统一性的关系。在这个基础上，王夫之在认识论、辩证法等方面也达到了古典唯物主义的最高水平，并从中孕育出一些近代的哲学思维。戴震以其杰出的唯物主义思想，对唯心主义理学作了猛烈的批判，与明末以来的进步文学思想相呼应，表现了反封建礼教和要求民主、个性解放以及要求理性的近代市民思想。可以说，明清之际的启蒙思想不仅在哲学上，而且也在自然科学思想上萌芽着近代的思维方法。
李贽的叛逆精神
明末思想家李贽横空出世，不仅对当时的思想界冲击极大，即使到后世也仍有重大影响。他的哲学思想是王守仁和王畿的心学的一个演变结果，但其独创性十分明显。其主要贡献在于他对于封建正统思想的某些方面的怀疑和批判。这种怀疑和批判的理论根据是他的《童心说》。他说：“夫童心者，绝假纯真，最初一念之本心也。若失却童心，便失却真心；失却真心，便失却真人。人而非真，全不复有初矣。童子者，心之初也。”所谓“真心”就是普通人所说的真心真意，是对于假心假意而言的。李贽所要批评的对象，是当时那些“口谈道德而心存高官”、“被服儒雅，行若狗彘”的假道学家。
他也批评了当时的科举制度，当时的科举考试主要内容是八股文，八股文号称是“代圣人立言”，其实是一篇篇假话空话。李贽进而把他的批判推及到整个的道学，他说所谓的经典，无非是那些迂腐的门徒，懵懵懂懂，记忆孔孟的学说，有头无尾，得后遗前，名随其所见而胡乱写到书上。后来的读书人不能细察真相，就说出自圣人之口，奉为丝毫不可加以怀疑的经典。而其实，其中大半不是圣人的言论；即使是出自圣人之口的，也不过是针对具体问题而发，就像因病发药、随时处方一样，这类临时药方怎么能当做万世不移的真理呢？李贽这样的说法，在当时简直是大逆不道。
李贽否定了儒家经典的真理性，提出以“童心之言”为标准，即一个人根据自己对于事物最初的反应来作独立的判断。他认为，“童心之言”才是最可靠的，这样的“言”可能和孔丘不合，但那是无关紧要的。他说，天生一个人，自会有一个人的完整性，不需要得着孔子才足用。千古以前无孔子，难道人就不是人了吗？王阳明只说“知善知恶是良知”，他所说的良知只限于关于善恶的判断，李贽的“童心”不受这个限制，凡人生来就有的能动性，都在“童心”的范围之内。照他所说，人只有根据“童心”说话，所说的话才是真话；根据他的“童心”办事，所办的事才是真事；根据“童心”而生活，这个人才是真人。这就是李贽对于王守仁“良知”说的发展。
封建时代重农抑商，这是地主阶级的经济政策，也是地主阶级和商人进行阶级斗争的主要策略。商人阶级的态度就是地主阶级没落的开始，为私或重利是商人的特点，所以李贽为“私”和“利”辩护，就是商人抬头的标志。李贽也反对轻视妇女的封建传统。在封建社会中，妇女的地位是很低的，妇女是低于男子一等的人，“妇女见短”就是说妇女没有远大的见识，而李贽完全否定这一点。李贽的妇女观，也是封建传统观念开始没落的标志之一。
清代朴学和乾嘉学风
清代的“汉学”，又称“朴学”，是清代乾隆、嘉庆年间以考据为主的学术。它的发端可以追溯到清初顾炎武的治学方法，结束于鸦片战争时期。由于它影响巨大，历时较长，在中国封建社会后期的学术思想史上，常常与宋明时代的理学并称。
明末手工业和商品经济发展中的资本主义萌芽，促生了市民阶层的近代思想意识，明末清初农民起义和满族人关致使阶级矛盾、民族矛盾异常激烈复杂，整个社会呈现出“天崩地裂”的动荡状态，从而产生了一批与民族斗争和社会政治斗争紧密联系的思想巨人，如王夫之、黄宗羲、顾炎武、颜元等人。这些思想家运用考据方法的目的，只是在于通过对古典经籍文字上的训诂考证，达到经世致用的效果，所以不能称他们为考据学或汉学。到了18世纪的乾嘉之世，清代封建统治对文化思想进一步加强了专制控制，大兴文字狱，凡清朝统治者认为有忌讳的书籍，都被查抄烧毁；同时又采取软的手法，把大批隐逸的学者请到清政府设置的四库馆和明史馆，让他们脱离社会现实斗争，专心于一字一句、一笔一划的训诂考证，以消弭他们的民族意识。这就是乾嘉汉学出现的原因。它之所以称为汉学，又与它当初反对宋明空疏的义理之学有关，这就牵涉到所谓经学的历史问题。还在明朝末年，就有人指出王阳明心学流于玄虚，王学中人，口谈心性，实际却是呼奴狎妓，醉卧庵堂，不仅学术空虚腐朽，而且败坏社会风尚，在国家民族危亡之际也毫无应对办法。于是有的人主张抛弃王学，尊崇宋学。因为朱熹他们毕竟还多少讲一点格物致知，叫人认真读书，研究事物，如果再掺入一些汉代的考据精神，这个宋学就比王学实在一些。后来，又有人进一步指出宋学的流弊也是空疏，直接提倡汉学，即汉代许慎、郑玄的训诂考据之学。汉学重实证，比空疏的宋学显得质朴，故也称汉学为朴学。
清代汉学已缺乏顾炎武、黄宗羲等人所具有的反抗民族压迫和近代社会启蒙的思想内容。清代汉学的主要阶段即乾嘉汉学，先后分为吴、皖两派，吴派惠栋“其学好博”，但“识不高，心不细”，固守汉儒之说，不如皖派戴震能够“综形名、任裁断”，即能通过考证，综合归纳，按自己的看法作出判断。戴震在他的《孟子字义疏证》一书中所表现的，是“由字以通辞，由辞以明道”，这就不能算是为考据而考据。戴震不是尽用汉儒之说，只是用了汉人的训诂方法，而其目的仍是求其有用的道和理，即求其义理，故在哲学上能提出一些唯物的观点，并能提出“以理杀人”的反理学思想。但戴震仍不免“繁称博引”的烦琐趋向。他的学生段玉裁和二王，虽在考证中善于归纳和演绎。堪称精粹，在音韵、文字学上也取得了不少的成就，然而他们却进一步把戴震烦琐主义的缺点，发展成为为考据而考据，走上了偏枯的道路，失去了反理学的精神。这在政治上正是迎合了清朝统治者的文化专制主义政策。
清代最初的汉学原本是因反对宋明理学而起的，清初学人对古代经史的研究，重训诂，凭实证，用以阐明其精义所在，为社会提供切实有用的东西。但是汉学家们越到后来，就越舍本逐末，这种倾向在戴震之后已很明显。他们把训诂考证视为目的，结果出现的是一批音韵派、训诂派、校勘派、金石派、辑佚派等等，他们对经史的研究，流于支离琐碎，忘记了现实世界。这就是清代汉学发展到极盛时期的情况。这种情况当时就引起章学诚、汪中、焦循等人的不满；以后的龚自珍、魏源和清末的康有为，他们眼看清王朝政治腐朽，外患又日渐严重，对汉学更是大为不满，于是把以前常州学派庄存与、刘逢禄曾提倡的公羊学，树为旗帜，大搞托古改制。因此，在鸦片战争前后，公羊学开始左右清代晚期的学术思想，而乾嘉汉学也就从此衰颓不振。但是，乾嘉汉学对史籍的考证、订伪、整理，对中国文化史贡献巨大，历史上不少的古籍，经过他们穷年累月的考订，才算斩去了葛藤，变得可以理解，为我们今天研究历史，提供了许多条件。清末学者阮元曾将他们所考证训诂的着作，汇编为《皇清经解》和《续经解》、《经籍拫诂》、《十三经校勘记》等巨着，成为我国重要的文化遗产之一。总之，明清之际经世致用的治学精神，经过“汉学”转化，已趋于暮气沉沉，思想的创造力枯竭了，这也与闭关自守的封建社会行将没落是一致的。
天命思想
在中国传统文化中，天命思想有极广泛的存在市场，其意义也十分复杂。在传统语言中，天、天命、天道、命等概念有极大的相通性。最初，天命的意义等同于天神、天帝，后来，随着人们认识自然的深化，其涵义有了变化。大致而言，对天命有两种理解：一是把天视为无意志的自然，天命即是自然界的必然规律；一是把天当作有意志的至上神，天命即上天的意志和命令。由于孔子有五十而知天命的自许，天命思想受到后人极大的重视。
在夏、商、周三代，天被视为至上神，人们认为天是有意志有人格的最高主宰，它能够发布命令指挥人世的一切。三代革命之际，天命往往被说成是社会变动的根据。《尚书·汤誓》中汤说，夏人罪恶深重，天命我杀之。殷商时代，占卜成风，人们把一切人事活动都看成是由天意来决定的。帝生子立商，是商人牢固的信念，盘庚迁殷被认为是续命于天；纣王将亡，他还自认为是有命在天。周灭商后，周公继承并发展了殷人的天命思想，认为周的天下是上天授予的，文王获有天命，才进行灭殷行动的。殷周倾覆，使周公提出了上帝可能改换人间代理人的观点，他说“皇天上帝，改厥元子，皇天无亲，授予有德者。天视自我民视，天听自我民听，统治者实行德政，顺从民意，上天才会让他统治平稳。西周末年，有些人对天的正义性提出了怀疑，认为上天无德而降灾，进而开始否定上天。春秋时叔向、子产等人的无神论倾向，就是这种否定天命的新思考。与当时无神论、怀疑论思想兴起相一致，孔子对天命问题持一种比较折中的态度，倾向于把天视为自然，把命理解为包含异己的不可知因素的东西；但受殷商以来原始天命思想的影响，孔子有时也把天看作是有意志的主宰，认为获罪于天就没有祈福处了，所以要求人敬畏天命，这反映了他思想的矛盾。孔子的天命思想奠定了儒家天命观念的基础。孟子发展了孔子的天命神性思想，荀子则发展了孔子的自然天命思想，把天命看作是自然规律。《易传》的天命观大体不出孔孟。庄子好谈命，认为一切都是命定，人们对现状安之若命是至德的表现。墨家则否认天命，力倡非命，认为天有意志，天鬼能赏善惩恶，有了天鬼，就不会有预定不可改的命。西汉董仲舒把以前的天命学说神学化、神秘化，建立了天人感应的神学目的论，是对前人思想的一种倒退。汉代人多讲三命，东汉《白虎通义·寿命》说命有三种，即寿命、遭命、随命。赵岐也认为命有三名：
行善而得好处叫受命，行善而得恶是遭命，行恶而得恶叫随命。王充继承了唯物主义的传统，批判了神学目的论，提出天道自然无为的认识，从根本匕否定了大帝鬼神和福善祸淫的天命迷信思想。但他却相信命，认为人一出生，就有命定的吉凶。到唐代，韩愈重新提出贵贱、祸福决定于天的天命思想，把天看作有意志的人格神。柳宗元则认为上而玄的是天，下而黄的是地，天地是自然，批判了天能赏功罚恶的迷信，认为功者自成功，有祸自得祸，天人不相关。后来，刘禹锡进一步发挥了柳宗元的思想。
宋明时代，天命思想有了新的发展，哲学家们把它与气、理、性联系起来，天命的原始、世俗色彩少了，而思辨性加强。张载认为义命合一，义是当然之理，命是自然之理，两者是统一的。程颢、程颐两兄弟言义言理而不说命，主张注重人事天理而不必说命，是天命思想发展中的新思想。南宋朱熹对二程的天命观给予高度评价，认为是前人所未发，但他自己却说命，认为人的生死寿夭、贪贱贫富是命中注定。朱熹有时又把天命看作是事物当然的理，是天道流行而赋予万物的那个东西。明代王良承认有命，却不赞成听命、安命，而要求造命。王夫之也要求造命，但提出人可以为天下造命，却不能为自己造命。清代颜元主张主宰命运，掌握乾坤。传统的天命论思想，至近代随着帝制的推翻，失去了存在的土壤，但其中的一些思想在民间一直留存着。
在中国古代思想中，天命有时还指善性的本原，儒家经典《中庸》说：
“天命之谓性。”从赋予上说是命，从禀受上说是性，天命是人本性中仁义礼智的根源。从宋到清，不少哲学家受《中庸》影响，都从此义上解释天命。
阴阳五行观念